Gene detail

Detailed information of ctg884-1.2-1 in Gigantopelta aegis Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
ctg884-1.2-1	40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A	chr14	48149829	48168929	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

ctg884-1.2-1

ATGTACGTCCTAGCGTTTGGTTCGATACCCACTCAGGATATCGACGGCTCTGTGTCGCCCCCGTCGTCTCTGCACAAAACGACGATGGGCCTGAACAAGGGGATCCAGGGCCACCACAACTCGTGCTACCTTGACGCCACGCTGTTTGCCATGTACTCCTTCACCACCGTGTTTGACGGTATCCTCCATCGGCCGCGCAACGACACGGATCTCAAGGAATGTAACTATGTGAGAGCTGATAAAGTGATGAAATTCAGAGAACTTCTTGACAAATTTGGAAAGATTTCCGGCATGATGAGTGAAGAGAAGGATCCAGAAGAGTTCCTTCACTTGCTGTTAACTCAGATTATGAAATCTGACCCTCTGCTACATTTAAGTTCTGGTGAAGACTCCAATTTCTACCAATTATTTATTGAAAAAGACGAACTGCTGCTATTACCGACCACACAGAAACTCATCGAGTTGTCTTTCATAGAGTGTAACGTGAAATTAAAAGAGGTTCCTTCGTGTTTAATTATACAGATGCCGAGGTTTGGTAAAGAATATAAAATGTTTAGAAGAATTATTCCAAGTTTAGAGTTAGACATCACAGATTTGTTGGAGGAAGGAATAAGAGAGTGCATCATATGTGGTGACCTGGCCACGGTAGAATGTATCAGTTGTTATCAGCTACACGGCCCGGGCTTAAATGCTACAGCATTCTGTGACAACTGTAATACCACGAATCATCAACATAAAAGCCGTAGAAGCCACAAGCGCCATCCGATCCATGTGTCGAAGAAGTTTGAGGATCACTGGCGACAGAGCAAGCGGCTGGCCGAGCAGAACAAGGACATGTCGCGGGAGCCCGACATCGCATTGTACCGCGAGAAGATGGAGTTGTTTGCAGTCCTCTGTATTCAGACCAGTCACTATGTATCCTTCGTCAAGTGTGGCACCGGAACATCCGCGCCGTGGGTCTTCTTCGACTCCATGGCCGACCGCATGGGTGAGCAGTCTGGATACAACATCCCTGAAGTTACAGAGGTGAAAGATGTCTCGAAATGGCTGTCGACTGATTCAATGGAAAAAATACTAAAAATAGAAAATGACAAGGACCTTCCTATTCAAATTCGTCGCCTTCTGTGTGATGCGTACATGTGTTTCTATCAAAGTACTGAGGTGTCTATGTTTAAATAGTGCGCTGCAGTTATAATACTTTGATTTAGTTTAGTGGGCAAGCTGAAATGAAAAGGCTAAACAACAGGAAAAATGCTATTAAAACTATGAAAATCTGTTATGGAGTTTGACGTGACAAGTGTTGTTGATGTTAAAAAAAGAAAAAAGAAGTTCAAGGGCATACAATTGCTGTTATTCTGTGAAAAACTGAAAGTAAATTGTACATAAAAATTAAGAAAGTTGAGGCTTAGTTCTACATGGAAGTCTTGTTATGATGTACAAAATTGTCAATTCTGCAGGAAAATTTTATATTGAAACATCTTTCCCGTTTTAGATGAAAATGTCATGTTAAAAATCGAGACATTTGTACATGAAAATCTCTTCTACACAAAACGCCGAATAAAAAATAATAAATAAGAATCTTGGAATCATGGAAGTCTTGTTATGAAGTACACTGGTGGCACCTAAGTCTGCGCACCTAAGCATTTGTGTTATATTTTAAAGTTAAAATATTTCTTTAAAAATATTTGTTTCACCGCCACAGTACAATGAAACAATAAACGTGTTACAAGTAAAGTTATTTTAATTTTAATGTTTTTTAAACTCAAGTTATGAGCGCATTTTTAGTGGGACCCCCCCCTGTATTTACTGGCCTGCATGACGGCACATAAGTCTGCGCAGCACCCATTAAAACAACCACTTCTGTCACTAATGTTTACATAAAACAGCAACAATCAGTGAATCCGACGTTTTATAAGTTCTAAATAACAAACACTTCCTGTTATAGTCTATTTCAGAAACATTTAGATTGTGCAAATGAGATAAATATAAATGGTGTTCCATGCTCCTTAGTTTGGACAACACAAAATGACAATATAGAAAAAAGCCAATGTAAAAATATTTGATTATTATTCAACAAAAATGGTCTGTTATTAACTGTGTAAATGAGCACAAATAGTGTTCATTAGACATATAGGACAGTCAATGATAATTTTGAAACGGACTATAGCTAAAATAGGCCATGCTGTAAGTGCAATCTTCAAAGTCTGTGTGCAGCCATTTTGCATTGTGTCACTTTAAGGGAAATTCAAAGCATGCTTGGATGTTTACATCAACAGATAAAATAAGACATTCATTTCATTTATGGATTCATAAATTACAATAAGGTATGTATTGAAGCTTCTATGTAAATTTATGTAAGTTGATATGCAAGGTTGATCATTACAACGTTGACAGACAGGTGATAGAAAAAAACGTTGATCGAGGCTGGTTAAAGTATACTTTTAGTGCATTAATTCAGGGTTTTTTTCAATAAAAGTGTTATCGACCAGTTTTATACATATATTGACAATCAAGATGTGTTGTTTTATGAATTAAATTAACGTTGTTTGTTTGTTTACAAACATAGTTACATACCCCGACACTTGTTTCAAGACAGAATGTAACGTCATTAACGTTCGCAGACTTTTGTGTCACGCAGACTAAGGTGACATGAGTGTACAAAATTGTCAATTCTGCAGGAAGATTTTATATTGTCGAAACATCTTTCCCGTTTAAGATGAAAATGTCTGATGTTAAAAATCGAGACATTTGTACATGAAAATCTCTTCTACACAAAACGCTGGGTCAAAAATAATGAATAAGAATCTTGGGCTTATTTAAAACCCAAATTGTAGTTTAAAGACTGTGAAATGCAAACTTCTGTTTTTATATATTGTATATAACATATATAAACTGTATATACATTTTTAAAGTGAAATGCAACAAAAACTGCCTGTACTTTGGAGTGGGAAAGTATTTATATCTGCAATATTTGTCTTGCTTTTATAAAGTGAAAAAGCAAGATACAGGTATTACTTCTCTGAGTCAACGATGTCAACTTTTGTGTTTAGCTCGTCGTTAAAATTTCACGTTTAACTAAATTTTTCATTAAGTCCTAAAGCAATGATATTTGGTTTATAGTTTATAGATGTTCATCACAGTGCATGTGAAAATACCAATACAAATTAAACACATTTTATTTACAGTTATATGGCATCGGACATGGTTAAGGACCACACACATATTGAGAGAGCAAACCCACTGTCGCCACTTCATGGTCTACTCTTTTGGAACATCTAGGGAAGAATGAAATGTTTTATTTAACAATGCACTCAACACATTTTATTTACGGTTATATGGTGTCTGACATACGGTTAAGGTAGTACTAAACCAAATAACTTCCGGCTGGGTAAAAGTTCAAGGTACACCGAACTTTTGATAGAGAAATGAACACCACAAGTCCTGTGTTTGGTTATAAATGTGAGTGTGTTGTTTGTAATAAATAATAGTTTCATCTGGGTAAAAACAAAAATGCAATTTTATTTCATCTAGTACCACTGTGTCAAGTAGCCTTGTGCTTGAAACATGTATAGGGTACCTGTAAAAAAAAAGTACTCGAATTTTGTGCGGAACTAGGGTAGTCATAGACGCTACCCGTTATCTCAGAAATGAGCAGCTTGACCCCCAATTTTTTCTGATTCACTTTAAGTGTGATGGGTGGTAGTATTTATATCCGTGGCGTTTATGTCAATTGATACGCTGCAGGTAGGAGTTTTAGTCACATATGTTATTATTGTCGTCTGGGATTTGATTTGGTAGTATACACCCTTAAGGACCACACAGATATTGAGAGAGGAAACCCACTGTTGCCACTTCACGGGCTACTTTTTTCAATTAGCAGCAAGGGATCTTTTATATGCACCATCCCACAGACAGGGTAGTACATACCGCAGCCTTTCATATGCCAGTTGTGGTGCACTGGCTGGAACGAGAAATAGCCTAATGTGCCCACCGATGATGATCGATCCCAGACTGACCGCGCATTGAGTGAACGCTTTACCACTGGGATACGTCCCTCCCCCAGAACATCTATGGATGCAACTATCAGCATCACTAAATAAGTTTATGGTAGGGGAGATACAGTTAATTCCGTAGAATTAGTTCATTCTGTGGAATGTTTTGTTAAAACAGGGTGAGACAAACCCACTAGTCTGCCTTTGGTCCTGGCTAGTGAATTTGTGGTCTAGGATAGTGGAAATTATCATTTGCATTACTATAAAATAAACAGAACACTAGCTAGAGACTTTCTCAAATATTTATCAATGGTTACAACGGGGGGGGGAAATTACAAGTCGCCCGGTCGCCCGTGGCAACCTTTATTGGGTAAGGGTGACTAAGAATTTTATAAAAATAGTCTGTTGGGCGACCATCAGTTTTAGGGTCTGGCGAGTATGGTGCCAGTTAAAAATGAAACACACTGAAACTGAATCGAATGTGACAAAACAGTGTCTTTGCTGGCGTGAACTACAGATCTATACATGACACTAAGATTTACATGTTAACATAACTGTACAAAGATTACTGTACTAAACGAGTACGTTTTTATGCTTTGTAATATGATGAAAAAAAGTACATCGTATATTTTGGTAAAATGTTTGTTTTGATTTTTTTCATGTTTATTTTGCTTCGATATTTATTTTATTAGTAGCCTACTACTGAAGCATTTACAATATCCAAATTAAACGCACATGTGTGCATGGACCAACAAACACACGCACACACGCACACAGACACAATCGAACGATCATTTGGCAAAATAGTGGATGATTCCATGGATGTCTATCTAGTGCCTCGTTTATACGACAACACCTCCCAAGGAAATCCTTTACTAGAAATTCCATCCCTCTTACATTGCCACAAAGAGGACTGCCACTCTCATTAGTTTACTAAAAATCTTTACTATATTTGTACTGAATTATATTTTACTTCAGATACAATGCAAGTCAAGCTCCATATCTTGG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Transcript

ctg884-1.2-1

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	DUB\|USP\|USP

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00443	UCH	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001394	Domain	Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase	Interproscan
IPR028889	Domain	Ubiquitin specific protease domain	Interproscan
IPR038765	Homologous_superfamily	Papain-like cysteine peptidase superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11830	40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0004843	Molecular Function	cysteine-type deubiquitinase activity	Interproscan
GO:0005829	Cellular Component	cytosol	Interproscan
GO:0016579	Biological Process	protein deubiquitination	Interproscan
GO:0061578	Molecular Function	K63-linked deubiquitinase activity	Interproscan
GO:0070536	Biological Process	protein K63-linked deubiquitination	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for ctg884-1.2-1 global RNA-seq network