Gene detail

Detailed information of ctg413-7.9-1 in Gigantopelta aegis Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
ctg413-7.9-1	TRANSLIN AND TRANSLIN ASSOCIATED PROTEIN X	chr4	24998968	25017132	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

ctg413-7.9-1

ATGATCAAAGGGTTTCGCCTTGATGATCAAGTACACCGGTTTCGGCCACCAAGATGGGACCTGAATCTGGTGTTACGAGCGTTATCGACCGCACCTTATGAGCCGATCGAATCCTCTTCCCTGCAAGACTTGATGCGGAAGACGGTGTTTTTACTCGGTTTTGCCACGGCTGCCCGTGTCTCAGAACTCCATGCTCTTGATGTAGACTTGGTACGTTTTCACCAAGATCGGCGTGCAGTCAACTTGGGGTTACTCATGAACTTTGTTGCAAAGAATCAGTTACCAGACCAAGCGCCTCGTTCGTATGTTGTGCAGGCCCTCTCCTCTATCGTTGGTCCGGCGGACGTTGAGGACTTGGCGTTGTGCCCTGTCAGAGCCCTGCACCAGTACATCGAGAGGACCAGATCTTTTCGACAACATCGCAAAAGACTTTTCCTTTCCTGTAACCAGAGTCGGTTGAGGGACCTTACCAAGAACACGGTGGCCACCTGGATCCGGTCTTCTATCCTGACCGCCTATCAGAAGGAGGGTTTACCTGCTCCGTCTGCTTCTAATCCGCATGAACTCCGTGCCTTGGCTGCCACGATGTCCCTGCACTGCAACACACCCATTCAGCACATTATCACTGTTAAAAGAAGCCACAAAGGAGAAGTGAAGGTGAACGAATCGTCTCCAGTGATCCAGACGTTCCGCGTGTACCAGCGTGAACTCGATAACAGACATGACAAAGCAGATACACCTCAAACTGTCCATTCAGAGGCAATGGAGAAAATCAAAGAGATTCAGGAACAAAAGTTTTTGAAAATTGCCAAAGAACTGGAGGGGGAAGATCCTTACATGTTCATTAGAGCGTATTCACCAGGACTACAAGAATACATTGAAGCAGTCTCATTCTACCACTTCCTGAAAGAAGGATCGCTGGTCGGCCTCAACCAGGTGGAAAACGATCTCATGTTTAACTCCACGGAATCGCCAACTGTCTCGCAGGTTTACGTTCCACCGGTGGAATACATGCTCGGAATCGCAGATCTGACCGGGGAGCTCATGAGGTTGACAATCAACAGTGTCGGTGCGGGGGACTTGGAAACGCCGTTCAAGGTCCGTGATTTTATGCAGATCATCCACGAAGCATTTCAGTCTTATGGAAACACTGCCCGGGAAATCAATAAGAAGATGTTTACTCTGCGACAGAGTCTACAGAAGGTTGAGAATGCATGTTACACGATCCAGGTGCGAGGGTCCGAGATCCCCAGACACATGTTAGCAGACGTTCTCCGGCAGCCAGTACAGTGCTCTGATGACAATCAGACATTTTAGGATCAGTGGTTTAGCATCAGAGGCCCCTCCCACAACTAAACATTGGAAGTTACTACAGTGTGTGATTTTGGTTTAAAAAAAGTAAGTGTCATAATGACTCCCTATTTGCAAATCTTTAGAGCCCACCACCAACCCAGCAAGCCCTGCTGTGTGTCTCCAGTAGAACAGAAGATACACTAAATATTTTGCATGAAACCATGGAAAAGATCGCCATTCAAGACTGGTTTCCCAGGATTTTTGAGATAAATGTTGACCGTGTCATTTTGAAAAATCAATGTAATTTGCCACTGGTTGGGATGGGGAAAAAATGCACTTACCCACCAAAGGGGTTTGATCCGGTGACCTATGTACCACAAGCAAATGCTCTACTGATGAGTGAAGTGCCAGTCATGTACCTACATACATGAATATATGTACACAATCTGTGTACCGACAGATGTACACAAAGAGTGAAACCTGAAGCTATATGTAAATAATAATTGTCTACTTTTATGCTTGAGACAAAATGTGCTGTTGAAGTTGTGTGTTGGTGGTTAGATCACAATATTTTATCAACAGAAATTTTTACTTTTATATGTGCTGTATGAACTTTTTTCTTCTTTTTTTTACTACATTTCCACCCAACATTTTGGCAGAATCCAGCTGCTTAGTTACATAAGGTGAACGTGATCCTCATAACTGTCTCTGTAATGTCCATCTTCACGTAAGACTACATGTAACCATTTTTCATTGATGAATATCTGAAGTGTCATGGAATGCTGTAGAATATGAGTCTTCATTCATTACCTTAAATGAAATTTTTTCTCATAAAAATTGTTTGGATTTTATGTTTTGTTATTTTTGGGGGGTTCTGCTTGGTTTATTGGGTGGATGTTATGTATAAACAATGTACTTGTTCATAAATATCAATGTCTTCTTGTGTAAACTGCATGACTGAAGAAATGGTAAAACTCATTCATTTATAGGTCATTGCTTTCTCCATTATACAGACAGTAACAGTTTTTCTGTTAAATCAGATTATAACTACATAGAAATCCCCATCGGTGGACCCATTGGGCTATTTCTCATTCCAGCCAGTGCTCCACAACTGGTGTAACAAATGTCGTGGTATGTACTGTCCTGTCTGGGGATGGTGCATATAAAAGATCCCTTGCTGCTAATCGAAAAGAGTAGCCCATGAAGTGGCGACAGCGGGTTTCCTCTCAATATCTGCGTGGTCCTTAACCTAATGTTTGACGCCATATAACCTTAAATAAAATGTGTTGAATGCGTCATTAAATAAAAATAAAAATATATATTAAAAAAAGACATTTTGAGCACCTTTGTTTTGTGTATTTTTGTGCCTGGGTGTTGCTAAACATTCAGTCGTTAATTTTAAGCAATATTTATCTCCCTTAATTATTCAGCTCTAAATGTTTTTCATTCACATTTTAGTGCCATTTTTTTTCCTTTGTGTCCAAGTAGTTTATGTGATTTATCCCCATGTCCTCATTTAACAATATGGTCACCTGTGTACTTGCATTTAAAGTATTTGTAATGTATGTAGATACAAATGTATGTCATACTAAGCTCAAATTGATTTGTTTCAATGTTTTGCTTCTTTTTGTCAACATGTAGATTTGGTTCGTCTTTTTGTACTGAATTTTATGTAATGGTTAGAATTTCATCATTGTCATGTACCGTACCAGCAATATTTACTTTTCAAACAGTTAAAATCATTAACGTGTGCAAAGTTTAATATACATGTACATGGTGCTCTTTGACATCAAATCATTTCATGTTCATGATACACAAGACCTATGCACTTGGGCAGGTAATTGTTTGAAGATCTAAGATTATATACATTATATCTTGAATTATGAATATTTGGTCTGCTTTTTTTCTGTTTTTTAATTGATGTTTAATCATTTTCCTTTTGCTGTAGAATTTTAACGCAATACTTTCAGTTGTTTATGTAGGACAAAAATCCACTTTTGCCACATTAGATATTCCTTTTCAGCAGCAAAATGGCTTTTAATATATTTTCCCCCATGGTCTTTGGTAACAAGTCTTGGAGCACTGGTTTTGATAACCAGTCTTTGAGCACTGGTTTTGATAACCAGTCTTGGTGCACTGGTTTTGATAACCAGTCTTGGAACACTGGTTGGATTGGAAAATTCTTTAGGTGATCTACTAAGGGGGAAGAGAAGTGAAACATGAAACTAATGACTGGTAATCATGGTACCAGTTGTAGTTATAATTTGGAGAGTATGTACCAGTAAAAGTCTTTTAGCATTGCACTGCGAGATCGCAAAGTTGCAACAGTTTTGTGAATTAGGCCCCTATACTTTTTGTCTTTTTTTACGATGTATTAATGCAAATAAATCTGTAATGAGACTGAACAGTTGTGTGTGTTTGTAGTCATTTTAGTTGAACTAAAAAGGTGTTTGTTTTGTTCAACGACACCACTAGAGCACATTGATTTGTTAATCAATGGCTATTGGATGTCAAACATTTGGTAGTTTTGACATATAGTCCTAGAGAGGAAACCCACTACATTTTTCCATTAGTAGCAAGGGATCTTTTATATGCACATGATAGCACATACCATGGCCTTTGATATACCAGTCGTGGCGCACTGGCTGGAACAAGAAATAGCCCAATGGGCCCACCATTTAGTTGAACTAGTTCTCCATTTTGGTAGTAAAGATCTTGTAAATTAAAATTTAAAAAGTTTGTTTTGTTTACCACCACCATTAGAGCATATTAATTAATCATCGGCTATTGGATGTCAAACATTTGGTCATTTTGACATGTCAACAGAGGAAGCCTGCTACATCTTTTCTTAATGTAGCAAGGGATCTATTATATACACTAGAATACCACGGCCTTTGACCAGTTGTGGTGCACTGGTTAGAAGAAGAATCAGTTGAATGGATAAATTAAAATTGTATGAAAAACTTAATGACTTCAATGATACACCAAATTACCGTCTCATCGTTCCATTTACATTTGTTTCATTTAAAACCTTTTTGTACCATAATTAAAAATCTAGAGGCTATGACTATTTTATGTTCATACATGTACATGCATACTAATGTGAGAATTCAATATAAAAAATAAAAACCACGCATTTTTCAAACAATTTATTATTCTTTTGAACAAAACAATACAATGGGTAAATTAATTGTCTAAGCAATGCAACAGAATCCAAGATCTCTGAGAAACAAAATATTGCTGAACATTGCACTGAGCACACGTGTACATTTAACAAGAAGCTGTTCTGAAACTAATAATTATAACACCTGCAGATCTATATTTATATAGAGGGCACCTGCCGAACCAGTAAGATTTGTACACTAGAATCGCCACTAATCCTGAGAAGTGTAAAACTCAGTACATGTAGACCATTTAAAGGTAGGATGTCTGTTCTGAAGATACACTACTCAAAGAGGCCGAGGCCTATCTCTTACCATAGAGGTAAGCCATGTTGCTATCACATGCACACAAGAAGAATAACAACTGCAATGAAATGATGAAACATTAGAGTAGTGGACCTTGGGAATAACAAGATGTCCTCCCATGTACAGGATACCGTACTTTTAACTTTTATTAATGAAAGTATGGAAATAAAATACAATACCGGTACTTGACTGGTAAACATTTCTGGTTCTAGACAAGGATGAAGATATAAATATTGAAAT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Transcript

ctg413-7.9-1

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01997	Translin	Translin family	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002848	Family	Translin family	Interproscan
IPR011010	Homologous_superfamily	DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core	Interproscan
IPR013762	Homologous_superfamily	Integrase-like, catalytic domain superfamily	Interproscan
IPR016068	Homologous_superfamily	Translin, N-terminal	Interproscan
IPR016069	Homologous_superfamily	Translin, C-terminal	Interproscan
IPR036081	Homologous_superfamily	Translin superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10741	TRANSLIN AND TRANSLIN ASSOCIATED PROTEIN X	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0004521	Molecular Function	RNA endonuclease activity	Interproscan
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
GO:0006310	Biological Process	DNA recombination	Interproscan
GO:0015074	Biological Process	DNA integration	Interproscan
GO:0043565	Molecular Function	sequence-specific DNA binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for ctg413-7.9-1 global RNA-seq network