Gene detail

Detailed information of ctg131-7.5-1 in Gigantopelta aegis Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
ctg131-7.5-1	DNA2/NAM7 HELICASE FAMILY	chr2	34018617	34054209	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

ctg131-7.5-1

GGTGAATAGACAGGAGGTGAATAGAGTTATCTTTCTTAATTTTGTGCGAACGTCACTAGTCGGTACTTGTGTGATATTCGTCACTAGAATGTGCGTAGTTCCTGACGTCACCCACCAAACAGAATGGCGTGTGGCAAATAACGGTGAACTAGGAGTTCATGAAAAAAATTAACTTTATTGATGAAGTAATACTAATTGATATAGTTCATTATACCAGTTAATAGTTTTTATATGTAGTTAGGAAGCCAAAAGTGGTATTGATTTTCAACAATGAGTGTAGATGCTTACGGACCGAGCTCACAAACTTTAACTTTCCTGGATACCGAAGAAACTGACCTCATTGGTGCCGACACCCAAGGGTCCGACTTTGATTTTACCGACTTTACTCTTCCTTCTCAAACCCAGTCACAAACTCAGGCTTCCCAGTTAGACGCTGGTCAAAGTCAGAGTCAGGTAAATGGATTAGATCGTCCTGTACAGAATGGCTTGGATGGCATTGTCAACTCGGTCACTCAAGGAGTGGCCGAACTCAACTTTGAGGAGGATGAAGAAGAGCAGTTTTATATGAAAGACTTGCCCAAATATGCCTGCTCATATTGTGGGATTCATGATCCATCGTGTGTGGTTTTCTGCAATACTACAAAAAAGTGGTTTTGCAATGGCCGTGGAAACACATCTGGCAGTCACATTATCAACCACTTGGTCCGCGCCAAGGCCAAGGAGGTGACTCTGCACAAGGACGGCCCACTGGGAGAGACGATTCTCGAGTGTTACAACTGCGGCTGTCGCAACGTCTTTCTGCTCGGTTTTATTCCTGCCAAGGCCGACTCGGTTGTTGTGCTGCTTTGTCGACATCCATGCGCCACTCTAAGCAACCTCAAGGACATGAACTGGGATCCAAACCAGTGGCAGCCATTGATCCAGGATCGTCAGTTCCTAGCGTGGCTCGTGAAGGTTCCATCAGATCAAGACCAGTTACGGGCTCGCCAGATCTCAGCACAGCAAATCAATAAGCTGGAAGAACTATGGAAGGAGAATCCCGATGCTACACTGGAGGACTTGGAGAAGCCAGGTGTGGACGAGGAACCACAGCAAGTTTTGCTCAGGTATGATGATGCGTATCAGTACCAGAATATTTTTGGCCCGCTAGTGAAGCTCGAGGCTGACTACGACAAGAAGCTGAAAGAGTCACAGACTCAAGACAACATCGTCGTACGCTGGGACTTTGGACTTAACAAGAAACGCATCGCCTATTTCCACCTCCCCAAGGCCAACGATGAGATGAAGTTGATGCACGGTGATGAGCTGCGATTGCGCTACATTGGAGAGCTCCACAAACCCTGGTCTGGAGTGGGGCACGTCATCAAGATTCCTGACAAAAAAGATGGTTTCTTTATTGGAATTTCCCCACCTTTTGTTCCTTACATAATTCCAACAGATTATAGTGATGAAGTGGCCATTGAATTGAAGAGCAATGCCGGAGTGCCATCAGAGTGCACACACAACTTTGTGGTGGACTTTGTGTGGAAGTCAACCTCATTTGACAGAATGCAGGCGGCCCTGAAGACGTTTGCTGTGGACGAGATGTCCGTGTGGGGCTACATCTACCACAAGCTGCTGGGTCATGAGGTGGAGGACGTCGTTCTCAAGTGCTCCCTCCCCAAGAGGTTCAGCGCCCCAGGGCTCCCCGAACTCAACCACTCACAGGTGTACGCCGTCAAGACTGTCCTCCAGCGACCACTCAGTCTCATCCAGGGTCCGCCAGGCACAGGGAAAACGGTAACGTCGGCAACGGTAGTCTACCATCTTGTGAAGCAGAGCAACGGATCAGTGCTTGTCTGTGCTCCGTCTAACATCGCTGTTGACCAACTGACAGAGAAAATACACCGAACGGGACTAAAGGTCGTACGTTTGTGTGCCAAGAGTCGAGAGGCCATCGATTCCCCTGTATCCTTCCTGGCTCTACACAACCAAATCAGGAATCTCGAAAGTGTTCCGGAGTTGCAGAAATTACAGCAGTTGAAGGATGTGACTGGTGAACTGTCATCTCAGGATGAGAAGCGATACCGTGCCCTGAAGAAACAGTGTGAGAGAGAGCTCTTACAGGTTATTAGTCAATTTATTTACGTTGTATTACCTAAAGCTGCTGATGTGATATGCTGTACCTGTGTGGGAGCCGGCGACCCTCGTCTGGCCAAGATGCAGTTCCGCTCGGTGCTCATTGACGAGAGCACACAGGCCACAGAACCCGAATGTATGATTCCCGTCATTCTGGGATGCCGCCAGGTGCCTGAAAGAACTCGCAAGAACATGGACTTTCCATGGCCACAAGCTGACAAGCCAATGTTTTTCTACTGCACATCCGGCCAAGAGGAGATATCCAGCTCTGGAACTTCCTATCTCAATAGGACTGAAGCTGCCAATGTGGAGAAGTTGACAACTCGTTTCCTGCGTGCGGCCGTGAAGCCCGAACAGATTGGAATCATTACTCCATACGAGGGTCAGCGGGCGTACCTCGTACAGTACATGCAGTACAGCGGGTCACTCAACAAGAAGCTCTACCAGGAAATTGAGGTAGCCAGTGTTGATGCATTTCAAGGAAGAGAGAAGGATTTCATCGTGCTCTCGTGCGTTCGCTCCAACGAGCACCAGGGGATTGGTTTTCTTAACGACCCGAGACGTCTCAACGTTGCCCTCACCCGAGCCAAGTATGGTGTTATTATTCAAACATTGTGGAACCATCTGCTGACGTACTTCAAGGAACAGAAATGTTTAGTTGAAGGACCGCTGAATAATCTCAAGGAGAGCCTCATTCAGTTCAGCAAGCCGCGCAAACTTGTCAACACGGCTAATCCAGGAGGTCGCTTCATGAGTACAACAATGTTTGACGCTCGTGAACTGTTGGTTCCAGGTAGTGTCTACGACAGGAGTGTCACATACCGTGAGCCTGTGGTTAGAACACACGACCAGCTGAGCTACATCGGACCCGAGCGGGCCTACCAAGGAGCGGCGCTGAACCTCCCGGTCCCTGTCAACATGTTCCTGCCACCCGTACCGCAGCCCTTCCAGCCTCAACCCATGCCGCTAGGAAACAAGAATGTGCCGCCGCCACCACGCAGAATGGGAGGCAACGCAATGCGCCACAAGAAGCCGCCACGATACAGCAACATGCAGCCCAACATGGCGCAAGTCAGTATGCTGGGATCGCAGAGTCAAGCCAGTCAGGATGCCTCTCAGCCGTACTCACAAGGTCCGCTGACCCAGGGCCACCTGTCGATGAGCCAGCCATTCCAGATGAGTCAACCTGGCTTGTCAGGACTCTCACAGGCAGAGCTCTCTCAGGACAGTTTCCTAGCGGATGACTTCAAGTCTCAGGCTGACGGCATGCTGTCGCAGGACTCCACGTACCAAGGGGACCGCTTCTTCTACGGCTCCCAGCTTTCGCAAGGGCCATTTAACTAACGGGACACACACACAAAGCGCACAATAGCGCCAGAATGACGGCAACGACGACAACATGATCAAATGTGACCAGCAGACAGACTGATCGGTGAGCTTACCATCTGCAGTGTCAGTGAAGAGGACGCAGCATGGAGAGAGGAGGAGTGATGCAGCGGGCTACCCGGACGTGTGGTCAACATGGACGTGGGCCACTGGTGGTGGATGCAGAGGAGGAGGTGTGCTAGGGCCAGTCCAGAACCACGCGGGGTAGTGGGCTTGTTGAGAGTGTAGACACCAAGGCAGGAGGACAGACACTGCATCAACACGTGGAAAACAACTGTCTGGAAACATTGTGTTATTATATGTCAAATTTTGTGTGCCACCCAAAAAAATAATTAAATTAAACAAAAACAACAAATGGCAAATCAAAAGCGAAAGCGGAATTCGTGCTGCACAAAAAAAGGAGAACAGTGATTGTGGCTGTGTGTTTTTTTGTAAAATCATTTGGAGGAAAGCCGCATTAGATGGTGGTTTTAATTTCTTGGAAGTTGGTTACATTGAGTACCTTTCTTTATTGACGATAATTAATGTGGATTTGCATCAAGTGAAGATTTCCAGTTAATTATTTGGTTGTACATCTTAGATATCCAATCTATAAGCTGGCGATTGTTATTGAATCAGATAACTTGTAGTTTTGATGAGACAAGGGAGTATCGACAATATCATAAGTAGGATACCGGTTTTACACAGTGTTAGTTGCACCATTTGTTGCGTGAGACAGTTGTTTTGAGGCCGCTGCATTATACATTACATCACAAGTATCTGTCGATAATGTAGCCAATACAAACAAATATCTTGGACTGTTATTTCTACAAATATTTAACAAATGTTGAGAAATTTTTATTTTGATGAGTGAGTAATTGAAATAGACTGATAAGATGGTAACGGAGTCAGTAATGTTTGAATCACTTTTCTGTGGTTTTTGGAATTGCCTTCAGCTTGAAAAAATAATAGAAATCTGTGCAAGTACACTAATTTAATAACCCTGTATCTTAGATTTTAGGTTTTTTTGTTTTTTTTACGAATTTAAATAAAACTATTAAGTATTTTTCAAGGCATGTTCTTTATGGCATGTTTTTTAATGGCTTTTTAAATATACTAAGAACAATGAAACTATAAAAGTATTATTACTTGTTAATTTTAGACCAACAAACATGTGAATTGCAAACTGCAGTCCTATAAGAATGGAACAGGTTGACCATGATAGTCCAGTGTAAAGCCGATAGTTATGTGTGTCATGCTAGTAGAAGTGGAATCCACAAAATGTGTTAAACACCTGTCATTGCCACTGTAATTATAAGATACATATAAACACATACAGTGCTTTGCCCTAGTGGATCACTTAGACATGTCACCATTAACTGGCTTGAGAGGAACACAAAACCGAGTCTGATATGTGTGGAGGGTGTCCGGTTGTGACGCCAGATCTTGTGAGTAGATCAGCCCAACATTCAGATTATCTTGCAACATTAATTTAATCTATATATATAATAACAGTA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Transcript

ctg131-7.5-1

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF09416	UPF1_Zn_bind	RNA helicase (UPF2 interacting domain)	Domain	Interproscan
PF13086	AAA_11	AAA domain	Domain	Interproscan
PF13087	AAA_12	AAA domain	Domain	Interproscan
PF18141	UPF1_1B_dom	RNA helicase UPF1, 1B domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR018999	Domain	RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain	Interproscan
IPR027417	Homologous_superfamily	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase	Interproscan
IPR040812	Domain	RNA helicase UPF1, 1B domain	Interproscan
IPR041677	Domain	DNA2/NAM7 helicase, helicase domain	Interproscan
IPR041679	Domain	DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal	Interproscan
IPR045055	Family	DNA2/NAM7-like helicase	Interproscan
IPR047187	Domain	Upf1-like, C-terminal helicase domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10887	DNA2/NAM7 HELICASE FAMILY	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000184	Biological Process	nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0003724	Molecular Function	RNA helicase activity	Interproscan
GO:0004386	Molecular Function	helicase activity	Interproscan
GO:0005524	Molecular Function	ATP binding	Interproscan
GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
GO:0008270	Molecular Function	zinc ion binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for ctg131-7.5-1 global RNA-seq network