Gene detail

Detailed information of ctg1-4.3-1 in Gigantopelta aegis Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
ctg1-4.3-1	KH DOMAIN CONTAINING RNA BINDING PROTEIN	chr4	83468178	83476509	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

ctg1-4.3-1

GGTGAAAACATTCACTTAAAAATTCTTGTGCCCAGTATAGCTGCCGGTGCCATCATTGGAAAAGGTGGGGAAACCATTGCACAAGTTCAGAAAGATGCAGGCGCTCGTGTTAAGATGTCGAAAGCAAATGACTTTTATCCTGGAACAACCGAACGCGTCTGTCTCATTATGGGTCCCGTCGAAGCTGTCCGCCAAGTTCATAATTTTGTCATGGAAAAAATTAGAGAAAAGCCTGATCCAAATCCAAAAATGGATGAAACAAAGTCGACATTTGAACGGCATCGGCAGGTCAAAATTCTTGTACCTAACAGTACAGCCGGAATGATAATAGGAAAGGCTGGGAACTTTATCAAACAAATAAAAGAAGAAAGTGGAGCTTATGTACAGATTTCCCAAAAGTCAAAAGAAACTAATCTACCAGAAAGATGTGTGACTGTAGCAGGTGATTTCGATTCCAACACAAAGGCTATAGACATGATACTTCAAAAGATCGTGGAAGATCCACAGAGTGGAAGTTGTCCAAATATCAGCTATGCAGATTATACGGGTCCTGTCGCCAGTGCCAATCCCACAGGTTCACCTTTCGCTAACAGCACATTTATTCAGAATCGCGGTCAAGAAATGGCGATTGGCAACAATAATTTTGCAGGTGGTGGAGGTTTCGGTTTCGGATTTAATGGAAACGCCAGCATGGCAACGGGCATGAATTTCAACACTGGAGCGCCGGGTACCATGTCGGGTGCCAGTATTGACAACTTGAAAGTGACTTTACGAGGCAGTGGATTCACTGACCAGGCCACCGAGGAGATAAGTCAGGCAATGAACACGCTAGCTAACTATGGAATACTTGGAATGGGATTAGGTCTTGGTGTCAATAACATAGGAAATGTTCCCCAGAACATGAGTGGCAACACTGGTATAGGCAATCTGAATCTGGGTACCCCGGCCATCGGATCCACGCCACTGATGACGAGCACATCGTCGGCTTCAGGAAACGTGTCCCAGGGCAGCCCATACCTCAACACTAGCAATAATTCGGCTAGTGCCACAAGCTTGTTTGGTCCTGTTGGCAGTGGTTCATCTGGACTAGGTAGCTCTGGCTCTACAGGTGCCAACTCTAGTCTGTTCGGAAGCTCTTCCCCAAGTGTACAGCAGGAGCGATATGGAAGTAGTCCCATGTTAAATGATTCCTTCTCTAGTGCTATGACTTACCCCAGCACTGCCCAAGGATTTCCCGCTAGTGATAGGTCTCCAAATATCAGTGTTAACCAAAATTCATTTGGCCTTGGAACAGGAATGTATAGCCCTACAGAGGACAAGTCGTCTGGAACTACCAAACAGGATCTGGAAGTGGCGGAAAGTATCGTGGGAGCTATACTGGGCCCTGGTGGAAAGGGCATTGTGGAAATACAGCAGTACACTGGTACCAATATTCAAATCTCGAAAAAAGGGGTGTACACTCCTGGAACCCGGAACCGCATAGTATCTATCACTGGAACGCCATCTAACATAACAAAAGCACAGTACATGATTCAACAACGCATTCAACAGGAAGAGTACAAACGAGCCCGTCAAGCATCAGGACATTAGGATACTAGGATATTGTGTTTCATAACCAAGCATCATAACAAAAAAACTTATTTAAGGCCTCTTTCGTTTTATCCCTATTGGTGGCATAATCGCCTTTACAGTGAATTTGTTTTTTTTGTGCATTACGTGATTTTTTTTTTCCTACATGTACATTTGCATTGCATGTTCATCCCAGATACTCTGCTATACACAAACATCATTTGGACTATTAAAAACCATTAGGAACTCCTGTATATACGTATATCACTCAGATCTCAGCCACATGTTCACGACAGATTCGTTTCTCCCTCATAGATTCAACTACAAAGACTTTCCTACATCACATATTGTTTTTACCGTCTGATGCAAACTTGCCGCATCCTCCTCGAGGTCTTTCAGTAAAACCAAGATGGCTACCTAGACATTCGTAGACCATTGTTCAGGACTATTTTGTACTTGGAGATCAATCATCAGTTCTTGTTGGGTGTTTTACTCGATGTTAGTGCACACCTTTCAGACTTAAACATATTCTCCACTTTCAAAACCTCAGCCTTTCATAGAATGGAAGGCTTTATATAGTATATTAGTCACATTTATCATGCAACAGAAATTGTATCATATTCATGTGTAAGTCAATGGAATATTGTATTATGTAAAAAGTTGTTTTATTAGTTGAATTGATTGTTATTATTTAACTCAAAAAGTTGTTAACCACGTTTCATATACATGTTCTAATCACTATGTTAACTGTAATTATTGAGGAGTTATATTTATTTTCAACCATGGAACTGGAGCCAGATTTATTATAGTCTTTGTCTTAATCTAGCATGAAATCATTGTGTGCATTGTAACCAGGGAAGTGTGCGTTTTAAAAATTGAACGGGTATTTCTATTCTTTCCTATTCTCTTGCTTGTCTCCCTTTTATTTCTCTCTTCTTTTTTTTTTAAATTTGAGATTTTTCCTGTCAAAATTGTTTTTTCTTTTCATCCGTTCAGTCTGTTTGTATGCCGTTAAAAGATTTGGAAGCTGGTAAGGTGTGTTTGCCATTATATAGAAGTTCATTATTCTTTGGAGAGGTCCTGCGACAAGACATGGTTCGAAAACTTAGGTTAGATGTGTTATTGAAAAACATTTTATTGTGGGAACAATAGGAATTGCTTAGTTACTATTTATTATATTAGATACAGCATTGTCAAATGTCTCCTACATGTAGATAGATTGTTATTCCCATTTATACTGTGATTTTGATGGACAGGTGAAATATGCAATAAGATGTGTGATTATCCACAGGGGGTGTGTACCTGTTATAGGAGCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCACTTTTATCTGTGTTTCACTCCTGACTCCTGCACCGTGCCTGCCGCATGCTGTGCAGCCCGTTCAGTCATTTCACCTCTCTGCATGTGATCTTGATCGTTTTATACTCATATTATTCCTGGATAGGCCACGCATTTCCCATGAGATCTGGTGTTTGTCACAGCCCGATGTCTTTCCTTATGGTGTGGATCTCCAGTGTGCGAAGTGAAACACCGATTGTGCCAACAATGCTTGTGTGCGTTGGCAACATAAAAGTATGTTTTGCATGCTGTAATCCTTCTAATTATTTGGACAATTCATTATTTTTTTTCCACCCCTGTTTTTTTATTATTTATGTGATATGTGTAGTGTGATGGTTCAGGGATTTGTTACTGATCAGAATACCCAGGTGTTGGTATTTTTTTAACTTTTCTGTTTTTTAAAGAGAAAAATATTAGTTATGAAAGAGTTAGAAGGATTATGGTATGCTATGATGTGGTGGGCTTTCTCAAAACCTCTCTAAAGTCTTTTTAAGAGTACATAAAATGGAGAGTTGGTTCATTTATTCAATAGTTGCTGAAGTGTGTGGCTTTACATAAACAGTTTTTGATATAACAGCACATAATGTATCAGCAATGCATTTTGTTTTGAAGTCTGGAACTTAACCAAAGCAATACAACAGTTGCTATTTGTAACCCAATGTTTGTTATCAGTGTATTTTTACATGTTCTCAATTGTACTGTGGTGAGGTTGGTCACTTGTTTTAGTCATTATTTAGCATATTCCGCACATAACACTGGTATGGTTCAGACTGAGAATCCAATTTATTGTCATAATATTCACAAACAAGTGAAGAATAATCGTAGCATAAAAGGAGAAAGATGAAAGATGATTTTATTTTTGTTTTTATTTTTTCTTCCAGATGATGCTCTCTATATTATGTACTCTGTTTCCCAGATAGCTTGTTTTGGTAACAAGGTGTGTGCACAAGGTTGTGCTTGGTATTTGCTGACTTGTTCAGTAGTGTGACGGGGTAACTGAATGTCCATTGCAGAGTACAGACTGCCATTAGCTTTCAGTGGCAGTGCGAGGAGATGCCTCGGGGGAGGTGGGGTACCTCCACCTTATTTGAAGAAAAAACCCATAACTTTTTAAAACAGATAATCTGCCCCAGATATTGCCCTTCATTGCAGGGTACCTGGAGGCAATTGTCCCTACCAATTGTACCCCTTTGCACTGCCACTGTCAGCTTCATCGCTAGCATTCACATGAAATATATTTATATATGCATCCAATATTATAAAGCATGCATTGTGTACATTTATCAAAAAATATCATCAAACACAGATTTTACCTATTTTATTTCAAAGATTATTATTTATTTTTTAATTCATTATCTTGCTTGCTAGTTATAGCATTAATTATCATTATTTTCATTTAATATTGTTGGTATTATTTTAGTGGCACTCTGTTTTCTGCAGATGCGACATCACACTTGCTGTGGGACTATAATTGTTGATTAATTATACTGCAAATACCATGTCCACCACCTGGTAATATATGCAGTTCTCAATAAGTTTCAATAAATTAAAGCTGAACAAAGCTTTCATTTTTGTTTTTGTTTATTTTCATATACCGATAATTAATATGCAGTATCATGGAAACAAATCTGTTTGATAGAAAACATGTGTGGATATTGTATTTCCACAAAAGACTATAGTATTGACATTAATCATGGTTTCTTTGATTGGATTGTTAACTCACATGTACATCGGCCATCAGTTTAATCAGTGGCATTTATCTAACAAACGACATGGGGCCGATTGGGCTATTTCTCATTCCATCTAGTGCACTTCAACATGTATATTAAAGACCATGGTATGTGCTATCCTGTCTATGGGATGGTGCATATAAAAGATCCCTTGCTTGTTTGACATCCAATAGCTGATGATTAATAAATCAATGCTCTAGTGGTGTCGTTAAACAAAACAAACTTTAACAAACAGCAGTTTTGTCACACCTTATGATAACAGTGAGAGACTTGTAACATGCTTATCATACAGACAGAACATCACATACCACATTGTTAAGTATACCAATCATTGTCTGGATTGA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Transcript

ctg1-4.3-1

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00013	KH_1	KH domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR004087	Domain	K Homology domain	Interproscan
IPR004088	Domain	K Homology domain, type 1	Interproscan
IPR036612	Homologous_superfamily	K Homology domain, type 1 superfamily	Interproscan
IPR047274	Domain	RNA-binding protein Nova-1/2, type I K Homology domain 3	Interproscan
IPR047275	Domain	RNA-binding protein Nova-1/2, type I K Homology domain 1	Interproscan
IPR047276	Domain	RNA-binding protein Nova-1/2, type I K Homology domain 2	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10288	KH DOMAIN CONTAINING RNA BINDING PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000381	Biological Process	regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome	Interproscan
GO:0000398	Biological Process	mRNA splicing, via spliceosome	Interproscan
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0003729	Molecular Function	mRNA binding	Interproscan
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
GO:0010468	Biological Process	regulation of gene expression	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for ctg1-4.3-1 global RNA-seq network