Gene detail

Detailed information of RPACG16293.1 in Riftia pachyptila Gene info

Gene ID	Annotation	Contig	Start	End	Strand
RPACG16293.1	39S RIBOSOMAL PROTEIN L35, MITOCHONDRIAL	tig00034984	1257722	1260418	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

RPACG16293.1

ATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACACACTCATACACCAACTCACATATACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATATACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATATACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATATACACATGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACATATGCACTCATACACCAACTCACATATACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACACACACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATATACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACACACACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACTAACTCACATACACACATGCACACATACACCAACTCACACACATGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACACACACACACACACACACCAACTCACATACACACACACACACACACACACACACACACACCAACTCACATACACACACACACACACACACACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACACACACACACACCAACTCACATACACACACACACACATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACGCATGCATATATATACACTCACATACATACACATGTATGAACGCATGCATGCACACACACACATGCACACACCAATCACATGCACACACCAACCACACGCACACACAAACTCACATACACACATGCACACATACACCAACTCACATACACACATACACCAACTCACATACACACACACACACACACACACACACCAATTCACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACCAACTCACATACACACACGCACACATACACCAACTCACATACACACACGCACTCATACACCAACTCACATACACACACGCATGCATATATATACACTCACATACATACACATGCATGAACGCATGCATGCACACACACACATGCACACACCAACCATGCACACACCAACCATGCACACACCAACCACACGCACACACCAACCACATGCACACACCAACACACCAACCACGTACACACCAACCACACGCACACACCAACCACATGCACACACCAACCACATGCACACACCAACCACATGCACGCACCAACACACCAACCACGTACACACCAACCACACGCACACACCAACCACATGCACACACCAACACACCAACCACGTACACACCAACCACACGCACACACCAACCACATGCACACACCAACCACATGCACACACCAACACACCAACCACGTACACACCAACCACACGCACACACCAACCATATGCA

Transcript

RPACG16293.1

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01632	Ribosomal_L35p	Ribosomal protein L35	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR019338	Family	Large ribosomal subunit protein bL35m	Interproscan
IPR021137	Family	Large ribosomal subunit protein bL35-like	Interproscan
IPR037229	Homologous_superfamily	Large ribosomal subunit protein bL35 superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR15909	39S RIBOSOMAL PROTEIN L35, MITOCHONDRIAL	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003735	Molecular Function	structural constituent of ribosome	Interproscan
GO:0005739	Cellular Component	mitochondrion	Interproscan
GO:0005840	Cellular Component	ribosome	Interproscan
GO:0006412	Biological Process	translation	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for RPACG16293.1 global RNA-seq network