Gene detail

Detailed information of RPACG14845.1 in Riftia pachyptila Gene info

Gene ID	Annotation	Contig	Start	End	Strand
RPACG14845.1	JITTERBUG, ISOFORM N	tig00007493	19481	23579	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

Protein

RPACG14845.1

MSGINPSVIITITVVTIITIIITITTTIIIITTIIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITITITIITITIITTTIIITITITIITITITIITIIIIIIIIITITITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTIIIITIIITIIIITIITITIITITIITTTIIITITITIITITITIITIIIIIIITITITIITIIIITTIITIITIIIIIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIITITTIIIITTIIITTTIITIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIIIITIITTTIIITITITIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITIIIITTIITIITTTIIITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITITITITITIITIITIITIITIIIIIITIITIITITITIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITIIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIITITIITITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTIIITITITIITIITIIIITITITIITITIITTTIIITITITIITITIITIITIIIIIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITIITIITITITIITIITIITIITIIIITTIITIITITITIITITITITIITIIIITTIITIITITITIITIITIITIIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIITITIITITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITITITIITIITIIIITITITIITITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIIIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIIIITTIITIITIIIIIITITITIITIIIITTIITTIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIITITTTIIIITTIIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTITIITTTIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITITITIITIITIIIITITITIITITIITTTIIITITITIITITITIITIIIIIITITITIITIIIITTIITIITITITIITIIIITTIITIITIIIIIIITITITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIITITTTIIIITTIIITTTIITIITTTIIITITITIITIITIIIITITITIITITIITITITIITIITIIIITTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIIIITIITTTIIITITITIITITITIITIITIIIITTIITTTIIITITVVTIITIIITITTTIIIITTIIITTTIITIITTTIIITITVVTIITIIMTITTIIIITIITTTIIITIITTTIIITITITIITITITIITIIITIIIIIVFAIIDVGIVFVPSCIGSVFRFRAQFEVVQCYVLSLASLGRNDFRFLASCSRSVMSDIMGGPGHVECTGDGLKFGYINHPMYATISTKRAGPGELTVFCKGPTKNSFCELKDHKDGTFLLIVKPQDIGVHRLHVRYNDIDVPGSPFSPTVSPASLVKVVGPGVEDGIITAPETGLFEVRTDKVGAGDVRVKIGGPRGAFKLVTEKRGRTLLCNYYPTEPGAYIVDITYDGVLVPGSPYQVYLAKDDDDLRHFKALQSEA

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00630	Filamin	Filamin/ABP280 repeat	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000515	Domain	ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like	Interproscan
IPR001298	Repeat	Filamin/ABP280 repeat	Interproscan
IPR001734	Family	Sodium/solute symporter	Interproscan
IPR013783	Homologous_superfamily	Immunoglobulin-like fold	Interproscan
IPR014756	Homologous_superfamily	Immunoglobulin E-set	Interproscan
IPR017452	Domain	GPCR, rhodopsin-like, 7TM	Interproscan
IPR017868	Repeat	Filamin/ABP280 repeat-like	Interproscan
IPR044801	Family	Filamin family	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR38537	JITTERBUG, ISOFORM N	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0016020	Cellular Component	membrane	Interproscan
GO:0022857	Molecular Function	transmembrane transporter activity	Interproscan
GO:0030036	Biological Process	actin cytoskeleton organization	Interproscan
GO:0051015	Molecular Function	actin filament binding	Interproscan
GO:0055085	Biological Process	transmembrane transport	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for RPACG14845.1 global RNA-seq network