Gene detail

Detailed information of PE_Scaf9962_1.15 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf9962_1.15	METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE C PROTEIN	Superscaffold2	74288187	74297418	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf9962_1.15

CTGGGGCATCTGAAGAACATTGGTAGTTGAGTGTAGCTAATGCCTTCGCGATGGAAGTAGATCGCTTAAAGGAAACACTTCGCCGTGTTGTTGAGCCGTACGGATTTGAATGTTACCCTTTCAAGGTATGATTTATAGTACTAGTATCCCACATACACGTAGGAATACGTATATCAGCACTGAGATTGTTCCTAGACTGCACCGTCTATCGTTCTTTGGACTTCGTACGTTTGTCTCACCAGATGGCGCACGTAGCTCTGTTAAGAGTCTGTTTGAAAGCGAGCGGGGTCAGATCAACATTTTACTACAGAGTGATACGGCGCAAATAAAATGCTAGAAAGTTTGAAACGGTAATCCTTTCGAATGACTTTTTCCTCTTTAGAAAACAGTAATGAACCAGGAAAAGTTCACATTTGTGGACTGCAAGACCTGTGTGTGGGGACAAGTTGCAATTACGTTCTGCTGGGTGGCAGCACGTGCATAATGTCAGTGGTAGAAGGTTGGATGGTGTTGGCTGTGTCTGTGGGATCCGGCAGGTTTGGGTGACGAATAACGGGGACCTTTACCACTGACAATACATCTCACCCACGATTAGCATTGGTCTCAGTTGGAAACTCAATAGTAATCGCGCATATCGTAATGGGTCTACGCATACATGATTAATCAGAATCTCTATTATATAATTCCCTGACTTTGGAGCGTTACAAATGCATCTTACCCGAGGCACTAATTGTCCACCCCGTAGCTCTTTCTAAATTAATTAGAATTGATTTCCGATCTACCAATAGGCGATGTATTTAACAAAAACACAATGATAGTTATTTAGAGATAGTTATTTACGGTATGGTAGTCTAGATTAGTTTTATTTCTGTGTGATTTGGGATATAGACTCCCAAGAATGTCACAGTAATGTTGGAAAGTTGTTCATGCAGTGATAATTTTCACTTATTATTTGTTATTTTAATTGTTGTTTACTTCTGAACAAGTGCTACACTTGTTAGCTTGTAATGAATGGTGACGGGCACTTCCTTGGATTTAACAATAATCCGGCTATCCAGCGTTATTTTTAAAAACGAAATGACTTGCTCTATATGAAAATTAACTACTCGAACATTTTCCTTATTTTTGCACTGTTCACAAACTTACCTCGTCATGTAGGTATCAATGCCGTGGATTGCTTAAATCTACCACACCACAGATGTGACAGGTTGGTTGAGATTGCCTAGTTTCAATTGACTCATACAATTATATGAATATTCAGCATTTGCTGGTTTATTAAACTTAGCCATGGCATACCCAGCATCCAGCCCGTGTAGCGATGGTCTTCTATTGAGACCAGGGGTCATGTTGTCGTTGACAAGAGTCCACGTGTGACTATAGTCACGTAGCATTGTGTGATATGCGGACAAACGTCTTCGTTCAGTGAATCTAAAATAACTGGCAACAATTATTACTTTTTAACTCGGCCATTCCCACCTCACATTTTTCAACTCCAAACCGGTTCGTTCGAACGCGGCACCAATCGCACAAACTAGTGCAAAATAACAATACCAGTTATTTTTACATTGCGTTCGCAGTACATGCTGCACATTTTAATCATCATCATCATCATCATTGTGCAGCCGCAGTGTCGCATGGTTGGGCGAAAGCCTCAGCATGTCGTTTCCAAGTCTGCCTGTCTTGCGCTATCCTCTGCCAGATGGTGCCCTTCCAGTACTCGTCTAGTTCGTCTCTTCATCGTCTCGCCGGTCTTCGTCTAGATAGTTTCCCTTCGTAAGGTCTCCATGTAGTGATGTCCATCGGTTATCGCGTATCGTACTGATGTGATCTGCCCAGGTTCGCCTGTCTTCTGATTTGTTCTACCACGTCTATGATTTTTTTTTTCTCTCTTATCCAGGTGTTTGTTTTTCTCTCACGATGTGTGATGTTTACCATACTTCTTTCTATCTTTGTTTGTGCGGCTGCTAGCTTGTTCTTTGCCTGGATGGTGAGGGCCCATGTTTCCGCGCCGTATGTCATCGCTGGATGTACGCATGAGTTTTGTCTTCAGGCAGGTTCCAAAGTTACCCTTGAAGATGTCGAGGTGTTTGGCGAATGCTTTTCGGCCGGCGGTGATTCTTCTTTGAATCTCCTTGTCTTGGTTTTTATTTCTGATGTTGTATCGCTGTCCCAGGTAGACGTAGCTTTCAACGTTTTGTATCTGCGTGGTGTTGATATATGAACATATATTGGAGAATCGTTTTCTAATATCACTTTTGTCTATGGAATGTTCTTTTGCAAACCTTGTTTTTCACTTTCATCAGCTAGCTCCTGCAGCATTGTTTGTAGTTCTTGCATTGTAGTAGTGGATATAAGTATGTAGTCGGCGAAGCGAAGATGACTTAGATATTCTCCGTCTATCCTCAAGCCTCTGGTTTCCCTGATCAGTCATCGGAATATGTTTTCGAGGGTTGCCGTAAACAGCTTTGGCGATGTGATGTCACCCTATCGTACTTCTTACCTGAAGCAAGGTCAGCACTGTATTGCTTGAGTTTGCACCGAGGCGAAGGCCTTCTCGTAGTCGATGAACGCGATGCAGAGCGGGATATTATATTCTAGGCATTTCTCCTTCAGCTGGTTTTACGACGTGGATGTGATCTATCGTTGAGTACATGGTTCTGAATCCTGCTTGCTCTCGTGGTTGGTTTTCGTTGAGTGTCTTCTCTGGCCTATACGTTAGTATTTTGGGAATAATTTGTAGATGTTTGATAACAGACATATTAGTCTGTAGTTATTTAAGTCTTTCTTATTTCCCTTCTTGAAGATTACCACCATCTTTGTGTTCTTACATGCGATGGGTGTTCGTCTTTCTGATAAGCATTTAGTATGCGGCTTAGCTAGTGTGTCTTCGATATGGTATCTTCTCCTGCTTTTAATGTATCAGTGTTTATATGGTGGTTGCCTGATGCCCTCCCATTCTTCATGTCTCCTAGCGCAGCTTCCTCCTCCCATGTTATCTCTGGTATCTCTTTAGGTTCGGTGTAAATTATGGTACTCTGTTCAGTGTCGTAGAGCTCGGTGTAGAATGCCACATCTCTGTGATGTTCTCGCTCATGGCGTCGATATCGTCTAGTTCTTGTAGTGTCTTGAATTGACTTCGTAGTTCGAGTTGGAATTCGATCTTTTTTGTTCCCATTTGTCTTATATATATTCTTTGTGGTCCTTGTTGGTCTCTTGTTTATCAACGTCTTCCTTTCAATATTTACGTACAGTTTGATGTTGTTCATTACAATTCTGTGGTTACTTCCGATGTTGATCTTTCCCGAATTCTTCTGAAACATTATCTTCATGATTTTGTAATTTCCTGAGGTTGCCCATTCTACCAAGGTGTTACCTCTTTCATTTCCCACTCCTAGACCAAATTTGCCTGTTGCCGTTTCCATCGTGTTTGTTGGTTTCCCTACTTGCGCATTAAAGTCTCCTATCATTAACATGTCGTGGTTTGGTTTTATTAAGGTCTCGTCCACGTCGTTGTATAAGCTGTTTTTGTCTTCTGACTATGATGTTGTTGGTGCATATACTTGTACTATCTTCAGCTTGTAGCGCTTTGTTATGCATATAACAAGTTCTGCTACTCTGGGGCTGATACTATTAACCCGTATTATATTGTTTTTCCATTTCGAGTTTATGAGAAAACCTACCCCTGCTTGGCCGTTGTTCGCCGTGGAATGGTATGGTATGTGGCAGCTTTGTAAGATAGTGAAGCATTCCTCTCTTCTTCTGACCGATCCCTTACCAACTTGGTTTCCCTAAGTTTTCCTCCAGTTCTTGTATCTGTTAATTTTGTAATAGTGTTCTTACGTTATATGTTGCTATCTTCAGTCTACTTACCTTCTCTCGGCGGCTCATCGTGATCCAGATATTCTTAGCACCGCCTGCACGTAGTCCTACATGATCAGAGCCGCCTCCGTGGTCATAGATTCTTTCGATGCTGCTGGGTACTGAGGGCCTTGGCTTTATTATACTCCACATGCTGGTGTTGTTGGCCTACCCTTCCACGTTGGCCGGTGGGGTTGTAAGGCAACGTAGTGTGAACGAAATTACCCAAGTTTCGACACAGCGGCCGTTACCAGTACCGAACCATCGACCGGTCAGCACAGGGATTCGAATCCAGGTTCTTCCGAACGTGAGTCTGGCATTCTTATTACACGGCCACTGCGCCCCATAAACATTTTAATAGAACAGTATAATTTATAACAACGCACACTAATATCACCCTCAATCAGTAGCCTCCCCTAAGACCTCTAGTGAGGAGCCTAGAAGCGCACGGAGTCCGGTGAAGTCAGTGCCAAACACATTGGAGAGAGAAATGCGGTGAATAATTGACATGGCAAGAAACCGAGTTCGGACCCTGTTGAAAAAAAACATGAAAAGAATTCCCAGCCTGAGGATAGGAACTGAATCGACGAGGACGTGATAAGAAACAGCAAGACGAAAATGTATCCCCAATCCGGTCGACCTCGATGAGCCCATGCAGAATAACAGGAAGACATTCCGAAAAACTCGAGAAATAGAGACGTGAGTGCGATGTAATAATGACATCTAACGAGCTATCGTCTGTGGCCCATGTCTACATTTCGACATTGCGAACAAGTACAACCAGGTAGCCGGTGGCCTAATGTAAGTTGGACAATATAGCAAGATATGCACAAGATATGCACAAGAAGTCGCGTCGATTTAGAACACAGAGAACAGATGATAACACACCGCACGCAAGCACGGATGCGCGTGCACGTGCGCACGCACGCACGCACGCTCACACATACAGAGACTCACGCAGACACACATGCACTTAGACACACAGCCACATACACGCACATATTTTTGTATTGATCATATTGGCTATACTAATAGTTTAGCCTTGAGTTTGCTAGACTCCGCCGTTACGTCCCGTAGCTGAGGCGAACACAACTTGGGTACATTTGTTAGCTTACCACGTCGATTCTAACATTGGCCGTTCCAAGTTCATTGACTGTTTTCGTTTGCTGACGGATACATCGTGCAGTCGTTTCCCGGTTAATCCAGAAAGATGTCCCTTTGCACAGATAGAAGTGGGAGGAAATGACGTTTCGCTACAGTTACGTCACTGACGTAGATACCCGAAGGTTCCCTACACACAGCCGCGCGTCGTCACGGGTTACCTTAGCTTAACAACGGGCGCGTTGGTCCTGTGATAAAGCGACAGGGAAAACAGGATCACTCTTCGGTTTGAGGACTGCAACATAGTGTGATTGATTTTAACTGTGCACTTGCGTAGTTAAAATACGTGACAAATAAGTAGCAATCACGGTATGCCACAATGTGTAAACATAATGTTTAGTTATTGTAATATTGCTGTGTTTGCAGATAGGATGGTACAACGACTGTGTCACAGATCCATTCAAGTTCAGCCACGACCGAGACACACTGGTGTTTCTTCTCATCAGTGCGCCGTCCATGTTTGAGAAGGCGTTCAAGCCGTTCCTCATTAGCCCGCATTGCGTGGACTTCCGTGATCCAATCAACCGGTGCATAGACTATCATTTCAAGCTGGCCGTCCAGGTAAACCCTGTTGTGTTTGTTCTACTTCTTATCTACCTGGTAAATGTCGCAGCATAAATGTTTGTGTCTAAAACACAGTTTCAGGTCCGCCAAGCTTACAAGCTTACTATTTAATAGTGTTGTTGTTCCATTTTATATATCTGGTCTATTGTAGAAACTTTATATCAACATGCTACACGGGAAATTATTATTACATTGTTTATACGGCTATTTGTGGGGTTGACAGCGACCAGTTCACGTAATAAGTAGGCTTACTTATTTTATATTATTATCATTTAAACCAACTGCTTACAGCCTTAATTGGCTCCGCTGTCAGCCTGGAAACGAATCGTATGCTATATCACAAATTGTTATACTTGTTTGATTATGTTTGTATATATGATTTATACGAATCCAAAAATAAACTCTATCTTTGATAGCAGTAGTGGTCGTTCTAAGTATCCCGAATGCTGTCTTTTGCTGCCTCTAGACCGCGCAGTTGTATTACGGGTTAATCCAGAATAGAATGAGCTGAAACGGCGCTACTTGACAGTTACATCAATTCCCTAGTTCCTGGCAAACTGCCGCACGCCGCCACTGCTAAACAAGATCCCCACAATAGCAGCGGATCTGACACAATAATCTCACAGGGGTTTGATACCGGACGATCCGAAGGGCTGACCAATGGGCTTAGGATACCTGTGCATGTGTGCTGTGTGCTCGTTTATATGCAGCTCAACAACAGTTGTCCGGATGTACGCTTGGATTTCGGTATGACAGCCGATCCGAATGTTTTCGTTCATGTGACATTGCCAACATACCACAAAGACACAATCCTCACCTGTCCCATCTTGTGTCACACTCCAAGCCGAAGTATTGATGTACATAGCCATAATGTTTGTCGTGACTATTTTCATCTGCGTTATACCACGAGCTGCTATTACCTCTGAATTCCTAGGTCTCGACAGTGTAGTTGATGTGCCGATGAAGATAGCGACACAGTTGCATTGCTGACATACCTTGTCTTACGAATTCTGCTTATGAACCACGACATACGGTGTTGTTGACGAAACCAAGCTAGAATATGTGCAGGCGTTCTATATGTGGCCAGGGATCTACAGGTAAAACATGCGCAGCTTGCCGAAAAAGGTACATTCTGCGTTAATTGTATTAATTGATGCAGGAATTTCCTGACGAGGACATCGACGTAATTACGTATTATGAAAAGAATGACGTGAAGCAACCGCTTGTTCTGGTGCAGACAGCGGGTCACGTGTCCGGGGCTGCCTTCTACTACCAACGTTCTTCAGTGACACATGACCCGTGGGAAAAGGAGAAGGTATACACACTATGTTTTTTGTCTAGAATTCAGGTAACCATTAGTGTTGTATTGTTGCACTGTCTCGGTTTGTTTGCCCCGCATAGCAATAAGGGGCCAGGGAGACATTGTCGTACCGATAACTCAACATATTCTCAATTGATGTGTAACTAGCTCGTATAAGATATATATATATATATATATACATTTATTTATTCTAAATGTCTACACTGCTAGCATTAACATAATCAGAATACCCATTTTTCCCGTTAAGTTATCATCTTCTATGATTATGAATACCTTTTTATTAATTTTCAATCTACTCTGTTCCTTTACTAATGCTGGTTGTTGGTTTTTGTCCATGTCCCCGCATACTTGTCATTACGTACGTCGAAACATGGTTAACCATTTGTGCTCAATGCTTATTGTGTATGGTGTGGCTAAGAAGATACAGTATAAAGCAACCATGTTTGAGCTGGACAATGCACCTGACCTGCATACTTGTGTAATTGTTAACTTCTGCTGATCGTTCCTGTGGAAACCATCAGCTAACCTGTCAATTCACCAGTTACTGATATCGTACTATTAGGAAAAATATGTGTGCAGCATTGCAGTGTTGTAACCGTTGTTGTAAATAGGCATATTAGACTTGTGAATTGTAGTGTAATCGTGAACAGTAGTAATTATGTGATATTCACATAATTAGTACCGTGAACGTTGTCAGCGAATGTGATTACTTAAAACTAAAATGTGTTATTAGTTCCATGTTTGTTTCAGAATATTATTGGTGTGAGTATTCATCCACGGTTTGGTGGTTGGTTTGGCATGCGTGGCGTTCTCATCTTCAAGAATGTCAGAGTTCCCACAATGCGTCAGGTTCCACCTCCGGATGTTCTTAGTGAAGAGGAAAAGATTGAAGTCTTGAATCAGTTTAACGGTAACTTCCGTGATGGGACTTTCCGCGACATAATTCCCGTTGAAGATAGGTATTCTGAAGATCAGTGGACATATTTCAATACATCGTCCAAGGATCGGAGACCGCTGCTTGAACGTCTTAAAGAGCTGGCGTTGAAAGAAAAAGATGGGCTGGATCGTAAGGACAACAGTTAGAAGTCTACACTACGTGAGCAAATGGGACATATTACATGTCGAACTGTGATTATTAGAAGCACATTGATGGAGAAATAATGTACTAAACCATACAACAACAAACGTCATAGTAATGTTAATCAGTGTGATTATCCTAAAAGCATTGACGGTGAAATAAAACCATAGTGCTGTAATACCAGAAGCAATATGGCGCTTATGATCTCATAAGAATGTCAATGAAACGGTCCCCAGATATTATCACATCGTACTCTGCATTTGCTGTATAACGATCGTGCTACGGCATCTATTTACTGTTGACTTTGGAAGACCGATCAAAACGATGAATAACCTCAAGGCCCGGGTCTAGATTATGACACAGACATGTATGTTTCTGACAGAGATGGCCTCTGACACACTCGTTCACAAAAATATGACACTGACGTCATACCATATATAGTTGTAAACAAATTAGCATGCTAATAATGTGACTGTCTTGTTGTCATAAACATGCTTTATCTAATTGTGTGAGGTTATTTTACTTATATGCGGACACAAATTGTCGGTCACGTAAACCACACGTTGAACAGCATCATTAACAGTCCGTCATCTTGATTTAACCGCCACCAATAGTTGAAGCTAGACGGGAATGGCAGATGGTAACCGGTGATAAATCATGTCAGAATTGTGACGAGCCTGGCGCCGAAGTCTGTCGATAATAAAGTGATATTAGTATAAGTGTATAACGTTTCACCGATACTATCCCGATAGTCATGACATTGTCATAATCATGTTAACATCGTAATGCAATTGCAACAGTAAATATATCCCTAATAGTCACTCACTCACTCACACTCACTCACTCACTCACTCACTCTCTCAGTCACTTACTCACTCACTCTCTCACTCTATCACCCACCCACCCATACATTAACTCACTCGTGTCAGCACACTTGCTATCTTCTATCTACGCTATCTTCAAAACGTACGTCAAGCACTCATGTTCGAACACTTATAAAGGTCAAGGTAAGCAACAACGTGGTTCCATATCTGCAACATTTATTTAGGATACAGAGAAACACTGTGCAACAGATTTGTCGCGCCGTCTGGTGGGCAGGGACCATAACATGCAAGAGTGCAACGACAAAGACCGAGAACTATTCTAAACTAGTCAAAACAGCGAATGAATTATTCCATGTTCGATGCGTTGGTGTGTGTGTGCGTGTGGTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGTGGCGTGTGCGGCGTGTGTGG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF16690	MMACHC	Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR032037	Family	Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR31457	METHYLMALONIC ACIDURIA AND HOMOCYSTINURIA TYPE C PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
GO:0009235	Biological Process	cobalamin metabolic process	Interproscan
GO:0032451	Molecular Function	demethylase activity	Interproscan
GO:0033787	Molecular Function	cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity	Interproscan
GO:0071949	Molecular Function	FAD binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf9962_1.15 global RNA-seq network