Gene detail

Detailed information of PE_Scaf6103_0.23 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf6103_0.23	40S RIBOSOMAL PROTEIN S19	Superscaffold10	1667257	1674295	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf6103_0.23

AGGCTGTGAGACTGACTGGTGGTTGGCTATACCTATACAGTCATCCAGACATGCTACATCACACTTGTGTGGCATTAAGGACCAGATGTCGGAAGTTACCAACATTCTGGTAGTATTTGTCACAGACATGCTTAAGTCTAACATTGTATGTTAAGTTTACATAGCAATGTGGTGAGCCTACGTTATGATCCTTGAATGTAACATTATGTTTGGAATATTTACGTTTCATAATGTTACCTCTCGATAAAAATACTATTTTTGTTTTCAAATATTTTCACTGTAGCACAGTCTTCATCAGCAAAACTGTTGTTTCCGTGCTACCTGTGTGTCACATTTGTGTCCCATTTGTGATGTTATTCGTATTTCAGCTGTCGAGTTGGATTTTTGTTGTCCAATAGAACTCTGCCGCTATTCAGCATGCAACACAAACCACGTCTACCCAGGAAAACTAACTACAGTCACCACTAAGTCTATGTTGTGGTGGCTCATGCAGTGGTTAGTTTCTTGAATTTATTCCTCATCTGCTGGAAAATGTTGACATCCCCACCCCCAATATCCACAGCACAAATGATACCGACGTCATGTTTTATCAGTTTGTTATATGTGTTGCAGATGCCAGGCATTTCAGTGAAAGACGTGGATCAGCATGATTTTGTGAAAGGCCTTTCTGCCTTTCTGAAGAAGTAAGGGCAATGTATATTCACATAGGAGGAAATTATATATTACAAGCACCAACCAAACATTGACGATGTTACAAATTATTGTGGATAATAATATATAAATGTACCACAACACAGAACATAAAGTGGTGAATGTTACACAGATTTCTTTGTGTTTTACTCCTATCATCGTAACATTTTATTGTCTCTATAGTTTTAATCATTACTATTTTACTCTATCCAATTTTCTATTATTTCTTAACAAATCTTGAATGTACAAGCGATCTTGGTTTTTTATGTAGCTGTTTTTTGGCTAGATCTTAGCTCTGTTTACCGGTTGTTACTTGAGAGACGTGTTTCTAAGAGTTGATGCTGCGTTGGCAGAAGTGGCAAGATGAAGGTGCCCGACTGGACTGACCTGGTGAAGCTCGGTCGACACAAGGAGATGGCTCCGTACGATGACGACTGGTACTACACCAGAGCAGGTAATCTCAACACCAGATCATATCCGTTATTAGCTGCTTGTAAACTTCCTACAGTCGAATCGTACGTTCACCTCGCAATTAAGACCACCCTACGACGGTCCCAAATTATCTCTACATACAGCAAGTATAGGAATTTAGTCCCATTAAAAAGGTCACCTCACTATTCAGGTCACTTGCTCAGTCTCACGGATAAGTTTAATAGTTATGTTCCACTGTATATTTGTTTCCTGTGTATTAGGCAGGACTCTACTAGACCACCGTAGAAATCCCGTTCTTGTGTTGCAGCGTCCATTGCGAGACATCTGTACATCCGTGCCCCAGCGGGAGTAGGATCCTTCACAAAGATCTATGGTGGTACGTTTAGACAGGCTGATGGTGACCCAAGTGGGGAAGATAGTTATCATCCTCATCTTGTCAGTCTTATAGCTACACCCACCTTGCTGCCAATGCTGTGCCATAGTCTTTGAGCTGCCTCGTTTCCTCTTATCTCACTCATTATTACAATGTTTATTATCTCGCATATTATGTACAAGCCGACTTGAACAGAACAAATATCCAAATAAACTCTTTCTTGTTTGGGCAACATACGTACAATGTTTTGTGATATAGACCTTATATATATACTCGGACCAGTGATAGCAATTGCACCAGTAGGAATAATAATTGTCATATTGACAGAAATGCTAAGTCGTGCAAGGAACAGCCTTGTTACGTGCCAAATTGTTCCTTATAGCGAGTGCTGTACTGTGGTCTTTGTTGCCAGGTCGCAAGAGGAATGGCACGTGTCCCAGTCACTTCAGTCGCAGCTCCACCTCCATCGCACGCAAGGTGCTCCAGAGTCTCGAGGGTATTAAGTTTGTTGAGAAGGACCCCAGCGGGTGAGTGGTCTCTGACTGGCTCACTTCATTTTACACATACTGCCAGCCTGTGCATTCTTAAATGGAACTTTGCCATTCTTTTTTATCGTAAGAGTTGTACAGTATGTACTATAATACTGTACTATATGTATCCTGACTGCCCAAAAGTTGTACAGTATGTACTATAATACTGTACTATATGTATCCTGACTGCCCAAAAGTTGTACAGTATGTACTATAATACTGTACTGTATGTATCCTGACTGCCCAAGAGTTATACAGTATGTAGTATAATACTGTACTATATGTATCCTGACTGCCCAAGAGTTGTACAGTATGTACTATAATACTGTACTATATGTATCCTGACTGCCCAAGAGTTGTACAGTATGTACTATAATACTGTACTATATGTATCCTGACTGCCAAGGTGTGTTTAACGATGTAGAGATAACTTCGGAATTGCTCGTTTCAAAATTACTGTGTATCCTTGAATGGGAATTTGCAAATGTTACCATGTTTTAATTTGTAAATATACACGTGTCAGTGGGTGTTGGATGGTTTAGAAAGACTTGTTGAATGACAGCAGCAATATAAAGGAAGCAACAATCTATGGTTTCATTTATTTGGACAGTGATACTACTCAACTACATGCAACTGTTGGCAACACTAGTACCCACGATATGATAACACTACAGATATCTGTGATACACACTACATATATACATGATACACACTACATATATACATGATACACATCATTTCTACACGACATAAACTGGACAAGACAACATTTATTGGTGTAATGTAACAAGTCATCACAATGTCTTCTACCTAGACTTGCATGTGAAGACAACCGAATATTTTTATTTATTTTTCACAGCCAGTTAAAAATCCTTGGTGTTTAAAAATCTTGACCTATGGTATAGCCGACTTTCATGTCTCGGTACAATTTCTTGCAGTGGTCGTCGCCTTACACGAGAAGGTCGCCGTGATCTTGACAGAATTGCATCGCAGATCAACGTGAAGGCAAAGAAGGCCGCAGTTGCCGCTGCCGCTGCAGCGCTCCATGTCGAGTAGAACTACCCAAGCACGTCACTTTCCAACTGTACAGACAGCACAATAAACTACTCTGTCCAATAGACATGTCTTGTGTGATCCATCTAACTGCCTACAGTAAGGGGTGATCTCAAACCAGCCAATGACATGCACCTACGAACACATCATTAGACCACCACCCTGTGCATGCCTGTTAACATTTCATCTGTGATCATATAACTAAGACGTGCCATTCATATTCCCTCTTACACAAAACTGACATCATGCACTCAAAGTTCACAGGCACATTTTTTTATCTGGAAAACTTGGACAAAATACACCAAAGCAAGGCAGTAAGCCGTAAACACCAAGTTTGTAGTGTTTTCGACATACACAATTTTTAAAAACAAAACCAGTGTATTTGGAGATCATCAGATTTTATGACGGCTAAAAAAATAGATCATCAACCATGATTCATTCATTCTGTTGAACACATTCTTCAGTTTATTTGATCGCAGTGATGTGACCAACTCGTAACGTTTTATTTTCCTTGTCCTGTAAGCACATGTCTTGGTACTGCTTTGGTGTTGCTGCTGCCACCTGGTATGTGGGCCAGTACTTGCCGCTAGAGGGCAGCAGTGGTGACATAATGTTCAACTCATCATTTCGAGTACAAGAGCGTTCATCTTGACACTGCCATCTAGTGACATGCTGAGGAAGCATTCGGCTGCCTTAGCACTGACGGTGCGTAGTGTTGGTAGACGCAGCAGCATGCGTGAATGTCGTTTCGGTTCGTTGGGGTAAGTCTTGCACGTGTACTTGTGTAGACAGTCAAGGATCTTACACTGGAGGTTGGTGATGGCAAGTTTGTCCTGGACCCCTATGGCATCTATAAACACAATATTACACTGGTAGAAGTATGTCCTAGACCCCTATGGCATCTACAAATACAATATTACACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCAACAAACACAATATTAGATTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTTAGATTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGATTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCTTATGGTGTCTACAAACATAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTATAGTCCTATGGCATCAACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTACTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCTTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCATGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTTTGTCCTGTAGTCTTATGGTGTCTACAAACACGCTATTACACTGGTAGAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATACTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTATTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAGGTATGTCCTGCAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTTTGTCCTGTAGTCTTATCGTGTCTACAAACACACTATTACACTGGTACAAGTTTGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCAACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCTTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGATTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCAACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAATTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTATTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCTTATCGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTAGTAGTCTCCGTATGGCATCTACAAACACAATATTAGATTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCAACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATGTTAGACTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCTTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATACAAACACTATTAGATTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGATTGGTACAAGTATGACCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGATACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATAGTTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTATTATGGTGTCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAAGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACAATATTAGACTGGTACAGGTATGTCCTGTAGTCCTATGGCATCTACAAACACTATTAGACTGGTACAAGTTTGTCCTGTAGTCTTATCGTGTCTACAAACACACTATTACACTGGTACAAGTATGTCCTGTAG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01090	Ribosomal_S19e	Ribosomal protein S19e	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001266	Family	Small ribosomal subunit protein eS19	Interproscan
IPR018277	Conserved_site	Small ribosomal subunit protein eS19, conserved site	Interproscan
IPR036388	Homologous_superfamily	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily	Interproscan
IPR036390	Homologous_superfamily	Winged helix DNA-binding domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11710	40S RIBOSOMAL PROTEIN S19	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000028	Biological Process	ribosomal small subunit assembly	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0003735	Molecular Function	structural constituent of ribosome	Interproscan
GO:0005840	Cellular Component	ribosome	Interproscan
GO:0006412	Biological Process	translation	Interproscan
GO:0022627	Cellular Component	cytosolic small ribosomal subunit	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf6103_0.23 global RNA-seq network