Gene detail

Detailed information of PE_Scaf5616_4.5 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf5616_4.5	NUCLEAR EXPORT MEDIATOR FACTOR NEMF	Superscaffold8	42365799	42385802	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

PE_Scaf5616_4.5

TTGAGGAAACATTTGCGGGGACGACGATTAGAGAAGTTGGAACTTGTTGGCATCGACCGTATTGTTGATCTTCAGTTTGGCACCGGTGAGGCAGCGTATCATGTCATACTGGAGTTGTACGACCGTGGAAACATAGTTCTGACGGACTTTGAGTACGTCATCCTAAACATCCTGCGTCCTCGTGCTAGCGAGAGTCAGGATGTCAGATTTGCCGTGAGAGAACGATACCCCTTGGAGGCGGCACGACAACCGGAGGGGCTGATATCGCAGGAACAACTGACATCCATTCTGCTGGCAGCGAAGGAAGGAGATAACCTTAAGAAGATCCTCAATCCACACCTAGTCTACGGTCCTGCGGTCATACAGCATGCTCTTCTCACGGCTGGACTGCCGGACAATGCGAGGCTTGGCAAAGAGTTCAACTTACAAGATATCCAGCAGTTGCTAGTGGCCTTGCAAGAAGCTGAGAGACTGCTTGAGCTGTCTAATTCATGCGTCTGTAAGGGTTATATAATACAGAAGAGCGAGAAGAAACCTGTGGTGAAGAAAGATGAAGAACCCCAAGAACTGTTGACATATGCGGAGTTCCACCCGTTCTTGTATCGGCAGAATGAAAGCGCCAAATACTTGGAGTTTGATAATTATGATAAGGCAGTTGATGAGTTCTTCTCCAACATTGGCTCTCAGAAGTTGGACATGAAAGCCTTGCAGCAGGAGAAATCGGCTCTGAAGAAACTTGACAACGTGAAACGAGACCACGAGAAACGTGTCGAAGCTCTTCGCAAGGATCAAGACTCGGACACTCTGAAAGCAAAACTCATCGAAATGAACGATCAACTGGTTGACCAAGCGATCATGGTCGTCCAGAGTGCTCTGGCCAATCAAATTGACTGGACGGAGATAGCGAACATCGTGAAAGAGGCACAGGCAAGGGACGATCCTGTCGCTAGTGCCATCAAGGGGCTGAAGTTGGAATCAAACCACATCACTATGTTGCTAAAAGACCCGTTTGGAGACAGTGAGGACGAAGAAGACGGGGGTGTCACCCTTCACCCCATGAAAGTCGAAATTGATCTGGGATTGACGACCTACGCCAACGCCCGCAGATACTTTGACATGAAAAGGCATGCTGCAAAAAAGGAACAGAAGACACTGGAATCATCAGGAAAGGCCCTGAAATCAGCGGAGAAGAAGACGAAGCAGACTTTGAAGGATGTTCAGACTGCCATTAGCATACAGAAGGCCCGCAAGACTTACTGGTTTGAGAAGTTTCTGTGGTTCATCAGTTCTGAGAACTACATCGTCATCGGGGGCCGGGACCAACAGCAGAATGAGATCATCGTCAAGAAGTACCTCCGACCTGGTGACCTGTACGTCCACGCTGACCTTCACGGAGCCAGCAGCGTGATCATCAAGAATCCCTCTGGTGGAGAGGTGCCCCCCAAGACCTTGAATGAGGCAGGGACAATGGCCATCTGTAACAGTGCGGCATGGGACGCGAAGGTCGTCACCAGCGCCTGGTGGGTGCGGCACGACCAGGTTTCAAAGACGGCTCCTACTGGCGAATACCTCAGTACTGGCAGCTTCATGGTTCGAGGAAAGAAGAATTTCCTGCCGCCATCCTATCTCATATATGGCTTTGCTTTCCTGTTTAAGCTGGATGATACTAGTGTGCCCCGCCACATGGGAGAACGCAGGGTACGCACCTTGGATGACGACATAGAATCAGTCACAGACGCAGCATCTGACACTGTCACACCGGGCGATGACGTATGCTTAGACAATGACAGTAGCAGTGACAGCGAAGATGGAGAGAAGGACGCAGTGGATGAGAAACATCTGAGTGTGATCGAAGAAGACAATGGGACGGCCAGTTCGGATGCAGAGAATGATACAGTTAAGACTGAGCAGTGTTTGAAGCTAGATAAAGATGTTGTAGGTGATGAAGATGGAGAGAAGGAAGAAGTGGAGGAGAGACAGACAGAAGATGTCAGAGAGGAGAGCAAGGTAAACAAGTCGGACATGGAGAGTACAGGTGTCAAGAGAGAATGTGTGTTGTCAAAGACGTCATCGTCAGTTGCTAGGCAACAGGATGCTGTGACGACAGATGAAATTGTTTACCCAGATACGTCGATACAACTACAACACGTGAAGGGAAACAAGTTTAAGCTGCAGAGGAATGTGGGGCGGTTCCCGAGTACTGGGAGCCAGGGTTCAGAAGAGGATGAGGAGGAGCAGATCTTCCTGGGAGACGACCAGCCCGTGAAACTGGGCGAGAAGGCGGCCAGCAGTGGAAGGATATCAGCAAAACAACGAAGAGAAATTAAGAAACGTGCCAAGTTAGCAGCTCGAGGTCCGGAAGCAACCACGATAAAAGGCGAGCAGCCGGAAATGAAGGAACCAGATATGGGGAACATGGAATGGAGAGGAGAGGAACCGGATGAAACTAAGGAAGGAGACACAGAAGACAGTTGTGAAAGTAAAGCAAAAAATGAGCAACAACTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAACAACAACAACAACTTCCACCAGCAAAGCGTGGTCAGAAGGCAAAACAAAGGAAAATTAAGGAGAAATACAAACACCAGGACGAGGAGGAGAGAAGACTCAAGATGGAGATTCTGGCTGTGAGAAACATTCTCTCTGCGAAATCTCAAGAAAACATGTTTTCAGGGAGTCACTTTGGTGGTCTGGCTTGGACTAGTGTATTATTTATTTGTGATTGA

Transcript

PE_Scaf5616_4.5

TTGAGGAAACATTTGCGGGGACGACGATTAGAGAAGTTGGAACTTGTTGGCATCGACCGTATTGTTGATCTTCAGTTTGGCACCGGTGAGGCAGCGTATCATGTCATACTGGAGTTGTACGACCGTGTAAGTAGCCTCGTCTCACGCAGTTTAGATACATAACCACTGAAATACATATATCTTATTGATAGAAGAACCAAATATTTCAACACCTCATATCATCTCAGAATGTTGATGTCTGATATTAGACAAACTTACTTTTTTGCAGGGGAGAGGGTCAGAGGCAGTTTTGTCTGGTGTCAGACATCAATATTTTAAGCTTCGGACCGATACTGTTAATAAATTGATATCATTATTAATGTTTACAAACTTCCGTCTGATGGTGGGTGGAGGGGTTGAGGTCGAATGAAAAACTACAAAATTCATTAATTAAAAGTCAATTATTGTGTTCATTGTTTTTTTCAATGATAACCCGTTTTCCCAGGTAATAATTGATAAATGTAAATGTTTGCACATAAATCATATTCTGTTATATAATTTAGGCCAGACTTTTTTTTGTTACATGTTTTATGGGCAAAAATGTCCAAAAAGCAGTGATGGGAATTGGAATAGAAATAAAATGTCAGGAAAAAAGATCATAGTGCATGTTCAAATATATACCATTTAAATAATAAGATATGTGGCTACATGAAAATTAATGTAAATCTCCAGTGTTACTTGTTATCCTATTAATGACAGACACAGCAGTGTGAAATGGATCAACGATTATTTGTATGACCTTTTTGTTTCGTTCAGTTTCTGACAGTGATAGATTGCCATATCTACTTCACAATAAAAATCTATTTTTAGCAGTTACTCACCTAGAGCTATGTCACTATTTTAACACTAACTTAGAAGGCCCATCAAATGTGAAATGACAATAAAAATCTGAATCGATGAAACATGCAAAAAGTAGTCCATGTTTATGCCTTGACAACGACCACGTTTGTTCATGGTACGCCATTTTGTTTGGTAGCAAAAAAACCGCGTCTTCTTGGCTGTCTGTCAGTTATGTCACTAGTCACGCCCCTTTTTGCCAAAGTTGAATTTGAAACCAGGTCCCAAATCCCGACGATCTCCTTATTTAGCTTTAGACTTATGCAAATGAGACACAGAACTGGCCGTAGTTCTTGAAACAAGGTACAGAACAATCCCACGATGCTATGCATTGTTTAATTTCCTGTTTACATTATTTGAAGTTGTTGCTACGGAGAATAGTTTGCTGACAAATGAACGATATACTTTGTGAAAAACAGAATTGAATCGAGATGCCGCCGAAGAAATAGAAAATTGTACGGAAGCGTCTGAGTGAGAGCAATACACAAACACTCAATGTCGTTGAACGCCGCCGCTGTTCAGTTAAAAAATAATGACGTCAGTGGCAATAACAAAATGAACATTGTGAATATTTTATTGTTATTCTAGATCCATGAAATTAGTGTTGGCGGGCCTGTAAAACATGTAATATAAAAAGTCTGGCCTTACCTGGGGATATATTCCCTGGTGTAAGCACTATGTAATAAACAAATAATGTACAGCTGTAGTAACTATATATGTATTAATATGCTAACTTGGAGGTGCTGTAGGTGCATCTCGTAGGTCCAGAACTCCACTCAACTATTTCCATGTTCGTTCACTTCCTTGGGCCATTGGCCTCTTATCTACCAATTGGCGGTTAATTTAAAGAAAATAAAAGGTACTTACTTAGAGTTATTTACTTACACGTCTGGGATATATGTTTTTTCCCATGTCGGAGAAATTAGAAACGGTGAGTGACTAGCAACTCTCCAGGGGGCACCACTATTGCAGTGTTACCAGAACATATGTTCGCTTTAAAATTTACTGTCATGCTGTAATTGGCGAAACAGAAATTAAATGGTTAACGGGAACGATGAACAGATTAAGATACTGAATTGGTGATAATCACTACCCTTGCTGTTACTTAGTTCCATGGATGAGTAGAAGCAAGTAACTAGTTATTTGTTGCCCCAGACAAGGGTGTAGTTGTAATATCTAGCTTTTTTGTATAAATTATCTTTAGTGATGAGAAACATATGAATGTTACTGCAGGGAAACATAGTTCTGACGGACTTTGAGTACGTCATCCTAAACATCCTGCGTCCTCGTGCTAGCGAGAGTCAGGATGTCAGATTTGCCGTGAGAGAACGATACCCCTTGGAGGCGGCACGACAACCGGAGGGGCTGATATCGCAGGAACAGTAAGTCCGTCTGGTCTCTGGGCATTCACTCCTCACTTGTTTACGTGTGCTGCTACGGCAGACATGGAAAGTGATCAGTCGTGCTTTACTTATTTCTATAAATTCCAAGTTTCCAACTGAAACGTAATTTTCTATTACTTTATTCCTATAATTTTGAACAGCCTCGTTTCACTCAGTTGCATGTAAGAGCTTGTCTATTTGTGATATTCACCAGACATCAGTAATGATGTATTTGTCGCTATGGGTTGGGGTTGCATCCTCTTGTTGTTGTTCAAAGTCTTTGTGAGTTTCTTCCCTTTTATAAGTGAGTGCATATATACGGACACTGTTGGAATCATGCTCGTGAACAATGTTCACATATTAATTGCAGCACAGAGAAGTAGAATTGGTGTTGGAACAAACAGTCGTACTATTGGTACATGTCTATTCCTGTTTGCATCAATGAACCCAGGTTTCAAGGCCACGTGGATCAAAGTGGCTCCGTAAAGGACGGATCTGTTATTTCCTGTTGCAGACTGACATCCATTCTGCTGGCAGCGAAGGAAGGAGATAACCTTAAGAAGATCCTCAATCCACACCTAGGTAAATGTTCATCTAGTTTGGGAATTGGTAACATTTCCATGATCGATCACTGGCTTATCTAACCGACCGATCAATGATTGATCATAAACAATTATATCAGTAGTAACGACAACAACATAACTTATTCATTTCAATAAATTATAATAGAGAGACACATATTGTTCAAGTCATATTATAATGATTAGGGAGATTCATGTAAAACATATGTTTCACATTTGGTGTGATTGAGTCGTATGTGTTTGTTCAGTCTACGGTCCTGCGGTCATACAGCATGCTCTTCTCACGGCTGGACTGCCGGACAATGCGAGGCTTGGCAAAGAGTTCAACTTACAAGGTATGTTTCTGATAAGTTGATGACATGCATGTACATATTTACCATACACATTTGTGAAAATATTGCTTTTTTATTGTTCATTGACAGTGAGAGCTTCACATCAACTACATATTTGTTGTGTTGACGTATTGATAATAATAATTTTGCTTTGGTACCGGTAACACCAGTAAGCCTTTGGGCAGGAACGTGAATCGATATGTGTAATATTTGTAGTATTTAGTGCCAACTGATAAATTGTGGTTATGATTAATGAACAATGAATCATTGTTGTCCGTCAACAGATATCCAGCAGTTGCTAGTGGCCTTGCAAGAAGCTGAGAGACTGCTTGAGCTGTCTAATTCATGCGTCTGTAAGGTAGGCTCAAATCCTATTTGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCACGTGCGTGTGTGCATGGATGTTTCTAATGAACCTTTCAGTTTTAGGTATCACTGTGCTTTGAATCTAGTGGAACATTGGTGCCGACATAATGGTGATAATTGATTTGTGCTTGGTTAATATCATTACTAAATAAAAAATTTTTCTCACCAAAACACAGGGTTATATAATACAGAAGAGCGAGAAGAAACCTGTGGTGAAGAAAGATGAAGAACCCCAAGAACTGTTGACGTGAGTGCTACTGTTTGACAGCTATGTAGATGTTTGTATGTTTTATAAAATGATATATAATAATTTATTATTTGATTTTCATTCACTGATGTAATGAGTCATATTGCTTTTGTTATAATTTGGTACAACGATATTGGCAGAATTGCTCCATTAAATAACGTAATGACTGTGTGAATTCGGGCACTGTACGTTTTTGGACAACCTAAAAATCTACAATCAGAATTTAATGTACTGTATGTTTGTAAACACCTATTATTTTTACATGTCCGAATACGTACAGTACGGTACATAATAAATGTATGATTTTGGACAATGAGAATAATTCTTTTTTTTGTATTGTATGTTTTCGGACTGTTGAGGATTTAATTGTTTTTGGGTGTCTGACATTATTGGTAGTTTGTTGTCACTTGTGTCATCCGTGGTAACCACGCATATCATGTGCAGTAGTCGTCATTATAATAACGGAGACATGCCCAAACAGTTTGAAATGATTGGACACTTTTGTGTTTTTCTTTACAGATATGCGGAGTTCCACCCGTTCTTGTATCGGCAGAATGAAAGCGCCAAATACTTGGAGTTTGATAATTATGATAAGGTGACACTTGTAATATAACCTGCTTTTAAATACTTGGATGTTCTGTGATATTAACAGTTATTAGATGTTGGTTACAGCTGTGTTAACTTGAGTGGAATTTTGAAAAAATTAAATATTTCTTTTCATTCCAGGTGTTGTAGATCAATCCCTGAAAGTTTGACGCCTAAGATGTAAACCTACTAGAATGAAAACATTAACATACCCACATGCACGCGCGCACGCATGCATGCACACACGCACTCACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACATTATATTGATTATAGTTATAGCTATGACATTGTAAGACCGTGGCTCGGAGTGCTGTAGTTGTGTGGAACCACCTTGACCTTGGTGTTGTGGTATCACTGAGATGTAAACGTGATGTTCTGTTTCTCTTCCAGGCAGTTGATGAGTTCTTCTCCAACATTGGCTCTCAGAAGTTGGACATGAAAGCCTTGCAGCAGGTACGTTGCCTCCTGGGGACCATTTTACAAAGACAGTGGGCTCATAAGGAAAATTCACCATTAAACAGGATCTGCTGTTAAATTTAACAAGCATTTTCAAAATG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CACA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF05670	NFACT-R_1	NFACT protein RNA binding domain	Domain	Interproscan
PF05833	NFACT_N	NFACT N-terminal and middle domains	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR008532	Domain	NFACT, RNA-binding domain	Interproscan
IPR051608	Family	Ribosome Quality Control Complex Subunit NEMF	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR15239	NUCLEAR EXPORT MEDIATOR FACTOR NEMF	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000049	Molecular Function	tRNA binding	Interproscan
GO:0043023	Molecular Function	ribosomal large subunit binding	Interproscan
GO:0072344	Biological Process	rescue of stalled ribosome	Interproscan
GO:1990112	Cellular Component	RQC complex	Interproscan
GO:1990116	Biological Process	ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf5616_4.5 global RNA-seq network