Gene detail

Detailed information of PE_Scaf5390_9.8 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf5390_9.8	TRANSLATION INITIATION FACTOR-RELATED	Superscaffold8	44612069	44619707	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf5390_9.8

ATTTCTTGCAACACCGACACGAATCGCACATGACAATGTTTACGGAACAAGTTGTTCCAACTTATCGTGTTATATCAGTATTCTCCCTTTTTAGAAAGTATGTGATTTATTTCAATGCGATAAATGTGATTACAAATTCGTCGACTATAGACATAGTAATCAGTCATATCGTTGTCATCATTGCATAACTGCCGGGCGATAATAGGAGTACCATTCTCAACTAGGGTCTAGGGACATAACAGTAGTACCACTCTAGGGAACCCCTAGTCTAGTATGGTACCACTTGTGATTTGAAGGCATTTGCATGTGTCGTCGTTTGCCGCTGTGTTTTTTATTATGTAAATACACATGTTATTATAAGTATAACTGGCACTTGTGTAGAATCCGGACCCACCTTGAGACTTGATTTCACTGGTATAACTATCTGTATCTGTATCTGTATTTTGACTGGCAAAATGTCCTATGGACACATCACGCCAGTGCGCATGGTGGCTCTTATGGATTAATTTTTTACATGTTGGGCTAGGCTAATCTGGAATGAATTCAGTGACGTACTTGATACAATGCTTGGAGGTAGAGAATTCCACTCTTTTATTGTGACTGGGAAAAAGCTGTTTCCAAATATGTTTGTCGAGTGCCTGATTTGTACTAACTGTTTATTATGTTTACGTGAGCATCTGGTGTTGCGTTTGGTGTATTGATCTATAACGTATAGCTACATTTTTGCATACCTCTGTGCATTAATTCAATAATTCAAACTCATCCGAGGCATATTTATGCTATAAAACTATTGCGGCTTAGCACACTTTTGAAGCCTAAGAAACACTGCAGTTTGCATCAACATGTGCTGTTTATTGCTCATTTCAAGCGCATGGCGCAGTAATCCATGGCCACAGTGGCACAGACTGACACAAACGGGCCTCAAATTATGCCTGGGATGATGTTGAATGCTTGAATTAACACAATGTGGTATCAAATTTAAGCAAGAATATAGTTATAATGGCAAAATCGAGGTTGGTCTGGATTCTACACAAATTCCGTATAACTAATTATGTTATTTACATTATTATTATTAGATATAATTATATTATAGGAGGAACAAATGTCACAAAGTAAAAGGCAAATATAAGTTTTTTATTGATAATTGTCAGAGTCCAGTTTTTTTTATTGAGTTTAAAGTTAAACTTTGTTTTGTAATTGGCAAATCCCAACTGGGTATCATGCTAACTGGTGATATTTACTCTAAAGACTATGAGCATTGGGCACAACCTAGCAGTTCCTTACATTTGAGACATCCTTAGCATCAACCAATGCTGCCTCCAGCCTCTGGGATGGTTCCAAACAGTATAGGTCCACGGAAAAAAACAGTTTATGTGGTCTTCAGTGTTGGTTTTTATTTGTTTGTATGGGTGATTTGAGCATGTGTCAGCAGGTACTAAAATGTTTTTGGACGATTTGGATTTGTATATGGATGATTTTAAACATTTATAAGAGATAATCAGAGGTTCTTCCATCTCTCATCAAGGTGGGACCAACCTAAATCTCATAGTTGTAGTTGCCTTTAACAAAGCAGGCTACTCTTTGTATTTTTTCAAGTGCGTTTATATCTTTTTTAAATGTGGATTCCATACTGTGACTTATGCCAATGCCATGACCATGGACATGTCCATGACACGGTCATTGGAGTTTAGAGAAAGAGATCCCAGCAGTTTTAGTCCTCTACAGATTACACACTTACGGAATCTTTTATTTCCCATGGCCCAACCAGGCTTAAGCTTGACGTTAGTAGGTAGAAGGACCCAATGGCTTATATTGTCTCTTCCGAAAGACACAGGCAACATAGGGTGAATGAAATTCCCCAAGTTTCAAAACTGGTTGATAGTAGGAGTTGCATTCCGGTCTGTTCAACCAATGGTCCAGCAGTCGAACACCGCACCTCACCAATATTATACCTGGTACTTATTATATATCTACCATAGACATTCAAAATGGAAACATTTTGGTAATTGGCATTTGCTATAGAAATGTATGGGAGTTGGCTTCTGTAGGACTTACTTTTGCCCGAATACTTGAAAAAGTTGCAAATTTATACAGTAGAACAAACTGTTTTTTATTTATTTTATCCCATGCTTATTGTTAACTGCATAAGTGGCCTAAATTAGTAAATGTGTCTGACTACTAGGTAGTTCCTTAGGCCTCTCTGTCATTTTATCCTGTTTTGTCAGACATGTCATGTTTTGTTATTTGCAACACTTATCTTACATATAATGTTATATGTTCCTCGGTCTGTTTTCAGACTGTCCCTAATGCTTGAGTGATACACCATGTCTAAAGCCACAAAAAGAAAGCATGTTACCAAAGAAGTCCTGGATGACTATGTCTTGCCTGAAGGTGACAAACAGATTGTTAAGGTAAATTTGCTTCTGCATTCAAAGGACTTCTTAATAGATGCAATTGTGTGTGTGTGTTTTAATTAATTCAAAGTTTAATGAGTGCTTGAATTATCTGAGAAAATTATAATACAGTTTTCTAAAACTTCTTAGACAAATTTAATACATCTGCAAAACTGTGAAATGATTTATATCTAAATAGCTTAAACAGGTAAAACATTTCTTTTATAAAAGTTGTATAGTTAATTTGTGATAAATCAGTTTCATTTCCACGTTGTGTATTGTTTAGATATTAAAAACTGAAATAATTTATATCTAAATAGCTTCAACAGGTAAATCATATTTTCTTTTATAAAAATTGCATAGTTTGTGATAAATTATTTTCGTTACCCAAAAAACTCGCCAAATTTGTGTTACATTCAGCTTAACTTGATTGTTTGTAGGTTCTAGCAAGCCGAGGAAATAATTTGCACGAAGTTGAAACGTCTGAGCATGACACATACCTTGTGAGCATGCCTACAAAGTACAGGAAGACCGTCTGGATAAAACGAGGTCTGCTTCACTTATCACAGTTATAGCCGTAGTAAGCACCTGAATAGTAGGTGGTTTTTATTGGCGTAATATTTTCAATCATCCAAACAAATTTGCAAATTAACTGTGATATTTGTTTAATTGCTCATATATTTAATTTATTATTGTTTAATTGAATCACCAGAAAATGTATCACTACAGAATTGCCATTTCTTTTCAGAAGTAGCAACACATTGAGGCTTCTGTTAGTTTCAAATGGTAGCACCTTTCCTGCTACATTATTTGTGATTTATTGTTTTGTTATTAAATTATAACACTGCTCTCATACTAGTCACTGCATGTTTCATTACTGAATGAGAGAACTTTGCATGATAACTTATATTTATGCGTTTAACTTGTGAAGTTGTACTAATCAATCATCACTTCCGGTGATCGCTAGAATCATTTGTCCATGACTGGAGCTGCATATGGCTACATCTGGTAGCTAAATACATCCCTGTTATAGTTAAGGAATCTCACTATTTGCTCAGTGATTTGCATGAGTGTTTATCATTTTTTAAGTTTTTAGATGTTGAATTAATTAGTTAAAGATAGCCCTACCAAATAATAAAAACAAGATTAACTATTGCTTGCCTAAATTAGTTTGTTCGATGAGTCTGTTTGAAGCACTGAATTCTGGTATATTTTAGAAAATCAGTTTGGATAACAAATATTTTAAATCCTGATACAGTTAAGAAAAATGTCTTCATTACCTGATGAACTTTTCGTTGTGATATTTAGGTGATTTTGTGCTGGTGCAGCCAATTGAAGAAGGCGATAAAGTGAAGGCCGAAATCATTCACATATTATACAAGGACCAGATTAGGTATATACAGCAAGAAGGGCTTTGGTGAGTGAAAAATGTGTTAACATGTTGTGGTTTACATACACCAGTACATATACACACTATCCTTATAAACATATTTACCAATGGTACATGTCTACCATTATATTATAAAACAGTTCGTTCTCTTTTTGTATATCCACCCACATCTCTGTCAGTTTTGCAAGTATCGGGCTGACATTTTGCATGTGATCTACTGGGTCCATTGAGGTGTTTCATAAATTTAGACATTTTCGGAATTCTTCTGGGGGGGTGAGTGTGTGCGATATCTAGCAAAAGGTTGTCCTAACAACTAGGCCAGTGAGCAGTTACAAATTTATTAATGCGGTTAGGCTGGAAACATTTGGGATGGGTTCGGAGTTTCTGAAACTCTAGTGTTGGGCATTTGAGGTTTGGTCTATTTCCAGTGTGCATAATTATGTCAGCAATACTTTTTTAGATTTCAGTGCAAATGATTTGAGGATATGTATGACTGCCTTTTTTCAGGCAATGTCAGGTAACTCAGCTAGTTTAATATAATGTATCCTGCCCACCCAAACTTGATACATATTAATATTGGCAAGGTACCAATTTGACAACAACTATCAAATTGTCTAATTGACAATTTAAGTGAAATAAAATTTGTTCTAATATTAAAACACATCTACTTGTCCACCGGGGTAAATTATAATATTTTCTACTTCTCTCAATAACCACTAAAATAATAATACAGTTTTGGGTGAACTGTAACAGTGTTTGTACATACAGTTACAAATGGATCAGTACGTCATGTCGGAAAACCGTCATGTCATGCTTGTGTGGACTACAGTCTTGCTGTGAGTCTTACAGGGAGGTAGCCTGTTCGATTTTATTGTGAAATTGTATTATACCTTATAAACTATATCGGTGTATGTAATGTAACATATTTACCACCCTAATATGTTTTATTGATGCAGAAATAACAGTGCTATCATTCAAATCCCCGACTAGCGAGTTCTGATTATTCTGGGGGCATGAAAAAGTATTATGTTATGCACATATCTATTATAATTAGTAATCAGACCCAAGGCATGCCTTTGAAAGCATAAACAAAAACATGTAAACAGACTGTTTCCCCAAAAACATACGCATACAAAAATTGTATATTAAAACACATTTGGGCTGTCAGTATGTTATAATAGATAGTTTATATTGTGTAACATGAATTTACGATAAAACAAACTACAAACTCCCTTTAATGTTGCATATGAACAATGTTCTTGCTTCTTGGACTACTAGATGCTTCCCAGGGAAGTCGAGACGGTGTTCGATTGAACAGGTCTGCCAGGGAGTAAATCGCTTTGAGCAGTCTTGAGGACTGGATACTTACAATTTTTACTCAGTTCCTGGTAGACAGGTCATCTTCATGACATCTTTTGCAGCCTGTAGTTCAGTATAGAGATGAGTATGTCCACTGTAGGCAGAGCAGGGAGGACATCAAAAGGACAGTTGTGTGCAGGGCTTGTGTGATAAGGTCATATATGTCACAAAAAACGTCTGTATAGGATAAATAACTTAGTGCAACTAGGATGGAGCAACAGTATTTTCAATTGTAGCGTACTAGCGTATTATATGCAGTGTTTTGACTTTAACGTACAGTTCCTCTTAGGCTGAGCTCATCACTCTGTTACCCACAAGTATGTGGCTAGAATATTGTTGAGTTTGGATGGAGCATTGCAGATAGCAGGTGGTGTAGCACTGGTTTAGGTGTATTGGTTAGTCTATATCGTATTTGTGAAGTTTAAGCAGATTAGAAGGCTCTACAATCGGTCTCCTGAAGCTACATAAGCACAAGTTCTACGTAATGTGTACACTGTGTAGTTCAATGTTAAGTTTATTTTATTTCTTGTTCTTCTGTGATGTTCTTTGCTGTACAGCAGTAAGGGTTGGATACAGTGTTGTCAAACCACTCGTTCTGTTCTTTCTTTCTATAGCTTCCTGTCAGCAGCCCCCTCTCTCTATCTTTCATCCTCCCCAGATCTTCTCATATCCTTCCTCATGCAGTCCTCCCAAGTCCCAACTCAGCTGTGGCCTTCCCCTTTTCCTGTGCCTTGATGTTTTTCCGTGTCTGCTCTCTTTCATTTTGTTAATTTAATTGACATGGAAACATATTTATAATGCTCTGAAATACTAAATCATCTAGGAATTGAATTCACTGAGTGGTTTTGTCTTTCTTCCTTAGGCCAGCAACCTTTGCCAGTGAAAACCACTCGACCGAAGAGACTATACCGAGTGATATGCTGCCACCTAGTGACGAGGACTCTGATAATGAGGAGCTCGACCTGATGATGGTGAACCCCAATAGGCGGCAGGTCGAATTCGAGGAGAGCAGTACAGATGAAGACAGTGACAACACATGAAGAAATGTAATTTACGAGCAAACGAAAAATATCGCGTTGTGACTGCTGCTGCAGCTTTGAGGAATTCCAAGAAAGAAGAGCGGCAGAATAATGTAACTGCAATATGTTTTAATGTGACTCTGTGTCTTGGATTGTAGATCACATTGTCTAAGGTGTTTATAGGTGTTAAGTTCTGCATTTTGTGTATACATCAACATACACAGGACTATGATAAAGGGAAACAGGAGGCAATTGTGTGGGACTATACACCTAAAAGAGTTGATACAATCCAACCATTTGCAACTACAAGCAGCAATATGCCAGTGGTTTATTCAGAATTTATTTTCAAAAGTGGAAGATTCTAGAGAAATTTCACAGTTCCCGACGGCTAACATATCGATACATGTCCCCAAAGTTCAGTAAGCTTATAGCGCTTCATTGACCTTGACCTGACGGGTCAAATGCTTGTTTTCCTCACATATATACAGATATGTCAGCTCATATGTTGGCGTCTGGTATTGCCCTCGATTCAGAAACTGAGTTACACAAGTAGCAACTGTTATAATGGCATACCGTGCCCTGTGCAGATGTAACAGTTTTACTAGTTGAGGCGACAGCATATTCGACGATGAAAATTTATGTCCTGGGTTTCCTGTAGGCATGCCAGCTGTTGATGTAAATATGTCATGATATGTACTAAAAGATCTCACTTCACTGGAAGTGGCATAATTAGCTGAATTTTTTAAAATTAAAAATGCAAGCAATCGGTTGATGCAAGCTCCCCAATTCGATTTCTGTGGAATTCCCACTTCGCAACTGTTAAACAAATACTGGTTTAAATTAACAAAGGTAATGTGAACTAAACTGAATATTTTTGGACATTTTTATTAACACAATTATGCCCTGTAATATGTTTAAGATGCCACCCACGGTCACATATGTAATATGTTTAAGATGCCACCCACGGTCACATATGTAATATGTTTAAGATGCCACCCACGGTCACATATGTAATACGTTTAAGATGCCACCCATGGTCACATTAACACGTGAAGGCATCCAACAAGTAACTTTACACAAACCATACACCTGCTGTATGTATGAATGTATAGTGTGTGTATGTATGTGTGCACCCTGTATGCGTATGTATCTATATGTACTTACTATTTTATTTGAAGTGGCATTATGGTGTCTATTACATACAAACGTAAGCGTGTAAGTATATATATATGTTTGTTTAATGGTATCCGGTGCCACTGTTGTGCATTCTTGCGTTCTGGTTCTTTTGTGTGAAACCACTATTCAATTAGTATAAATATAAACAAAACAATTGTTAATCAGGACAAGTCATCTAGTAGCCATGATGTATTATTGTGCATTCTCCGATAAATTATATAAACTCTTGTACACATATATATTGAACTGTTAATAAACTTTGACATTGCAAGCATTTTTGTCAAACCGTCAGTGAAACTTGA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01176	eIF-1a	Translation initiation factor 1A / IF-1	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001253	Family	Translation initiation factor 1A (eIF-1A)	Interproscan
IPR006196	Domain	RNA-binding domain, S1, IF1 type	Interproscan
IPR012340	Homologous_superfamily	Nucleic acid-binding, OB-fold	Interproscan
IPR039294	Family	Probable RNA-binding protein EIF1AD	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR21641	TRANSLATION INITIATION FACTOR-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0003743	Molecular Function	translation initiation factor activity	Interproscan
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0006413	Biological Process	translational initiation	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf5390_9.8 global RNA-seq network