Gene detail

Detailed information of PE_Scaf511_1.7 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf511_1.7	DACTYLIN	Superscaffold4	6116223	6123859	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf511_1.7

ATGGCGCCATATATCACATCTAATCCGATAGGGGCGCTGTCTGACATATGGTGCAATGACAGCGAAACCCCACAAGAAAAGTATGATCTAAAGTGCAATACTTACTTACTTTTGCGGTGTCTAGCTATTTTTACTCGCAGAGTTGTGGTGGAAATGGCAGAAGACAAACAGCATGTAACGAAAACGGAAAACTCCCGTAGGCGTCATAGTCACAGAAGCAGACGAAGACGAGCCAAAAATAAATCGGCGTCGCCTTTGCTTCTCTGTCGGCTTCCTGACGATGTTTTGTACCATATTTTGTCGTTTTGCAACCTAGCAGATCTTGGCCGATTGGCTCAGACCTGTCAGCGCTTGGCATATGTGGTGGGTGCTGACTTGACCTGGACCCGTATGAGTCGCCGTTTGACCATGGTCCGAGATTATACAAAGTCGAAGAAGTTCAATGGGCAAGTAAATTAATTGAATTTGAAGTATCGCGTTTGAACTTTTTGTCTTTGAAGTTTGAGTTCGATTCTGACATGAATTAAGCTTGGTAAGTTTTGGAGTTCTAACCATTAAAAATATTAAATGAAGGCCATTATCGGCGATCTTTTACTTTCTGACATAACCATGAAAACGACCACCTACAGCCTCCAAACTTGTCACATATCTTACATAAACACGCACTAGTCACTAAGTGACAAAAAAAATATTTTACATGGATCTTAGTTATGAAAAACGCCTAAATGAATGTGGTTTAACAACACTAGAGACCAGGAGGTTGAAAGGAGATCAGATAGAAGTGTTTAAAATATTGAATGCTTATGAAAATATTGATAGAAATATTTTTTTCTCAATTAAGAAAGATGGAAAGACAAGAGGATATGAAGTTATAGTAATAAAGGAGCAGTGTAGATTAGATATAAGAAAGTTCTCTTTTTCACAAAAGACTAAATGAATGGAACAGAGTATCTGCTGATTGAGTTGGTGCTAGTAGTGTTATTATGTTTAAAAATAAAATCAACACATACCTCAGAAAAGCGGGATACATGTAGATAAAAGGGTTGGACTCTCAATAAGCCAAAGGGCTTCCTTGTCCACTTGCCATACTAGTGACAGTATAATCACATGTATATACATTTAAGTTGTCAACTTATTGAGGATGTCTGCATATGTTGTGTATTGTCTACCTTGTGTTTAAGTCTTATTCCTGCCCTTGGATTTCAAAATTATTGGCATTACAAATTTGTAATATCATGACATCCACAAACCCTTGTATATGGTTACCAATTATAGCAATGTTGCAAGGGCAAATAGCTTCATTATTAATATGCTATTCATATTAAAAACCGATGAAACAATATAAATAATAATATTTTATGTTTTAGTAGTCCTCCATAATTCCCAATTGAAAAAACGACACTACAAAATAATGATATATTAATAACAGTTTCGGGCAATGACAAAACATGGTTGTGTTGACAGGTAAACTTTATGGCCTCATAATTTTATTATTTATTTATTTTTTTAATGCACACTTGTATTGATATGGCTTGATGTCTGGCATGGTATTTTATTAATTGTCCAGGTAAACAACACTGTTTTGGAGAAGCGTTTTGTATGTATTGGTCGGCTGTTGATCGTGAAATTGTGTCACCATGCAGCAGTGGTAAATGAATGGTCCCGTTGACAAAAAAGCTGCCACCAAAAGTAAATTCATGTTTGTAACATTGTGTCGTAGGGTCTGCCACTAGATTGGGCAAATGTTCAGTAAACAATACACTTTGACTCATTTTGCAAATTTCTTGTTGCACCACTTCTTCAAATGGATTGATTACATCTCGGAAGCAACTCGGATGCTGATATCGAGCTGCATTTCTTCTCAAAAACATCGAACTTGGACAACGAATTCGACTAATTTCTAGTGATCACCAAGCACCGAGTACGGCTTTATAACCTCGGGCCCTTGACTTACCAGTGTCAAAAACTGTTCACTAGTTAGCAGAAAGTGTCAGAAATCTACAAAGGCTCTCTGTTTCATGAACGCGGTTGTGAGCCACTGCTTAAATTTAAATGAAAGATCAAGGCCTGGTCAACTGTCAAGCAGTGAAGAAATATATATTTAAGAAGTTATAATTTAAATGTTGAATTTTTTATTTATCTGGGATAAATAAAAACTTAACAATCCAGGCTTATTGTCATGTTTAATGTACCATGATCATTATGATTATTATACAATTTATTTGCATTTTGCATCAAATATTATATAAATAACAATAATAAATCTCTGTCAAAATTCGAAAGGAAACATGTGGAAACTGTCTAAAAGTGTGGAAGTGAGAATGGTGATGTCCACTTGCAGGTCATCAGATGGCGTGACACAGCGGGACCGGTGTCACACTGCCCTCAAATGGAGGACAGGCACCGCCTCCTTGATGCACCTCGTCCGTTATAATGTCAAGTAAATATTTTTTGGAACAAATGTTTTATACTGCATGGCTTTGTAGCACATACTCTATGTTTACTTAATACAGTTTGTGGTTATATACTCATTCATGTAGATGTACTACACTCCGGACAACTTTCATTCAAGTTCTGCAAATTTTATTTTTTTTGGAAACCAAAGACAAGTTTGAAGAACAGACAGTTTTTCTCTGATTACCATTATTGAGGGCCTCATGGACACTGACATACTGTACGCTTTTAATCAGATTTGTTATAAAAAAACACAACTTCTGACATGTTAAAAAATGATGGGAGGTTGGCCCAAAACATCGCCCTCATTTAGGGCTTTTAGGCTCATTATACAGCGGTTGGTATTTATGTTTTTCCAGGCAGTTGCCATGGTTACAGTTGGATGAGGACAATTTATGGGTGTCCTACCTCAACACCATTCGGTGCTTCCCTCGCAAGAAGGATGGAAGAATTGCATATGAGAACCAAGCGAAAGTCCTCCAAGGTCACACCGTGGACGTTCGGCGATTTGTGAGCAAAAGAGGCCTCGTTGTCAGTGGTGCCTGGTGAGTGGGCGGACTTGTTGTTACTTAAAGGAAATAAAAACAAGGCATTAGCTAAAATTCGTTTTCCATGTGTACACAAAGTTTAACATTCTGTGTAACATTCGAGAACATTAAAAAATACAGAAAAATACATTTGTAGCATAAATTTGATTTTAAACCCGTCTGTGTAACGATTCCCGCAGAAAATAAAAATTTAATCAGCTAGACGATCACGTGGTATCGTAACGTCACATATGACCTACACACGCATCAGGCCAACCCTTTCCATGCATTCAGAGTATGTTTACATGGATAGTTTTGGGGTCGAAACGAGCGATATTCCGATGTAATACAAACACTAGTCATCATAGAGGAACAAGCAGTTATCTTACGGTTCCACATGAATGCAATTTTATTCAAAACAATGAATGCGAATGAGCCTACAAGTCGACTAGGTATCGCCGAGCTTGGACTCGTTTTCAGAATAATTATATCGAATGCACCCAACGGGAGATGATCTACACCAATATACAGACATAGCAAACATATATCATATCCAGCTACAGAAAGCAACGTGTATAATCTCATAATATCACTAGAATATTGATGTATGAAGGAGGAGTTGTACAATTTACCATAACAACTTAAATCAGTCAACAAATTTCTGTCGGTCCTGCTAGCTCAGTTGGTAAATGCATTGGTTCCTTGGCATTTATTTTGCAATCGGGCGACGCCAGTTCAATCCCGACACCAAACCATAAAAAGTATAAATAAAAGTAATATAAACCAAATCATTTTATATACTATGATGCAATGTTTGTAAATATTTTTGTAGTAATTATTTATTCGCCACAAAAATGAAAATATGGTAATTATATATAACAATGTTTCTAAATTTTATTTATCTGGACAGATCACCATTTGTTTTCACATATATAATTACAATATATTACCGTACAATATATATATACACAATTAATAAATTATATATCCATTACATTATATTTGTTTGGATAAATAAAATTTAGAAACATCGTTACATAATTCCCATATTTTAATTTTTGTGGCGAATAAATAATTACAAAAATGTCAAAAATATTCAACAAACAGTCATCACTGCCACCTTTGCTGAGACCAAGTGAATGTGAATCAAACCAGATACGGGTTGATATTAATGCACATGCTCTTTCTCCCATATATTTTGGTATGTTAACATTTTGTTTCTAGATGGTTTGCAACTTAGGCGATGAACTCTGAGGATTCCTCAAAAGTAATGCCTTTATTTGTTATACTTGATATTGGCTAACGGTTGTTACTTGTGTTCATACTGGGTGGTAGACACGTTAATAAATTGTTGACAACTTGATGTGTGTTTTCTGTGATAGTTCCGAGGTACATAAACTGCCCTCTGATCAGTTAGGGAAATTTTACTTAACTTGCATATGAAAAACTGCTCAAATTTACATCACAGCAAATGTCTTGTAGGAAAATTCCGGGAAACCGTCTCTTTGTGTGTAGTGTCATCTGGAGGGTGGGCTTTTTTGCTAGTGTTTAGTAATTTATGTGTTTGTTTCAGTGACGGTAGTATCAGTTGCTTCAATGCTGTCAGTGGGACGTGTATTGGCCGACTGACCCAGTGTCACAGTAGTGACATCCACGCCGTAGACTTCCACCGAGACTCTGTCATTGTGTCAGGCTCCCGCGACGCATCCATCAAAGTATGGGCTCACAGACTCGCCAGATATCAGTCAAACAACTGATTGTACTTATGACGGAGAAACTAATTATTTCTTTTAAATATCTGCAGTTGTTTTTACTGTAAAAATGGACTTTGAAGTGAAAATGTGACACAATTCCACTGTCATTTAGATACTTACGTTAATAACCATGAATATCCACCTTACCTCCCTGGTGAATCCATCCATTTCTTGTGACAACTTCTTATTGATTTTGAGATTGAACAACCTTTTTGTGTTTAAATGCCTCTGAGCTTGGTTTCGAAGGATTTCGGCATAATAGAAGTTACCTTAATTTATTAGTATTATTACAGTGTTTATAAAAGGCACATAATGAGTTTCTAGATTTATCCGTACTTTTGGCCCAAATACAGCCATAAAAACCACATATGATGGAACTTTATGTCATTACATACCATTGTTCACAATTCTCCACTTGTCTTCCAACCTCCCTCTTTTGTATGCTCTCTACAAAAACTATGAATGTGTAAATATCAACCACTGTGAATAACTCCCAAGTTCCGTCTGTCGGTGTCCTACCGTCCAGCTGTGATGTGTGTGTGTGTCTGTAGCTGTGGCGACTGCCTGACTCTGGCCATGGTGATGTCCTACTACACACTGAGCCGGCTGGTGACCGGGTGTGGTCGGTGGCCATGAGTCCGGACGGAAGGTGAGTGAACAGTTTGTATAGTCTACATTGTCCAGTGGCCACGCATAACAACACTCTCTGACTCCTCTTTATCCCTTAAGTTTGGCTGAGGCTGACATCCATCCTGTTCCTAGATATTTGTTTATTTCTCCTGAGACTGATCCTGTGTCACTGTGTGCTGGTAGAAGTAAACATACAATGTAGTTAGCTGTTATCAGTTCCAAGTCTGTAATAAAGCCATCATGTCGTTGTGCACTGGCACACATTCACTCATGAAATCATATGTCTCTGCCTTACAAGTTTTGAAGTAACTTGTGTTTGTCTAGAACATACAGAATACACTACCATCTCCACCACCTGTCTCTGCTCTCCCCATCTCATATTCTCCCTTCATAATCCCGCCAAATCTTTCTTTCCACAATCATCTTGTCTTGGTCACGGTCTTCCTCCACTCTGAGGACATCTGTTCTCTTCATTCACCCTTCCGTTGTTCCGTGTGTCCCCCTGTCTGGTTCCTCCTTCCCCTCCTCCCTTCGTTGTGTCTCTCCTAACTCCCACAACATGTCATATATAAAGAAAGATAAGTTCTTATATAACGCAGTATCCACTATGCTGCATAATGACGAGGCAAGTCTGATTAAAACAGAAGTAGTTTAATAGTAGTATAGTACACTTATGTTTAACTCCACATGAAGAAGATTACACTAAGAAAACAGTTTTTATAGAGAGTAGTATCCAGTCCTTAGAACTGCTCAAAGCGCTTTATACTTTACTCCCTGGCAGACTTGTTCGATCGGACACCATCTCGACTTCTCTGGGAAGCAATCGGCCATGCTGCAATTAATACGTGAACACTATTCATACATAAATATCCACCAGTGTCTTTAGCCAGGTACTCATACAGCTGAGTGAACAGGAGCAACGTAGAGTAAATAAACTTCTCCAATGTTTGACAGGATTTGAACCCATGTTCGAGAGTCCGATGCTCTCGCCACTACACTTGTCAGTGTGTTATACCAGAGATATTACTTAATGCCAGTTATTATTTGGACATATTTTAAAATAAATTTAAATGTACGTGCAAAAGTATGTACCAATTTCACATATTCACACTGCTTAAATATATTCAGTGCTGCCATTTATGTGACTAGTAGATCATTTATTGCATTAGTTTATCCTTGTGTGCAGGTGTTTCGTAGCGGGGACAGCCGGTCTACATGACGTGTCTCCACTCAGACTCTGGGACGTACACACGTAAGTGGTGGTCAGTTGACCTAGATCCATCACGTCCTGTTACCTAGCAACAAGGTCTGTCAAGCATTTAAAATATGGATGCCAAACATGTGGCGCATTCAGACTTCCCATCGTATTTGTTGAAATTCAGGCCTCAAAGTTTTTTATTGTAAGAAAAACAAAATGCAAAGTTGTTCAAGCAAAAACTACACGTGAGAAATGTTAATCTATTGTAGTATTCACTGTTTCCCAAAAAACTACATGCGGGAAATGTTAATTTACTGTAGTATTCACTGTTTCCCAAAAAACTACATGCGGGAAATGTTAATTTACTGTAGTATTCACTGTTTCCCAAAAAACTACATGCGGGAAATGTTAATTTACTGTAGTATTCACTGTTTCCCCAAACATGGTCTGGAAGTGCAGTTCTGTGAATGTTCTTTCGTGCAGTCAGTATCATTCTAACATAATTTTAAGATTTGTATCTGTCTCAGAATGCTCATTCCATCACATCACATCATTATGAAATGTTATGTTTAAGGCACTGTTAGCAGTTGGAATAATTCTAAGAATTGCACTTGCCTATTGTGGTTAAAATAGTGCTCTTCCAAACTGTACCCTACACTACAAAAGTGCCTTAAAATGTGATATTTAATGTGAACCAGAATGAGGTTAATAAGAAGTTTATTTGACCCCAAATTAAATTACACTGTACACATTTAGCAGTATACTCGTACATTTCTGTATGATATACATCAACTATAATTAAATAAAACTCTTAATGCCTAATTAAAAACAATGTAATAAAACAAAAAACTGAATGACATGATCCAGCTGTACGTTTCCTAGAGGTGGTCAGTATGCAGGGGTTCTGTTGCCAGGACGACGCTGACCGGGGCACTAGGGCGACACTACAAGTACGGGGCAGGTGTGTTGGATGTCCAGTTTGAGTCGCCAGACATCGTCCTGTCTTGTGGCTACGACACCTGCGTGAGACTGTGGGACCTGCGCCAGTCCCTACACCAGTGGTCAGTACTTTAG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	UBD\|Other\|Beta-prp
Ubiquitin Family	E3\|E3 adaptor Cullin RING\|CDC20
Ubiquitin Family	E3\|E3 adaptor Cullin RING\|DWD

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00400	WD40	WD domain, G-beta repeat	Repeat	Interproscan
PF12937	F-box-like	F-box-like	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001680	Repeat	WD40 repeat	Interproscan
IPR001810	Domain	F-box domain	Interproscan
IPR015943	Homologous_superfamily	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily	Interproscan
IPR036047	Homologous_superfamily	F-box-like domain superfamily	Interproscan
IPR036322	Homologous_superfamily	WD40-repeat-containing domain superfamily	Interproscan
IPR052301	Family	SCF Complex F-box/Wd Repeat-Containing Protein	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR14381	DACTYLIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0019005	Cellular Component	SCF ubiquitin ligase complex	Interproscan
GO:0031146	Biological Process	SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf511_1.7 global RNA-seq network