Gene detail

Detailed information of PE_Scaf41_1.16 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf41_1.16	ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT	Superscaffold2	70797222	70813738	+

Gene Structure

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CDS

Transcript

PE_Scaf41_1.16

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00574	CLP_protease	Clp protease	Domain	Interproscan
PF12796	Ank_2	Ankyrin repeats (3 copies)	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001907	Family	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	Interproscan
IPR002110	Repeat	Ankyrin repeat	Interproscan
IPR018215	Active_site	ClpP, Ser active site	Interproscan
IPR023562	Family	Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA	Interproscan
IPR029045	Homologous_superfamily	ClpP/crotonase-like domain superfamily	Interproscan
IPR033135	Active_site	ClpP, histidine active site	Interproscan
IPR036770	Homologous_superfamily	Ankyrin repeat-containing domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10381	ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0004176	Molecular Function	ATP-dependent peptidase activity	Interproscan
GO:0004252	Molecular Function	serine-type endopeptidase activity	Interproscan
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0006508	Biological Process	proteolysis	Interproscan
GO:0006515	Biological Process	protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins	Interproscan
GO:0009368	Cellular Component	endopeptidase Clp complex	Interproscan
GO:0051117	Molecular Function	ATPase binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf41_1.16 global RNA-seq network