Gene detail

Detailed information of PE_Scaf3895_5.3 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf3895_5.3	39S RIBOSOMAL PROTEIN L32, MITOCHONDRIAL	Superscaffold3	70670515	70676195	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf3895_5.3

GGTGACCGTGTTTAGTCCGCTAACGTCCGTGACCTGCGTTCCGCCGATTTCATTTGTCCAATCAAACGCTTTCATACAACAACAACTAAGTCAAGATGGCGATGTCCATGCTTGTTAGATGTCAGAAGGTTATTGAGCAGTTAGAACGTCGATTACTACAAGTTTTTGGTGGCCACGGATCTAATGGTAATGCCTAATAAATGTCACATATTTAGGTGCATAAGAATGTTGTAGGGAGTCGCGTAGTTAATATGTGTTTAACACGGTGCCGTGTGACACAAGTCTGATCCTACGTGCCTATGCCTGGCACGGGCAGTGTGGTCACGGCCCATCACGGTGCTTGCTCCCTCAGTATTCCATTCCCTCTCCTTCAGAACTTGACACAAACAAGACACATATAGTACCCGTTGTTGTTATTATACGTTTGAAATTTAGGACCGCATCCTGATTTAACCTTTAATAACGGCGATTACCTATAGTCCACCATCATGCTCCATTATCGCCCATTTCACCGGTATTTGAACGTAGGATATCACAACCGACTAAAATGAAAGGCCGACATTTCTCCCTTTTATAGTTTAACGTTGAAGACAGTAAGGGTATTAAAAGAGATCAAGACCCGATACTTGTGTAGATTCATGACCCACATCGATTTTGCCGTTATAACATTCTTTTATTTTTGTAAAAGTATCAAACGGAGGCAACGATACATCATACAGTTATAACAGTAAAATCGAGGTCTGCCCAAGGGGTTTGACTAAAAGGCGCATGACCACAAAGTTGACGAACGACCATGTAATATAATATGTTGGTAGATAGTTTGGCCGTTGCTGGAATATATATTGTGTGTGCATTATTAAAAAAATTGAGTTTGTGTGTATGCATGGTCGTGCGCCTTTTAGTTACCCTACAGAAAATTGCGGCTTTATTTTAATGCAGTTAAGAAAAACACACACAAACCTTTTGCAACTTGTGAAGTTGCAATTCACATAATAATAATAAAAATACACCATGACAATAATTCCTTCTATGTGACTGTGACATCTCATATGAAGGGAAGACACCACATAATCGTTATATAAAATAATAATTACATGTACTTACAAAAAGTATTATTAATGTTAATTATATGAATCTGTATAATATGTTTAAATTGTACAACAATTATAACTTCTCTCCTATTATAAATGCTGTTACTTTATTGTCCACTATTTATAATAGTGGACAATAAAGTAACAGCATGAATGTAGGACATTGGGTAATAATAGGAAATAAGTGAAAGAATATGTTTTCATTATATCTTGTAATTACTTAAATATTTATTAGTTGCATTTGTTGATTTTGAGTCCAATTAAAAATTATAACATCTCCTAATATAAAGATAACATGACTGGGGTGGGGAGGGGAATTTTTTTAATGTTTCAGCCCAAAATATGTTCGACCCATGCTCTGAATAATCCGTTTTCCCAACCAGTGAACCACTATCACATGCGTGGGCCAAACCAGCTATTTATACAACTGGTGCTAGTAGGCTGCATAAGCCAAAATGGTCGTACATATTATAATTGCTATCTCAAATAGCATGTGTCATGTCACTCCATATACTGTGTGGGCCATAATGTCTGCCACTTAGAATTCCCACTTAATGTGGGTAAAAACGACTGGTGAAATATGGACCGCTAGATAGAATGCACATTTTGGGAGAAAAAATCAAATGAGATATTGAATGATACATCAAGCCATAATAATAAGGACCCTGTAAGTACAAACTTCTCCACAATACCGTACACTGTACTCCAAGTAACAAAACCAGTCTTTAAAAACAGTACACAGATGTCACTGGTATCATTGCAAAACTGAAAAGTTGTCCTTTTATACGAAGTGGCAATGATAATAAAAAATGCTCCAAAATGTACGTTAATGTCTGAACTGTCGCGACCCGTCACATATCAGACTTAGCAGTCTTCTGTCAGAATATTGAACTTGTACATTTTTTCTGTCCACCGTTTCTAGGGCCATGGGCTCCAGCCCTTGCCTGTGGCACCGACCTACCCCAGAATGCCTCACAACCAAGGAACATCATTGATGACATCTTTGGTGACGGATTCTTTTGGGCTGTTCCAAAATCGCGAAGGTCACTTGAGAGGAGACGCATCCGACGTAATGGAATAACAAAAATGAGAGACTGGGCAACACCAAGAAAGAACATCAAAGAATGTCTAGAGTGTGGTCACTGGCATCTAGCACACACCGTTTGTGGTACGTTGTGGGTTTCATTCTAAGGGGGCCATTCCATCGTCACTCACATTACATTTATACTTTTTTGGGTCTTTCAACACATATTTGAAAATATTATTGATCAATCAAAAACATTTAAAGCATATAGTGACTTGGGGTTATGGTCTACATTACTATATAGGCAATTATTCAGAATGTTAGAGTTTCTAATAAATATATAGAATTTAGTAGCCGTCACTCACGTTACAAAAAAAGACATCAATATTTTTGCATCAACTTTGCAGCTAAATTCTCCTAAAACTATTTGCCTTAGCATAAAATCACCTGACTATTTGTTTAGTTGTGAATTTAAACTAAACAACAAGTACAGTTTAACTTCCTTCTATGATATATTTTAGCCACCAACTGCACATCAGAGAAAAAAAATGTTGTCACTCACGTTACGTTACAACCTCACAACATTATATGTGCAAATTCAACCAGTAAACAAAGGTATTTTAAACAAAATTCATGTCCTTTTGCCATTTCAACATGCATACAAGTGTAAAGAAACTTGTAATAACACATAATATATATTGCTATTCATTTCAACCTTTCCCTCGTACATATACCTAGGATATATACTGTACATAATAAAATGTCAGAACTAAAATGTAAATTAGCCACTTAAAAATCTTTGAAATTGTTAAAATCTTAAAGTCCACTATTCAGATTCACAGTGATTACATTACTTAGAAAATAAGCATAATCAATTATGATTAATTTTGCACGTAATCATCATTACAAAATATGAAACATCACCACGGTAGACATCATCATATTCCACAATGACCCAGTCACTAACATGCATGTATTCTCGTCATTCACCAAAGATATACCACTATTGTCAGGATTGGAATGATCAGTGAACATTTGGTTGGTCATCTTCATGTGTAAAGTCAATTTTGCTGATTTTTGGGGTAACAGGCACTTCATTAAAGCCATTTGTTTATCAAGTGTACAATTGTTTTTTATCTATATGTAATCCTTCCTTCTGAAATGTTTATAAATTGTGTTTTTAAACATATTCTTCCTACAGTAATCAGTAAATCAATCAGTAAATAATTGTAGTCAATTCCATATAATTTTGGACATAACAATGAAAAATATAACTTCACATATAGTGACAATTTAATGTTTGTAATATTGAACACATATTTTGGGTGTAACAATAAGAGAGTTACACATAAATGACATATTGCAATTGAGGACATTTGCAATGGTTTCATGGGTAAATGTGTCTAATGTTCTCTGAAACTTTCTGCAACTCAATTTCCATTTCAGTTTTCAAATGAAGAAATATATGTAATAAATATTTTAATACAATTTCTTGATGATCACTTTAATTAATATGATCCAGTTTCAAGCTACCTGTATATCAAAAATCACCAGAGCCAGAACTAGTATGATTCTAAGGACGTCACTCACATTACATATCGTCACTCACGTTACATCGTCACTCATGTTACATTGTCACTTACGTTACAGATTTTAAGGCCAGATTGCATAAATTCTATAAGGCCTAGCTGTGAACTTGTTTTTGTTTTACATATAACTTAGCTAGTAGAAGGAGAAACAACAGTTTCTGTGAATACACTTTTTGCATTCAAACTTTAGATTAAAATATTCACATATTTGTTACTTACGTTACATGACGGCCACCAGTAACACATCTGACAATATGCACTAATGTGGGTAACACATAGATGAATACCAACTGTGCACAACTAATTGCCAGTACCCAATTTATCAAAATATACATTACTTAACTTGGTGTACTGTAAACTGGTAATTCATGTTTCTCTTTTCATGTAAACTTAACTAAGTCAGCTATATGGCTTTTACTTTTGTATTTATTTTATTGCCACGTGATGCCACATGTATACCATTAATATGCAGCAGCTACAAATAGCTATAACCACCAAGAGAATGTAAACATAATTTATTATTAAAAATGTTGACAGTACACTGTGCAGGTCATTGAATAAAAGATTAAATGTTAGCAGAAAACAGGTTGGTTGTTTAAATGAGATTGTTCTACCTGGGAACGGAAGAAATAGTTTCTTCCAGAAGAAAGTAGAAGTACTGGAAACTGGGATCAAGTCTTACATGGATTGTCGATGAATTGTTTCAATTATTACAATACATAATACCTTTATTGATGATGATTTTCATATATTTTTCATATATCTTTGCAATCAAGTTGATCATCTATAAGTTGATTTCTAACCAAGCGGCATCTAGTAAAGCTGCGTTAGCCTATTTTGTATCTTTTTTGTCTTTAGTCATTCAACAAAAAGTGTGTTATAACATCTTAAGTCCCTGCACAGCCAATTTTTCTTTTATTTGTACACTAAAGATTCACATGCACACAGCAGTTGATTCTGCCGATATCTCACAAGTGTCCACTAATCATAATGGAATGCACTGACTAGAGCATTGGACTCTCAACCCAGAGAACCCGGGTTCGAATTCTGTGCTGCCGTATCGAAACTTGGGCAAGTTCATCCACTCTACATTGCTCCAGTTCACTCAGGTGTATGAATAAGTACCTGGCTATAGACAGTGGTGGATATTTGTGTACGACAAATTAATTGCAAACGTGGCTGAATGTTTCCTAGAGATGTCAAGATGGTATTCAATTGAACAGGTCTCTGCCAGGAATTACTGGTAAAGCATATAGTGCTTTGAACAATCCTAAGGGCTGGATACTGTGTTGCATAAGAACTTTACTTTACTTTTAGCATGATTCCTTGTTATCCTTTGTGGAATGTTTCCCCAGTTAATTCATTGTGACATCTGTTGTTATAGGAAACTGTTATGACAAAGTACGGAAAGAGACAGAGGAGATGCGGCTGGCGATGAACAAGGATGACCGTGACTATAACGTGCCACACACAGAAGTCGTCTATGTGTACAAGGGTGAAGAGAAAGACTCTCAGCTACTCAAAGGGAAATATGTTGTCGAGGTTGAAAAGACAAGGCCTGAGTGGTTCTCAAAGTTCCTTCTCACAAAAGCACTCAGACGACAGTAGCTTTCACTTGAATCAGTGTTGGCAGACTAAGTTCATTGTCGTTTCCATCTGGAAACCATGATGAAACAGCAAAGTAATGCCCTTTGATGAATGTGCATTTCGTTTGATACTAATAATATACACTAAGACAGACAGAAAATGGTGTTCAAACAAATCAGTGAACAGGTTAACAAACAATGCAGTTAGGCTGTTTGTTTCTTAAACGACCAATCCAGTTTGTACATGCATATAAATCCTCTAACTTAGTTAATGAAAGTCCCTTATATCTAGCATACTGGGTACATTGTGTTCCATTCCTATTTTATATATACAAATTGTTTGTCTGATATTCAAGAAAATAAACCTAAAATATTTGCTGTCTGCTTATAA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01783	Ribosomal_L32p	Ribosomal L32p protein family	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002677	Family	Large ribosomal subunit protein bL32	Interproscan
IPR011332	Homologous_superfamily	Zinc-binding ribosomal protein	Interproscan
IPR051991	Family	Mitochondrial ribosomal protein bL32	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR21026	39S RIBOSOMAL PROTEIN L32, MITOCHONDRIAL	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003735	Molecular Function	structural constituent of ribosome	Interproscan
GO:0005762	Cellular Component	mitochondrial large ribosomal subunit	Interproscan
GO:0006412	Biological Process	translation	Interproscan
GO:0015934	Cellular Component	large ribosomal subunit	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf3895_5.3 global RNA-seq network