Gene detail

Detailed information of PE_Scaf326_2.2 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf326_2.2	UTP15 U3 SMALL NUCLEOLAR RNA-ASSOCIATED PROTEIN 15 FAMILY MEMBER	Superscaffold11	25940951	25965010	-

Gene Structure

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CDS

Transcript

PE_Scaf326_2.2

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
Ubiquitin Family	UBD\|Other\|Beta-prp
Ubiquitin Family	E3\|E3 adaptor Cullin RING\|CDC20
Ubiquitin Family	E3\|E3 adaptor Cullin RING\|DWD

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00400	WD40	WD domain, G-beta repeat	Repeat	Interproscan
PF09384	UTP15_C	UTP15 C terminal	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001680	Repeat	WD40 repeat	Interproscan
IPR015943	Homologous_superfamily	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily	Interproscan
IPR018983	Domain	U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal	Interproscan
IPR036322	Homologous_superfamily	WD40-repeat-containing domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR19924	UTP15 U3 SMALL NUCLEOLAR RNA-ASSOCIATED PROTEIN 15 FAMILY MEMBER	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0005730	Cellular Component	nucleolus	Interproscan
GO:0006364	Biological Process	rRNA processing	Interproscan
GO:0045943	Biological Process	positive regulation of transcription by RNA polymerase I	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf326_2.2 global RNA-seq network