Gene detail

Detailed information of PE_Scaf1236_10.5 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf1236_10.5	DEADENYLATION COMPLEX SUBUNIT PAN3	Superscaffold13	37344766	37361620	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

PE_Scaf1236_10.5

CCAACAGCAGACGCTAACAACGGTGACCAGTTCTTCAACGCAACATTTGGGGGCGGGGCCACCATTTCCAACGGCTTGTCCGAGTTTCCACCTGCCTTCCTTCCTAGACAGAAAGGTCAGCACGGGAGTCAGATGGCCGGACCCATGCCAGGTAATACCAAGCCCATGCCAATCATAAACAGACAGCCCCCCATGCCTCCCGGTGCTCCACCCCCACCCATGGACCACGTCACCATGAGAAACCAGTTCATGGCCCTCTCAGTCACTGGATCATCGCCACAGAGCAAATTCCAAACGTCATTTAAGCACGGTCGCAACCCCGGGGCGACAGAGTTTGTGCCAAACACAAGCGCCCCGTCGAGTGGCGTAGGTCTCACCCATAGTTCCAGCAGTCCTGCCTTCAGTAGTCACCTCACAACGCAGCAGTTCTCCCAGGGCGAACCCTTCCACCACAGCCCCTCAGGCATGGTGTTGTCGGCTGGTACTAGTCCCGGGGGCAGTCCCGCCCGCAGCCCCCTGGGTTCCCCCCTCTCAGCCCGCAAATCTGCCAAATCGCCCATCTTCTCTGTGCAGGAAAATGTTGGTGGCACAACCTACTTCTACACACCTGAAAATCTATCGACACCACATCATTCAGTGGTGATGCCAAACTTCACGATGTACCCCGGAATCCTTCCTCACGTCGCCCACATGCGCATCAAGAGCAATATGCCTCCCTTCTTCCTGCCGGATGAACTCAAGATGGAGATCCTGAACAGACATGCAATGATGTTGGCTCAAGTTGACCCAGAATTGATGCCAGATATCCCCCATGAGGTGGACAACTACCACTACGTGTGCCCCCTAGAGGCCGAGCCCCTGCACCCCCTGCAGAAGTCTAGCACCTTCGGTTACCACACGTCTGTGTACAAAGCGACCAACACCAAGGACGGCCTCACCTACTGCCTCCGTCGCATACATGGGTTCCGTCTGGTCAACACCAAGTGTATGGCCCTCATTGACGTCTGGAAGAAGTTACAACACTCCAACATCGTACAGTTGAGAGAAGTGTTTACGACGAAAGCATTCGGTGACCACTCCATGGTGTTTGTGTATGACTACCACCCGCACTCATTCACCCTGATGGAGCACCACTTTGGCACCACCCAAGCAGTGGGGCCAGGTGGTTCCATCACCGCAGCTATCGACAGTCGATACCCTAACACCTTCCCCTATGGCAGTCACGAAAACAGCGCAAGAGGCTTCGACAAGATAGGTGGCAGCACTGGCAGTCGAACGCAACCTCCCCCGCCACTACCGACCCAGCAGCCCGGTCTACTGGCCGAGAGTCTCATCTGGGCGTACGTTGTACAGCTGAGTTCCGCCCTGCGCACGATCCACGCCCACAACCTTGCGTGTCGCGTCATGGATCCCACAAAGATCCTCCTCACTGACAAGTCCAGGATTCGTCTCAACTGTAGTGGCATCTTTGACGTCATCAGCTTTGACGTGAACCAGTCAAATCCACTTGCTATGATGCCACACTATCAGCAAGAGGATCTTGTGTCTCTCGGCAAGGTTGTGCTTGCTTTGGCGTGTAACTCCGTGGCTGCTATCCAGCGGGAGCACATCCACAACTCGATCGAACTCGTCAGTCGCAACTACTCGATGGATCTGAAGAACCTCATCTTGTATCTCCTGACGAATCAGAACAGGATGCGCAGTGTCAATGACATCATGCCGATGATCGGTGCACGCTTCTACACGCAGCTAGACGCGGCTCAACTACGAAGTGACGCCATAGAGAACGAGTTATCTAAGGAAGTGGAAAACAGTCGACTGTTTCGACTAATCAGCAAATTTGGTGCAATTAACGACAGGACTGAATTCCAGATGGACCCGGCGTGGTCAGAAACAGGTGATCGTTATATCCTGAAGCTGTTCCGCGACTACCTGTTTCACCAGGTTGATGAGAATGGAGCGCCCTGGCTCGACATGGCTCACATTGTACAGAGTCTAAATAAGATTTGTCTGATGTCCAGAGACGAGCAGAGCATCCTTGTTGTGTCGTACGCTGAGCTGAAGCAATGCTTCGAGTCTGCATTTGCCGAGCTTATCGGGTCCTAG

Transcript

PE_Scaf1236_10.5

CCAACAGCAGACGCTAACAACGGTGACCAGTTCTTCAACGCAACATTTGGGGGCGGGGCCACCATTTCCAACGGCTTGTCCGAGTTTCCACCTGCCTTCCTTCCTGTAAGTATCAGTTGGATTTGTCTTTCAGTTTCAGATTAGATATCTGGGAATGATAGCAGGCATGGGGTAATAGTAATATGTAATAGTAATAGTAATTATTACAAATATTGAAGTAATATTAATAGGTTGAGCAAGAACTCAATGTAATAGTAATATGAAGCAATGTAATAGTAATTGACCTATTACTTTTATATTACTATTGAACATTTAAACTGTTTGTATAACAATTCCATTTGATTAGGTTGTAGATTCCACTAGTTTCTCCAGGTTTTATGGTTGCTCCCCCTTACAGGGTTGCAATCTAGCCGGTCAAAACCCGGCTAAAACCTATTAATACTATTGAAAAGCCTAACACTAACCCAACATACACCAAACTTCTCCAAGCTTATATTTAGCTCATGTACTAATTTTACCTGGTGATAGAATGTAAATATCTACTTGCTTAAACAAGCATAGCTGGAGATTATGAAACATCAGTGCTGAATTGTCACGCAATTACTCTGAAGCAGTCCTTGTTCTTGCACAACTGAAACCGAATTAACACACATGCTTAATAAATAAAAGCATGTGTATAATACTTATTCATTATTGTAATGTATTCACCAGTTACAAAGTTCTTTATGTGCACAAATATTCTAGAAACTATTTTGGCAGAAAAAAAGGTGGCCATGTTCTTGAATAATTCACATAGACCGGAGCCTGACCCTAAATCTTATGTTATGAAAATGGCCTGGTTATACCAAATTCGAATACGTTGTCTGGTGTCAATTTTTGCAGTGTGATGCTAATGAAAACGATTGGATTTTGGATCTGAATGTATAAAAGTTTTTGTTGTGCTAATATAACACAATTTGGGTACGGATATAAATGTGTGCTTAATAGTGAAAACGACAAACGTAACACATTACGTGAACGCCACCTGACGATTGTGTTGGCGTTAGTCTCTTGGCATGGTGAAAGTGTCAACGTGATTTAAATTTTAAATTGTTATGCAATATTGTACGATTTTAATAAGTACACTTACATCAAATCAAATATCAACTACATCGCACTTATATGTCACTGAGAGTATTGCCACAAAAACTAAAACTAGTTAATTAAAAAATGATATATATATATAGTAAGAGTAAATGTTCCATGTATCTGTAATCATCAATTATGAGACCGCAGCTAGGCTATCTTTTGAAAACAAAAATTCAATTGGTTAATCTAAAGAATAAAACAGGGCCAACAACAGAGCATGGACCATGTAGTACTTTAGTTTTTATGCTTTGCATTGATTACATGTAATAACATGATCACATGCCGAATATTAAAAAGATTAATGTTCACGTTTACCAGGTTATTTACGCGATCATACTACCATGCAGATTAATTAATAAAATTTTAATCAACTGGCCGGTTTTATGAAGCGTACTTAAAGTTGCGCAATTACTTATCGTCACGCGTTAGCGTAAACTCCTATGTTCGTTTATATTTTAAAAATCAAGTCATTTACTAAGACAGTCATCTGAAACTGGCCCCTGATTTGTAGCACAACAAATGTGAAAAGGCACATAGGGCACGTACATGTCTTTTTCAAGATCGATCCCTATATGTTTGCATAACTATCATACTCAAATGCACTCAACAATTCAAATGTGGCATGGATTTTTTATGGGAAACCTGGAAACGGCATGAAATTCTATACATTGGAACCTCATTACTAAGGTCACTTTTGGGACTGGGTAAAGGTGACCTGAATAGCGAGGTGACCCTATTAGCGGAACTAATATTCTATACTTTACTGTTACAAAAATAATTTGGTGGCCCCTTGGTAACCTAATTGCAAGGTGGCTGTATTACTGAGGAGGCCATGAAGCAAAGTTCTACTGTATTTGCACAAGTATACGAACCCTGTGATGTAAATCTACGTTTGTTTACAGAGACAGAAAGGTCAGCACGGGAGTCAGATGGCCGGACCCATGCCAGGTAATACCAAGCCCATGCCAATCATAAACAGACAGCCCCCCATGCCTCCCGGTGCTCCACCCCCACCCATGGACCACGTCACCATGAGAAACCAGTTCATGGCCCTCTCAGTCACTGGATCATCGCCACAGAGCAAATTCCAAACGTCATTTAAGGTGAGTGCTTGGCCACGTGTAGCAATTTAGTGGTTGCCACTAGGTGGCTCTACCATGTCTATGTACTTCGGTGTTTCTTGGCAAGAAAAAATTCCGATGAGAACTTCGTGTATTTTCTGTGTAGTCAGTGAAAACATTTAAAATAGTATTTTAAGTTAGCCATTGCATAGGAATTGTTGTTTCCGTGTCAGTTGGTGTGTACAGTAAAAAATGTATTTTATTCATCCTAAACTTGTTAGTCACGTGGAATTTAAGTATTTTTATTAGTGAAGAAATTTGTTGTCACACTAGCATTAGGTTAAGCACTTTCTCTAGATTCATGTCAAACAATCTTGAGTTAAAACAGTTACCCCAGTTTGTGAAGTCGTTAATGTATATATGTCTCCAAGTACTCAACATGATCCGGGCACCGCACTGGGCATTAACATCCTTATGACCCAATAAACCTGATTTTGCTTTTTAAAATCCATTTCACTCCTTAGCAGTGACCTTGTTTATTGAAAACTATCATCACCAGGACACGCCACCGGAACACTTTCGTTGGTGTGTCACAGAAATGGTATCATCGGTGATAAATGGCAGCAGCTTTTTACATTTTGAAAACGCTGTTTACATTTAACAACAGATTCTGTTTAACGCTGATTTTCTTGTGAACTCATCTTATCTTATCTCATTATTATCCCCACTGGGCTGCAGTGACTAATGCTTTGGACTCTCAGTCAAGAGAACCCGGGTTCGAATCATGTGCTGCTGTGTTGAACCTTGCTCCAGTTCACTCATCTGTATGAATGAGTACCTGGCTATAGACAGTGGTGAATATTTGTGTACAAATAGTCTGCGTATTAATTGCAGCGTGGCTGGATGCTTTCCAAAGAAGTCGAGATGGTGTTGGATTGAACAGGTCTGCCAGGGAGTAAAGTGTAAAGCGCACTGAGCAGTCCTAATGACTGAATAGTGCGCTGTAAAAGAACTTTTTGTCCCTAGATCTGGCTTTAGCACTGCGTGACATTTCCATCATCAGAACGTTTTAGTGACAAGCCATAAATGACATGAATTCAGTGACGTTGTTTCTGTTGCAGCACGGTCGCAACCCCGGGGCGACAGAGTTTGTGCCAAACACAAGCGCCCCGTCGAGTGGCGTAGGTCTCACCCATAGTTCCAGCAGTCCTGCCTTCAGTAGTCACCTCACAACGCAGCAGTTCTCCCAGGGCGAACCCTTCCACCACAGCCCCTCAGGTAGGGTGGCAGCCGGGATACCCTGATGGCCTCAACATTTTGGTTTGAACAAATGCTGTTAAACTTAAAGGGACTGTTAAATGATTTTCATTGTAGTTGTGGTGTGCAAAATTAAAAACCCAAATACTTTTCTCTATCTGAATGTGCATCTAAGTTAATGATGTTGTGCTTCATGTCTTAGTCTTTATTTCTGTGTTGTATTTATAGTCAGAAATGTAAAATGGCATTTTAACAGGCTAATAAATCATCCAGTGACATTTTTATATTTCACCTTCAAAGGTTATTTATTGGTTGTTTTTAATGCCTTGAAGTTTTTCCTGTATATTTAGTAAAATCAACATGTTTTAAATCACTCACTGCCAAATAGTTAATGTAATTATGTAAATATTAACTGGTGTATTTATTTTGTGGTATTTTATGATAACAACTTTGTGATAGGTGGAGAGTTCATGTTAATGTTTTAGGAGACATCATAGCATAGAAGAGGGCAATCAGAGATTTTCATTTTGGAAACTTTATGGGCTGTGTAGATCGGAAAGCTGCCTTAAAAAGCAGGAGCTGGATCGTGCATTTTGGGAGCAATGTTGAAGTGTATAAACAAATTCTTCCATAAGATATCAATGTGCTAAATCTCTAATACCTATTCCATCAAATTTGTGCAAACTTATTAAAAAAAAGCTGTGAATTACTTATGAAAATAAACCGGTGAAATCCAAGTCTCATACAAGACGCCTATGTCAGACAGTGTATCCTACCTGTGCTGTGTGAATTGTTCTACAACATGTGATGTGAGTCACAGTGAGATCAGAGTGCATATTAAAATAGGCCAACAGCATTAGAACATGATATTTGAGTGGACATTTTGGTGTGGCATGAATTTTCCGGTGGAAAGTATACCAATGCCCTGTAACATGTGTTCTCGTTGTAGGCATGGTGTTGTCGGCTGGTACTAGTCCCGGGGGCAGTCCCGCCCGCAGCCCCCTGGGTTCCCCCCTCTCAGCCCGCAAATCTGCCAAATCGCCCATCTTCTCTGTGCAGGTGAGACCACTTCACGACTGCTTAATACGATGCGATAGTCAGAGCACTTTTTTCTTATTGTTGCATTTAGAGTTGACATTTTCTGAGATTGTGTATCATGGTTAGAAACTGTGTAGGATATTTTTCATTTCAAAATTTTTGCGGGGATTTTCTGGTGGCCTTCTTGGGTTAAACTGTTGTTCCACATGTCTTAGTAACTACTATACTTGGACAGCCCAAACTTAGTGTGCATTTATTCAGTAGACCCCCTATAGAAACTAAAGAATTTGTATCAACACTTAAACAGTTTTTGATAATTTTGTAAATGTTAGCTTCTTTTATTTCCAGATAAACATAGGGTAAATTTTACATTCAAAATTTATACAAAAACTAGGCAATGTTTTCAGAAAAATAACTACAGTTTTCAAGAGCATACTGTCAAAATTATAAAGTTGCAATCAATTGGTTTATGCTTCATATCAGTTTATTGATTGCAATTTTATGGGACCATTTCGA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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
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InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
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IPR011009	Homologous_superfamily	Protein kinase-like domain superfamily	Interproscan
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IPR041332	Domain	Pan3 pseudokinase domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
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Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
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GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
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KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf1236_10.5 global RNA-seq network