Gene detail

Detailed information of PE_Scaf12326_12.21 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf12326_12.21	NUCLEOLAR PROTEIN FAMILY A MEMBER 1 SNORNP PROTEIN GAR1	Superscaffold5	33050179	33065665	-

Gene Structure

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CDS

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PE_Scaf12326_12.21

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF04410	Gar1	Gar1/Naf1 RNA binding region	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR007504	Family	H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1	Interproscan
IPR009000	Homologous_superfamily	Translation protein, beta-barrel domain superfamily	Interproscan
IPR038664	Homologous_superfamily	H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR23237	NUCLEOLAR PROTEIN FAMILY A MEMBER 1 SNORNP PROTEIN GAR1	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000454	Biological Process	snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis	Interproscan
GO:0001522	Biological Process	pseudouridine synthesis	Interproscan
GO:0031429	Cellular Component	box H/ACA snoRNP complex	Interproscan
GO:0034513	Molecular Function	box H/ACA snoRNA binding	Interproscan
GO:0042254	Biological Process	ribosome biogenesis	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf12326_12.21 global RNA-seq network