Gene detail

Detailed information of PE_Scaf12256_3.2 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf12256_3.2	GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR 3C POLYPEPTIDE 4 FAMILY	Superscaffold1	86169512	86195561	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

PE_Scaf12256_3.2

ATGGCCAAGTCGTTTGTACGTTGTAGAACCGACAGATTTGCAACAAAAGTCACGCACAACCCAGCTATCAGTTGCTCAGATGATACACAAGTGGCAGTTTGCACAGAAGATGGCGTATATGTTTTGATGATCCAGTGTGACCAGATCTATCCAAGTGACAAAATTGTGCTACACACTAGTAAGATAGCTCCTCATGGCAAGGTGAAGATATTTGATGTTGACGTACCACGACTAAAAGTGGAACGGTCGCTCTCCAAGATTGACAGCCACCAACTGATGCTTGACCGGACCATCAGTCCATTGATACAGAGTAACCAGGTGCTGAAGGGCTTCAAGGTTGTGGCGTGGTCACCGCGGGGAGCCGACACACTGGGACGCTGTGTCATTGCATCATTGAGCTGTGATCACCGACTTTGCATCCACGAGTTACAGCAAAACGGACAAGCCTGGAATAAGGTGGTGGAATTGTCAAGTCTATTCTATGAGTACGTAAAAGGAGAACACTTCCATTTGGTTGAAGACCGAATTGCCCAAAAAACTATGGAACACGGAAGTCTGATGGAAAAGTTGAAATGGCGGACATATTGTCTCGCTGCCATTGAAATGACTTGGTCACCCGTCTATATGGAGTCCTCTAGCCAAGAGATGATGGACCGAAAGACGGAGTCGCAAGCAACGGAATGCAGCAAGTTCGCCATGTTGGCTGTAGCCATGAAGAGTGGCCATGTTATACTGTGGAAAGTCACATTTCCAATTACATCTGAAAGTTGCCACATTGAGCAAGTGTTGAACACTGGCAGTGACGTTCCCACATGTCTGTGCTGGGCCAAGCTTGACCGTCACACAGCTGTCTTGGCTGTAGCAACTCTCAATGGGCAGCTGAAACAGTTCCTGATAACTACAAGACAGACCTCTAAACAAGGCAAAGAACAGACCATTGATCAGGATTCTCCAGAGATCAAGAAACGTAGAAAGGCCAATGTTGAAAAGTCTAGTCAGGAGAGCTGTGTTAAAGACCATGAAGAGACCATTGGTGAACACAGTGAGGACCCAGGGGATGTAGACCATGAAGTTGGTCCTCATCACAAACAGACCAACAGCCAGTTCCGTGTGACAGAAGTTGATCCCCTGTGGTCTGAATGTGACAAGTCTGCCATCAGAAACGTGTGCTGGTCGTCTCAGGACAATCTGCTGTTTGCCAGTAAAGGGCCGTTCCTGTTAACATTTCACATAGCAGTGGATGTAGATTCAACTCGTGCACCAGTCGACTGTCCCAAAGTGAAAGTGAAAGCACATCCATCTAAGCTGATTGGTGACAAACTTGGAATCAGTGCCCTGTGGTTGAACCAGTCAAAGCTGTTTGTGTCTCTGATCAGCGGACCAGTATGCTGTGTAAATATTGGACAAGACAGCAGCCTGAGGGTAGAGGGTGTGGACATCCAGCGTGATGTGGACACCGTGTCCTGGAAGTGCCACGGGGTGTGTGGATCACCCGGGGGCGTCTACCTGTATCTCACTGAAAGTCCATCTGGAAACTACTGCCACTTGACCGTCCTCCAGCCACTGAAGCTCACCATGGTGTTGAGAGCAGACACTGACATAGCTTCTGTTCTACTAAGACAGGAAGAATCTCTCCGTGGATGTGTAGATGCACTGACCCAGGTCAAGTTCATTCTTGCCCAAAAAGAACCTCTGCCCGAATCACTTGCCCAACTTGTCAAGGAGAAATCAGCGTGGCCCGGGCTGCCCATTGGCAGACAGAAGTTGGTCCGGTTTCTGCTACAAGTGATGAAGTTGTCTGACACTGAGTCGGATATGACATCGGAAGACGTTCTGGAGGTGGAGAAACTGATAATGAAGTCTCACCTTGAGACGGCATTAACAAGACTACTCAAGACAGAGGTGAAGCCTACCACTGACGCAGAGAAGAAATCTATGATGCTGGCATGTGATTGGCTCGGCAGTTGCCATGGATACAGTAAGAGTCGTGCCCTACATTTAACCCAGAAGGTCATTACCCAGTTGGAGAAGGTCCATGCTGCTACAGATACAAAGGAGAAATGTGAAATTTGTCAAGCCGATGTTGCATTTACGTCATTTCGTCAAGAAAAGTGTCCAAATGGACACCTTTTCGCCCGTTGCTGTCAGACGCTGCTGCTGTGTCATGGCGTCCCGTATAGAACCTGCACTTCCTGTGAGGTCCTCGCCATTGGTCAACACATCTCAGGTTCGTCGTGGTTTGAAGACTTGAAAACAAACAGATGCACTTTCTGTGATGGACTTCTGCTGTAG

Transcript

PE_Scaf12256_3.2

CGCGCTCAACGTAAACACCGTCGTGTTTCTGAACATGGCCAAGTCGTTTGTACGTTGTAGAACCGACAGATTTGCAACAAAAGTCACGCACAACCCAGCTATCAGTTGCTCAGATGATACACAAGTGGCAGTTTGCACAGAAGATGGCGTATATGTTTTGGTAAAGTTATATTACACGCCATATTTGCGATCGTCCTATCATCGCCGGCCCAGGGCAGAAGCATGCTGTTCCCATGTTTCCCGGGTCCATAATAATAATGTTCTGCACAAAATTATACCCGTCAACTATTGGATTTTGGATGTACCTCCCAGAATACAGGCAAAACAGCACCCACCCCCCCGCCTTCGAGACAGCGTGACACCACGGGAGACGTGCTGAACATGTGAATTTTCGGTGAAAAAATTTACACTGGCAACCGCACTCCCCTCCCCGACTTCGGCTCTTTGAAGCTCTGACAAAAAATCTCCAACAGCACCCCAACCCCCCCTCCGTTTTCCGATGTCAACATCTGAGACAGTGCAACAAAGATGTAAGAAGACATATTATTTGTTGGAATTTCGCCTATCCCTTTGGATGCTGACCACAGGGTTTCCGATACCCATACTAATAAATTATTTTGCATTTGAAAGTTGTAATATTGTCACAGTTTGATATTTCTGGGCTAAGGGAGTTCCAGTCTGTAACTGTGCATGGAAAGAAACTATATTTGAACACATCAGTTTTAACTGATGGGGGAAAGAAGTGGTGACGACCGTTTGATCTGGTGTGACGAGTAGACGTGTTGTCGTGTCGAGATAGTTAGGTGGATTGACAGCGATTTGGTGGTGTAGCGCTTTGTGGAAGACTGAGAGCCTTGCGACTTTCCTTCTGTTCTGGAGGGTTGGCCAATTTAGAGCAGTTAACATCCTAGTGACACTGGATTCTCTTGAGTAGTCGTGAAATATGAAGAGGGCAGCTTTGTGTTTGATTTTTTGTATTTGGTTTATTTGGCATTTACAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTTTTGGTCTGACTAGCGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATAAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCAACCCTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTTTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGAAGAGTATTTAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGGCGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGGCGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGTAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCAGTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGAAGAGTATTTAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACATTGTTGGCGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGATTAGGGTCCCACTCTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACGCTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCAACCCTGTTGATGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCATGTGTTGGTCTGACTAGAGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACATTGTTGACGAGTATTCAAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGACGAGTATTCAGTGTTGGTCTGACTAGGGTCCCACACTGTTGATGAGTATTCAAGTTTTGGTCTGACTAGGGTGGTGTATGCTTTCACCTTTACAACTTGTGAGCATCTGTTTAGGTTTCTTGTAATAAGCTCGAGAGTTCTATTTGTGTTTGAGATGATGTTATCAATATGGGTTTTTCATTTCAGGTCTCTCTGTCATTCAGCCCCTAAATATGGATGATGACTGACTGGCTTTAGAGTGACACTGTCCATTGTATAATCCAGTGTTAATGGGTTGTGATTTTTATACCTGTGGAGTGTGTAGCATTTATCGGGATTAAAAGACGTTTGCCATTTCTGGGCCCAGAGTGACATCTTGTGTAAGTCTTTCTGTAGGGCTAGTGTATCTGCCGCACTTTCTATTGTCCTGAACAGTAAGCAGTCATCAGCAAAGAGTTTTATGTGGGGAGTTATATCTTCATTAATGTTATTTATGTACAGTAGAAACATAAGGGGGGCAAGTACAGTACCCTGTGGATCTGTGAATCTCCTGGATTTAACAAAAAAAGTTGGCAGGATATACAAAATGCATCCACCATCCACATGGATTGCAATATCGGATACCTCCTCGAAGTCAGGATTGTGCAGAATAATTGTTTCTTTGCAGAAAAGGAATATAGCCACAGCATATTTGTGGTGACATACGATACTCTCTATTACAGCATGGATGTTTCTTTTTGCAAGGGCCGCCTAGGCCTGGCCGTCGTAATTATAGCAATTATAGGCTGTAGCACTGATTGTCCCATTGCTGGTCATTGACATTGTCATTGCACATTTGTCGTTTAATGCAAGGAGAGCTTTTCCTTGTAATGGTCGTCCTGTTGCCGAGACTGAAATAGGATGCCATGTCATGGTCGGGCATGCTTGTATTGTTTCATGGTTGTCTAATTGCAGGTGGCTTCTAATTAACATAACTATATATATTTATACATGACTTTTCTTGCACATTGCAATGTTTCTGTTTGACGGATGATCCAATGTGACCAGACCTATCCAAGTGACATTGTCTCTGTTTGACAGATGATCCGGTGTGACCACATCCATCCAAGTGACAACATTGTCTCTGTTTGACAGATGATCCAGTGTGATTAGATCTATCCAAGTGACAACATTGTCTCTGTTTGACAGATGATCCAGTGTGATTAGATCTATCCAAGTGACAACATTGTCTCTATTTGACAGATGATCCAGTGTGATCAGATCTATCCAAGTGATAACATTGTTTCTATTTGACAGATGATCCAGTGTGACTACATCCATCCAAGTGACAACATTGTTTCTATTTAACAGATGATCCAGTGTGATCAAATCTATCCAAGTGATAACATTGTCTCTATTTGACAGATGATCCAGTGTGACCAGATCTATCCAATTGACAATATTGCCTCTATTTGACAGATAATTCAGTATGACCAGATCTATCCAATTGACAATATTGTATGTCTCTGTTTGACAGATGATCCAGTGTGATCAGATCTATCCAAGTGATAACATTGCCTCTATTTGACAGATAATCCAGTGTGACTAGATCTATCCAAGTGACAGTATTGTAACTATTTGACAGATGATCCAGTGTGACCAGATCTATCCAAGTGACAAAATTGTGCTACACACTAGTAAGATAGCTCCTCATGGCAAGGTGAAGATATTTGATGTTGACGTACCACGACTAAAAGTGGAACGGTCGCTCTCCAAGAGTAAGAATCATTTCAGATCATATTAGTCTCCATCAGTTTA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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF12657	TFIIIC_delta	Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain	Repeat	Interproscan
PF12660	zf-TFIIIC	Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR015943	Homologous_superfamily	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily	Interproscan
IPR024761	Domain	Transcription factor IIIC, 90kDa subunit, N-terminal	Interproscan
IPR024764	Domain	Transcription factor IIIC, putative zinc-finger	Interproscan
IPR036322	Homologous_superfamily	WD40-repeat-containing domain superfamily	Interproscan
IPR044230	Family	General transcription factor 3C polypeptide 4	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR15496	GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR 3C POLYPEPTIDE 4 FAMILY	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000127	Cellular Component	transcription factor TFIIIC complex	Interproscan
GO:0004402	Molecular Function	histone acetyltransferase activity	Interproscan
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0006384	Biological Process	transcription initiation at RNA polymerase III promoter	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf12256_3.2 global RNA-seq network