Gene detail

Detailed information of PE_Scaf12167_11.2 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf12167_11.2	JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN	Superscaffold4	35063995	35087299	-

Gene Structure

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CDS

PE_Scaf12167_11.2

Transcript

PE_Scaf12167_11.2

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Protein

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CVLTELRSVKKSAGTSQRSGSSAHKSKRRPEEPVVTTVNQATNKATNQATNQATNQVTNQVTNKAANQAASATHTEKCVKDSVDATQSQPEKTATPSGRRQECVKSPPSAIVDTVASATCSGSSGQDSGVVSTDTEVTTEKCPPASGAAAEQTGTDQTEHALLESPAQHGDSNVDVTRLSSVSSPVSEEKNDNRSVHSSPRSCRSDDMHYRKLHLLADSLQKTDAPETSSSSESSPTESDRDRYINPSQINVHCPVTDQIAKLKGVRGHWDDTVSGGVDDRAASASTLLARSAVVDEKSESKTERERSPPAVHSRSGDDSRCSSGHDDRRPASQASSTYMGRSEEIAYSREAAEKASASSPLLVDKRRPVEPYRDPELLKKDTVMRHIHSLQQQAALQPRAHAPVVLPTSYPTAPHPATLPTPHPNPQSSHPLVTHLAAAAYGHHLNPLTLQQQMAAAAASSLDRSSLSNLSVLVQQQQVAHLQQMQMLQQQLQLERIWQQKYPTIQVPPAWMLLQYQEELLRDVNLLHSREHLAMLEREREIAHDRERIERAAERERLERERAERQRAERERMEKERIDRERAEREQKERLEREQQERAEQERKEKERAEREQQARAERERIIRESAAAAADAAVNQHFQESLRRASQKGLMAGTWNPMPFQLDLAAQHQMLLQQQQLHQQHQQHQQHQQHQQHQRRQTEEKQQQARLQEQSRQRERETALREARETKVHPGFTAVSGYQVHSPKDGATAGHVKAEPNFNLYGYQPCRPTFISQEKLYEAAKHSPADKTALASPPPLLSKEGYSKPSSVIVENKGKERADLSSHHHGGSITLGTAMSPHHQGAREKHMMGAHTNSAPSHSAAVSPCSPHHAYMHAQQRVQDAAYNMSVSARVSCSPVSASVPANMTKLGKMAMPRTQSPLRVASPQQLSAAIMQPMELPKDGSVATMAAMQHRPAAMKLSPKSGAGRASPGRSPGAVYRSPPPGGVAPHSVSLPESSMAAAYCYSLIQQGLVPNPIYTQTNTTHASLKAAAQGQSWPGDTSHDASRMLSLAAAQMAASQNKRSQKDQLTDGTTGRKKLKTEMPPVTLPATNSYTIKPPYIVTTSVDGMGQTSHTFKSFVESAVQSVFLQDQERERQREREKSRLAKSSPSKYVSPPNLQPVAPPTSASTVPCTGASCSTAMTTTTAVTFTTQSMHVTMPCLTVSHTAATPPPPSDQLVALSMPSAPTSSSSSIMDTINRVANGYTDTDSDTLSASSPPPPLKVDAAAVSVASASIATSVAASSAQRGESHKMGKKAWLQRYSDEDRNTTIQDDNPEGMEEVKKEPLKDCYVNCSYISPTKDGASKSPISMMRDLTGKTEDESTSSASESESQCTDGSVCLKRRINSKKRHNGGSSKKRKHGKDGCPQGERGEESEDVKPPVKVPLSDCEVKLEKKWEALQKMGADYVRENPSVVLANKLPNTESMVKLRKSLEPFLQVGSCTDVTPKLMKCRECKMIRNQRSKKLTNIFCRFYAFRRLRYSAKGFLTIGGFSEPSDADADDIELWMPTLPLYDPQMDIEMAKYVITHVGDRFCELVESEKEARTWVSQDAKIAWKRAVQGVREMCDVCDTTLFNMHWVCHKCGFVVCIDCYRLRTRRGGSCLDTKCTTCASGGQRWLTCSSSRQPHEAEKLMLTQIIPSDVLWVLGRMIHEARDRWHIRVNCPCGQSKIDTVYTPPIKNGVTQQLLNAVNQCITSEEKDVKAGLVNGVGDSNHRSGKKMGAAFVENNLNGSPEAMSPLSLLAEAAVSRECAQEKRDVLKVPGRRSNCKANTDVQQQDGGKTTNCSTLRDLLTRRGATEDNKKSAVMHSTLTDIIQKVVERAHPHDDTTPVKRVQLLHYIPKSGTHMKGRESPIPQYTLTETSLLFPDVPHSWLDYGRLLRLHDPRTKNNIKLFQQQWRRAQPVIVSNCNKYMNMDLWSPESFAKEFGHMENDLVNCNSGTLLVGNQMKVFWDGFENISARLRNEKGQQIIMKLKDWPPAEDFSELMPSRYKDLMQGLPLPEYTYRNGVYNLASRLPDFFVKPDLGPKLYNAYGSAQHPTIGSTNLHLDVSDAVNLMMYVGIPEDDKENMEAVASFRAMDEARCCELTKLRVKEAGEKPGALWHIYDPQDSDSIRDLLNKVAKERGEEIEPHHDPIHDQSWYLDEELRARLHKEYGVQGYTIVQCMGDAVFIPAGAAHQVRNLHSCIKAAEDFVSPELMNYCFRMTQEFRHLSDTHSNHEDKLQIKNIIYHTVKDALAVLRNSEPPSL*

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF02373	JmjC	JmjC domain, hydroxylase	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR003347	Domain	JmjC domain	Interproscan
IPR045109	Family	Histone demethylase JHDM2-like	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR12549	JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000118	Cellular Component	histone deacetylase complex	Interproscan
GO:0000785	Cellular Component	chromatin	Interproscan
GO:0003712	Molecular Function	transcription coregulator activity	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0031490	Molecular Function	chromatin DNA binding	Interproscan
GO:0032454	Molecular Function	histone H3K9 demethylase activity	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf12167_11.2 global RNA-seq network