Gene detail

Detailed information of PE_Scaf11679_1.5 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf11679_1.5	UNCHARACTERIZED	Superscaffold11	42859284	42863956	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

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PE_Scaf11679_1.5

GTCGCGTTTGATTGGTATAACGGGTTGGCCTCATATCGACATCAATTGAATGTATATTTTGTTGTGTGATATTCTATAAATTTCAGTCGCAAATGTCAAGCTTAAAATTAAAAGAACTCCAGAGTTATTTGCAGGATGTTGAAGTGTTCGATGAGCCGAAGGTTCTTCTTGAACAGTATCCAACGACACCGCATATTGCAGGTTTGTTGTGGTTGTTTATATTTAGCAAACGTATTAAGCTTGTGGCCCACTGTGGGCGATATTAGGTGATTCGTTGTATCTTGCTGTCGGACTCTTGTCTTGTCTTGGTTGAGTACTGGCCAACACTCCTTAGGAGTCATACGGTCAGGGTTGGGTGCGCATGCTAGGTTATTAGTCGTGTATTAATGCTTGTCTGAATTTCTGTGGCTCTGTAATGTTGACTATTGCATCTGGTAGGGAATTCCAATCTTTTATTGTTCGGGGGAAATAGGAAAATTTATAACAGTTCTTGCTGGTGTGGATAGTGTTGAATGCTTTGGTATTTAGATGCCGTGATAGGCGTTGTACAGGCTGGAGGAGGTTTTCAACAGGCAAGGTTAGGTGGCCATAAATGGCTTTGTGCAATATGGCGAGGCGTCTGTTTGTTCGTCTGTTTGTTAGTTGTTCTAGGTTTATTTTTGTTAACATGTGTGACACGCAACCAGTTTCTCGGGATGTATAGTCGTTAAGGCAGAAGCGAGCTGCCCGTCTTTGGACCATTTCTATTTTGTTGATGAGGACTTGGGTGTGGGGGTCCCACACGGATGCTGAATATTCTAGGAGTGGTCGGACAAGGGTTGTGTAGGCACTTGTTTTAATGTTTTGGGGGCACGAGTAGAGGTTGCGTCTGATAAATGCTAGGGTACGGTTTGCTGAGGCTGTAATCTGATGGATGTGTTTGTTCCAGGTGAGATCTTTGGTGATACATACTCCTAGATAGGGATGACTGTCGGTTTCCTGTAGTGTTGCATTTCCTAGAGTATAATTAAAATGTTTTACGTTTCTTGCATGGGTTAGTCTCATCACAAAGCATTTTTTGGGGTTAAAGTGCATCTGCCAGTCGTGTTCCCATTTTGCTAACTCATCCATCAACTCCAACCACCGACTCCAACTAGTCGTCCAACGGCGACGTCTTTCTTGTTGAAGGAAGCGACTATTTAGTCAGTCCACACCACATTGGTGTTTGGACAGTGTTTTATTTAACTGGTCTAAATTATTGACCGTGTTTTTGCAAATTGTTTAACTTTTGGCCACATTAGTGGTTACTAGCCTACCTTGTCCTTGGTGCAGTAGCCTAAGCCCAAAGTCTAACAAGTAAAAGATTAGGGGTCTACCAAGTACCGTCATCGAATTATATATATAATTATGGTAACTTCAGAGGTAGTCTGCACATGTCCAAGTGCTTGCATCTTTCTGTATTCTTTCGGCGATTGGCTTCTGATCTAACAATTGACAATGCTTTTGAAAAACACACAGGTCATTATTTAGAGTTTATTAAACATCAAAAACTCACTGGTGGTTTGCGTTCCCTAGATGCCATAATTGCATGGTGCCAACAGAAATTAAATGGTCAGCGGAAACAAGTTTAGAAACAGAACTGCTATGCCAAATGGAATTAACGAGTTTACTTGGCTTGCCCCTCCATTAATAGCTGTTCATTATTGTCATTGATATGACTATAGGAACGTCTACGACTACTCGTCTCTCTTGATTTTGATAATAAAAAATGATGTATTGTTTCTGCTGCAGCCTGCATGCTACACACAATACAATCACGCTATGGAGACATACAGGACAAATTGGTGGCAGATCTTGGCTGTGGCTGTGGTGTGCTTAGTGTTGGAGCTGCCATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCCGTCACATGTTAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTGTGGGTGAGTGCGGTCACATGTTACAGTAACAAATTCAAAAAATAGTTTTTGCAGTACAGAACTGTATCTCTGTATTAATGTGCTAACTTTTGATCATTGTAAATGTATACCTTGATAATCTGTCTCACAAATCACAACTTTTTATTTCTAAAACTAAGCTTTATGTTGGCAAATGTGCCAAAAGAGCTTTTCTATAGCTGCACCCAAAATCTGGAATCAGAGCTCAGAGGTGCTACTTTTTTGAACAACAGTCATCATTACAGCAAGGGGCCGCCAAAGATTTAAGGTGGGAATCAGGCATGGGGTAATTAACTTGAAAAGTTAATTCATTAAATTACAATTAACTCATAAATTTCCCAATTAAATTAACCACACATATTTATCAGGTCAGTTAAATTAAATTAACCTCTTTTTCTCAATTAAATTAATAATTAACTTTAAAACAAATAACAATTAACTTTCTGTGGTAAAAAACAGACAAACAGCAATTCATTGATTTAACAGCGTTAACACATTTAATAAGTAACTGTAACTAGTGTTAGTTCATCAGCCTCTTTTTGTTAACCAGTGTTCACTGTTTGGTTCAGATCATTTATTACATTTAAAGAACATGAGCAGTTCAAAGGGATAATCCCTGTTGTCACATAAGCAGCATCTTTCATCACTGAATACCTTTCCAGCTACACTAAACAGCACCAGACTCCAGATACCCTTTGTATTACATACCTTTGGATGGGTGATAAAAGTCAATACATAACACAGTACAGCTTATTCACTGACTGACAGACAATGAGACTATTCAAACAATTACTTGTTGTTGTAACTGTCTTTGATGTTAATTGAGTGAACTTTGGTCACTGTGCAGCATGGAACCTAAAGCACCAACCACTGACAGCAGGCCAGTGACTATCACCAAATGAACGCATAAAAATCACAAATAAAACAAAATTAATTGACAGTTAATAGAGATTTGGTCATTTAAATTAAATTAACCTCTTCCAGAAAAAGTTAATTGAATTAACAAATTAACATTTGAAATTAACCCATGCCTGGTAGGAATGTGATTTCAAACAAATATCATCCCTGAATCCTACTGGACTTCGTGCAATGAATTTGCAGTATAAATAGAATAGTAATGACAGGACTGATCATGTTGGTGTTGACTTTGCAGAGGCTGCGTTGGTTTTGACATAGACGTAGACGCACTGACGATATGTTCAACAAATCTGCAGGAATTTGAAATCAGCAATGTTGATCTGGTTGAGATGGATCTTGGCAGTGAACATTCAGTGTTAGACACTAGGTGGAGCCACGCATTCGACACAGCCATTATGAATCCACCGTTTGGTACTAAGAAAAATAAAGGCAAGTAATATCAAGGCGATGCGAGTTATGCTTTTCTACATGTCAGAAAACCATGGAACCAATGAGTAATGCACTACTTCCCAGAGGGCGGCACTGGTGTTACAGTTACATTTGTTTTACTGCGGCTGTAATTGGTGACAGCAGAAATGAAATGGTCGGTGTCAGATGACAATACTATAATAGTGATAACTGCTGCCTTTGATGTGTGGGTGTAAGCTAGAATGACATCAACAGGATAAAAACAAACTCAATGCAAAAAGTGTTCAGTACAATACAAATAACTTGATACACAGATGTAAGTCTGCAGACTGTCATGATTATGATTGTTGTAGGCATAGACATGCTGTTCCTGAGGCAAGCGCTGGACATGTGTCATACCGCTGTGTATTCTCTTCACAAGACTGCTACCAGAAAGGTGAGTATGCTAATGAGAACACCAACACTTTTTATAAGTAGCATAATGGTGTAATGGTCATTTGTTTTTGTGAAGACAATTACAGTGAATACTATACTTTCATTGATAAATCTGCCAGGACACTATTATGTTTGCTTTTTGTGGTACAATAAATAATATGCATGTCAGTTTCATTAATTATTTTATTATGCCTGCTATTATAATTCAACTCAGTATTCCATATTGCCAAAAAAGCTTGTCTAAATTTATTTTTGTAAAACAGATAATTTGATATTCACCAAGCTATTATTTTAACATAAATTTAATAATCCGAAATTATATAATAATGTGTGTAAGGTCTTGTTATGGAACTTACATAGTTGCAATTTATGAACCCAAACATCAGGTCTCTGTAAGGCCATATACATTTGATGTGTTTTAGGTAATGCCAAGCCAGGTGGGTATGGATTTAACATCAGACAATATAGTGTATAGGGTATTTTTATAAACATTCACTTGCACTGCTATTGTTTCCACCAGCACATCAGTAAGAAGGCAGTCGAGTGGGGGGTGGAGATGGAAATTATGGCTGAACTGAGGTTTGACCTTCCGGCCACATACAAGTTCCACAAACAGAGATCTGTCGACATCGAGGTTGACCTCATACGATTTGCACACAACTCAACATCAAGGACAAAATCTTACTGCCAACAGAATGCAAAGGACTGAGCAAGATATGTGTAATAAAAAAATAATAAACTTGTTATGTAGTAAAGTTATGC

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF05175	MTS	Methyltransferase small domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002052	Conserved_site	DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site	Interproscan
IPR007848	Domain	Methyltransferase small domain	Interproscan
IPR029063	Homologous_superfamily	S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily	Interproscan
IPR051720	Family	rRNA N6-Adenosine-Methyltransferase/Polyamine Synthase	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR23290	UNCHARACTERIZED	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0008168	Molecular Function	methyltransferase activity	Interproscan
GO:0008988	Molecular Function	rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity	Interproscan
GO:0016740	Molecular Function	transferase activity	Interproscan
GO:0031167	Biological Process	rRNA methylation	Interproscan
GO:0032259	Biological Process	methylation	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf11679_1.5 global RNA-seq network