Gene detail

Detailed information of PE_Scaf1117_0.12 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf1117_0.12	DNA REPAIR DEAD HELICASE RAD3/XP-D SUBFAMILY MEMBER	Superscaffold8	46173632	46184491	-

Gene Structure

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CDS

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PE_Scaf1117_0.12

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF06733	DEAD_2	DEAD_2	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002464	Conserved_site	DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site	Interproscan
IPR006554	Domain	Helicase-like, DEXD box c2 type	Interproscan
IPR010614	Domain	RAD3-like helicase, DEAD	Interproscan
IPR013020	Family	ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like	Interproscan
IPR014013	Domain	Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type	Interproscan
IPR027417	Homologous_superfamily	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase	Interproscan
IPR045028	Family	Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11472	DNA REPAIR DEAD HELICASE RAD3/XP-D SUBFAMILY MEMBER	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0003678	Molecular Function	DNA helicase activity	Interproscan
GO:0003684	Molecular Function	damaged DNA binding	Interproscan
GO:0005524	Molecular Function	ATP binding	Interproscan
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0006366	Biological Process	transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0016818	Molecular Function	hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides	Interproscan
GO:0045951	Biological Process	positive regulation of mitotic recombination	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf1117_0.12 global RNA-seq network