Gene detail

Detailed information of PE_Scaf10824_2.2 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf10824_2.2	DNAJ HOMOLOG SUBFAMILY C MEMBER 17	Superscaffold8	46050416	46058290	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf10824_2.2

ATACTGAAAGCTTACAGGAAGAGTGCCTTGAAATGTCATCCAGATAAAAATAAAGACAACCCCAAAGCAGGTAGGAAAATGACTGATATGTGAAAACCTGCAAGTGTAAACTGAAACAGATACATCAATCCAGGTGACTACAGATATTCTGCAAATCAAGCTGATGTTTTTTTAATCCGCAAAGGTGATTGCTTCAGCCAAACTTGCTTGACTTACTTTTACAGGTGTGATGATTATATATTTATATTGAAGTACCAATCTGTTATAGCACTACACATCAGTGCAGTGTTGTTGATAGTAAATTTTAAACACAAGTGCTAGATTGAAGTAATGAACTGCAGCACCATTGATAATTATTTGAAATTATTTCTTTAAAGAATACTGATATCACAATACTGCAATATCTACAACAATTTTGTAAATCTTCCCCATATTCATCTGTAGGAAATTTCAGCATGAAAAGATGTCCTTGTCACATTGCTTGAATTGCAATTACACACTGATGCTCTGGGTAATGTTTGCGTACATTTTCAGCTGAAGCATTCCATCAGCTGTCGAAGGCATTAGAAGTCCTCACAGATGCAGCAGCAAGGGTAATCTAAACTTTATGACATTTCTATTTTATATTCTCTGTACAACCTGGATTTAAAGTTGTGGTATTTATTCGTCAAATGTAGATTTCAGTTCAGGTAATTAATAAAACTAAAACTTCTTACTGAGTTAGTTAGAAAAGTAGAAGATTATTTACTTACCAGTACTGTTAAATTGAAAAATTCGCCCTATGAACAAGTGCCAGGTTTTCTGTATGTCTGTTTGTGGGCGTGGGTGTATATTAGTAATCGCACCTGAGGCCATGCCATGTAAACAAACTGTTTACCCCCAAAATACATAAATTTCAGCACCATGTGTTTGTGACTATATCATATAAATGTATGTTTTAGGCGGCATATGACAAGATCGTGCGAGCAAAGCATGCGGCAAAAATACGACACAGAGAGCTTAACAAGAAACGAAGGAAACTAAAAGAAGGTACATTCACTAGAATCTGATTAAACCAGAGACTTGTGTGAAAAGGATAGTGTGCACGGTTCAAAGTATTATTGAATCCCTTTAGCCATGCAGCAGACACTGTCCCAGCGATGTAAACTCATAAACCCCAGTGTGAAACTCACTGCATGCCATGATTCACTGGGGCATTCATAAAACTTGGTGAAACTAGTGGAATGTTCTTTTCCTTGTAAATAATTAAACTAAACTGCATACAAACACAATTCAGATTGAACTTTGAATTATCCAATAGATCAGTTACTATTTAATATTATATTGCTTTCTATTACTACTGTAAAATTTACTATTCCAGTGTGTTTTTGTTCAACTTCAATATTTGTAATCATTGCTATTACATTACAATGCTATTACAGGCCTAGTTTCCACTAGCTTCTGAATCCATGTTTAGTTAAGTAATTGTTATTTAAGCAACAAGGTAGTTTTCAATACACTCACCATTCCTGGATTATTTTTATGAAATTTATATCTAAATTAAAAAAAATTCTAAAACTATTATGATTCAATTGTTTTGTTTGTAACTTGACTATATAAATATGACTATATGAATATTGTATGTTTGTGGAATTGATTGTGGGTATTATTTTGAGTTTTTGGACATGGAAACTGTTCTCTGGGCATTATTTTTTAATGTTCGGTTGGATTTTGTTAAATCTACTGCAACATTGTTGAACAAAGTTAATACCTGTCTCTACTAAATTGTCTTTGGTTCTTTGAATGTTAACTATTGCAGATCTTGAGGCAAGAGAAGGGGCAGCAGACACAAAAAAGGCACAGGAAGCAGAAGCTGCTACAACTCTAGAGAAACAGGTGAGATGACCATCTCATTGGATAACATTCCTGCTAGCTTTATTATACATATCACAAAGTTGTAGATTAACTTATGTCAAATGCATGTGGTTGTTGATGCTCTATTTACTCTTTAGACCCAGCCTTCTTGTGATTTGTTTATCACTATCACCGAATTTCGGACAACTGCTACTAGATGGCAACCAATGACATCATGAATCGAGATGAGGTGTGGCACCAACTATGGGATTTTACGATGATCTCCTGAGAGCCACCCAGGCTGCAGTGGGGGATTGCTACCAAGTAGCCATCTATCTAGTGGTAGTTTTCTGAAGAATTTAGTTGATAATGATCAAAACTTCACAACAAAAAAGGTAAATTTACTGCAAAAACAGAACATTGGAAGCACAAACGGATGATGCATTTCTTAATGTAACTTGTAATCTTTCTTCAGATAGCGAAGGATTTATGATCTGTGTTTGTAGCATCTCTATTTCCTTCCTTTATGTAGATAGAGAGACTGCGGAAGGAGGGATCCAGACTACTACAGGAGGAACAGGAACGACTGAAGGAGCAACTAAAGGAGGAGGATGGAACCGTTAACAAAGGTAAGTTTTATAATTATTAAAACTGTATTTATGAAACAAAATGTAACCTGCCACTGTTAACCAGGTATGTACTTGCACTGGCCTATTTTGCATGTGAAACAAAAATAAATGTCTAGGTTATGTCTTACATAACAGTATGGACAATCAATATACATCCATCTAACATGCAGTAGGAATCCTAAAAATTATAATTATGAGCCTTAACCAAAGGGGAATTTAAAAAAATAAAATACGTTACTTTTCTTTGAAAGAGTCCTAGATTAATCCCAAAAAGTTTGGCACCTGATAAGCAAACGGTCTAGGAGGAAAACTTTAACAAGCACATACAAGCTCGACTACAATTAGGTGAATGTAATTTTACTGAAAACATGAAGCCATCTTAAAATTGTGCATTAATTAACATAATGGCTGTGAATCGTGGTCTAGGGAAATGCTTTCTTTATGGTTCCATTTGCTTTTTCCAGGCGAGGAAACAGAAGATGAAATTCTGCCGCGGTTAAAGGTATGTGTGCATATGTGTCAGTGTTTTCTTTGCCTGTTACCAATGTGGTAAATGAGCACAGCTGCTTAAAAATGAAACCAAAATATGTTGCATAATTTATATAACTTATATATAAATGTACTTGGTTTTGTACTTGACCAAATGTACTTGACCTTTATCGGTCTAAGTTTCAAAATACTTGTACCTGGTCTAAATGTACTTGTTCCCAACCTTGCTGTATAATATAAGTTAAAATGTGTTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCACTTGAGTGTGTATTATGTATACATTTTACTTTATAGTGAAATTCAGTACACTTTATTTTGTGTAATTTTTTAATTACAGGTTCGATGGAAAGTAAAACAAGAAGACGTTGGTGGTTACAATGAAGACACACTTCAACAGATATTTCAGAAGGTTTATACAGCATATGATTTATGAAAGAAACACTTATCTTTTTTTGCTAACAGCACTATGCCTGTTTTCCTCGTAGCTGTTTAGAATGGGATAAGATTATGCAAGAGGAGCTTTAATTTGTCTAAAGAAAACATAATAATTTTACAGAAAATTATTGAAATAGTTAGTTGTTATGATATAATTATATCACAGGTTCTATATTGCAGAGCAGTTAGTTACAAGGCAGTGGTATTCTCATTTAGGAAAGATAAAAGAACATAATTAGTAGCATTAATGAAGGAACAATGTAGATTATATATAATGAAGTATTCATTCTCACTGAGGACTTAAAATGAATGATCAATGATATGCTGGTTGTTTCGTTAGCAGCGTATGTTAAAAAACAAAATTGATAAATATCTCGGTAGGATATGGATACAAAAAGTTGCACTCTTGATAAGCTAGAGGTTTCCTGGTTCACTCGCCATGTGTGATTTTACTGTGGATGGCAATCTTGTTAAATCTTGTTATCATAAGCAAGATAAAAGATATGCACTAAAATCATTGAAAATACAATGCGAGAGAAGTAAAACACATTAAATTGAAAATATATGTCTTTAGAACAGCTTCTTGAATTGTGGAAGATGCTGTTGTTATGTAGGTTGGTCTTGCAAATGAATGTTATCCAAGATATCTCGTTGACGTATACTGCATCTCCTGGCTGTTCCAGTACGGCAAAGTGACAGCACTGATTGTTTCGAAGAAGAAAAGTAAAGGAAGCGCAATTGTTGAATTTGCATCTAGCGAGAGTGCGGTATGTATTTATAACCTTGAAACCCACTTCACACCTGTAATAATTAGATCATGTTTACAATACATCATGCCACTTTCACAATCGTTGTTTACATTGTGTTACTCCATGCTATCCAAGTTTACTGAGCTGTATACATGAGTATCTGGCGATAAGTAGGAGATACATGCGAATGAACTGTCTGTATAGAGTAATATAAATTGCAGCAGGACTTAATACTTCCCAGGGAAATTTAGTTGGCTTTGATATTTCATGTTATTAGAAGTTACATTTCTATCTCAATCCATCTTTCAAATGGATAATGACGCTGAATGAACACTTCAACAGACATTTTTGTTTCTTGGCTCATTTCATTTGACATATTTTCCACATAAGAATCTTGTTTTTCATTTCAAAATATTTTGGCTGACATCCTGCTGTCCAGAAACATTAGCCAGGAGCTCCCACCAGTCCTTCCTGCGAGACAATTGAAAGTTTCTTGTGAGGAAAACCTAACTATAATCTAGCTTGTATAGGTATGTATGTATATATGTATGTATGTATGCATGTATATCAAGTTTTTCCTCCTTTATATCTGGTTCACTAAACTGTTGGTGTTCATCTTCTTCATTGGCGTTCGTTCAGACTTTTACTCCGGTTTCTCGTATGTAGGTCGCAGGTCTTCCAGAGGGCCAGATATTTGTTCACTGATGTCTCTGTGGGCCAGATTGTCTTCCACTCATTCTGGTGTGTTGGGCAATCTTGAAGGTGTTTCACTATCAGTGGAGGTTCACTTATGACCCATGGGAAGAAAAATAAGGCTTTCATTTCTTTGGAATTCCTGCTGATTAAGTGTTCTTACTAGTTAAGGGCGTGTACCAGACATTACATAATTGTTTGCAATGTTAGATGCGTTTTATACAATTGTTTTAAATTACACATATTGACCGTATGTATTGGGACACTTAAAAATAAATAAATTATCAGCTGTCCCAAAATAATGGGTGCACAAAAACAAATCTTAGATTCACTGTCCCAATATTTACAGACGCAAACGAGTCCTGACGTCATGTCGTCCTTGTCTATTACCCTCCTATTAACTATTTTTGAATGGCTCAATGGCCCTATATCCCATGTGTCCGAATACATAGGGACAAAAATAATTCTATTTATTAAGTTGTCCCAAAACATACAGTGTCCCAATACATACGGTCATTACAGTAAACCATCCACCGGTCAGTTGGGGATATTTTATATACAACCTTCAACAATCATAGAAAACACATGCAAAGTTGTTCAAATTATGTAATCTTTGCATTATAAACACTGTATATGTTCCTCCATCCAGAGGGTGAGTATTTTTGCCAGCAATGTGTTATTTGGAATGGTCATGCAGTACCATGTCTATTTTATTTCAGTCGATGGCTGTTCAGTATGAGACTGGTCAGTTGTCCAGTCCGCTGACCGTGTCCTGGCTGTCAGGGCGTCCAGCTACAAGAACCATGGAAGACAGCAGTGGTTTAGCTTGTCATCCACAGACCCAGGTAATGAGGTTGTGATTTGGGAGTTGCTTCATTAAAGGACTGTTTTACTTAGGTGATGACATTCATTGGTGTGTCTTCTCGGTCTTGTTGTAATTACAGCTGGAAGATTTGGTGCATCAGTCAATAAAAAATTTAACATTGTAGTATTTAGCATTATGGTCTCGGACAAGTATTCCAGGTCTAGATTTATTTATATTCATTGCAGCAATGTGTGCGCCATCCATCCGTTGTTGTCATATTTTATCATTCTTGAGATTCAGTTTGAAATTGCAGTTTACTTTAATGAGTGAATGACGTGCAAAACAGTGTCTTACATTGTTAACACGTAGTGAATTGATTTGTGTTGCAATGCCCCATGAATACTCAATTGTGCTTTCAGGATCTCACAGGTGGCAGCACTGTAGAATCTCATCAGGATTTCGAGAGCATTGTATTGATGCGGATGCGACAAGCCGAAGAACGACGAAAACTCATCGAACAGTTACAAGCTGAAGACACATAACACCAGCAAGAAATTAAGTCAAAATTAATAAAGCTGGAATTTGTTTTTACAAATGTTTAACTACTGATATGTACATTGTTGAACAGTTCGAACAAACAACTGAGTGATGAAGACATCTGTGGATTGCATTATAATAATGCCATTCCAGATGCAATCACAACTTCATGGAGATAGTTTCCAAATCAGCTGAGCACAAGTACACAAAGTCGTCACTGCCGTAAGCGGGCAGCCAGGCAAGCGGATGGCTCGCAGCCAAGCAAGGGGTGACTCGCAGCAAGGCAAGTGATTCGTTCGGGAAGAATTGAATTACCAGAAATATGCAGCACGAATAGTATAGTCCATTACGAAGTTTGCAATGACAATAAGCAAAAGCTGACGCATTGAAGGCCGTTGGCATGTATCTGAGTGGGTACTGTGATGCTCCTGCTCACTGACAAACGACACAGTCGTCAATCCCTGTAGGCTGGCGTGCATTGATCCTGCATTATGGAAAGTAAAACGTGGTCAAAATTTTTGTGTGATTTCCTTAACATTTTCGCCTATATTTTTGTCAATAAACATAATAGATTATAATTGTCGTACTCGAATTTTATTATGAACAACTTTGTTTATACAACTTTTAGATCCAATCAATAGATTTGTTGCAGGACACCAGTTTTGAATAGCTTGACTTCCGCTTTAAAATGGCAGCCATGTTTAAAGATGGCGTCCAAAAAGGTAATAAGCTACTCTTCTGAAATGTCCATCACCCATTTTCGGACACCTCAGATATGGGTGTAACTGAAAATCATAGTGGGAACTAGTCCCTCAATTTGAGAATTAACTTCAGTAATTGCATGCTTGGCTTATGGACTATAACAAATACACTGCTCGACAGATTATTACTAAAATATATATTCTGTTCGCTTGTATCTGCTTGAACCGGTTGAACAGGAATCACAAATTACATGTAATTCCCATTGCAAACAAACAATGTGCACAAACACCACACACAGGCATTTAAACGTCCAACCACATCAGCTTAGCCTCTGGCCAGTGGCGTATCTAGGATCTCATAACAGTGGCCAAGCTGAACTCATCCATTAGTATTCCATGTGAACAGGTAGTGGTGCAGAAGGGTAAAATTACAACAATTAATTGTTTCTTTCTGTCGTCGTACTGGCAGCAAGCTGTCGTCTCATGATGTTCTTCTTGTTGGTCACGATCTGAAAGAAAAGAAACAGAGATGGACGCGTCGTCATCTTCGTGGTTTCGGTCTGCCGTCTCATGCTGTTCTTCTTCCTGCCGGTTGATATCTGAAACCAAAGACACAGAGATGAAAAGCAAAGATACATGGATGGGAACAAAAGACTGGGAGATGGACGTGTCGCCGTCTTCGTGGCTGCGAGCTGTCGTCTCATGTTCTTCTTCCTGTTGTTCACGACCTGAAACAACATAAACAGAGGTGGACGTGCCGCCGCCGTCGTAGCATAGGCACGGGAACAGGGGGGGGATTCTTGCAGGATTATATTCAGTATGCATTATGTTATACATCTACAAGAACACATTTATTATTTTTTGCTAAAATATTGTTAACTAACTTAAATAAATCTCAATTATTTTAGCACCAAATATGTGTTTTGGCAGTTTGAAGATTACTTGTGCTGAAATAAACTTACAACACATTAGTT

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00076	RRM_1	RNA recognition motif	Domain	Interproscan
PF00226	DnaJ	DnaJ domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000504	Domain	RNA recognition motif domain	Interproscan
IPR001623	Domain	DnaJ domain	Interproscan
IPR012677	Homologous_superfamily	Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily	Interproscan
IPR034254	Domain	DNAJC17, RNA recognition motif	Interproscan
IPR035979	Homologous_superfamily	RNA-binding domain superfamily	Interproscan
IPR036869	Homologous_superfamily	Chaperone J-domain superfamily	Interproscan
IPR052094	Family	Pre-mRNA-splicing and ERAD-associated protein	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR44313	DNAJ HOMOLOG SUBFAMILY C MEMBER 17	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000390	Biological Process	spliceosomal complex disassembly	Interproscan
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0005681	Cellular Component	spliceosomal complex	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf10824_2.2 global RNA-seq network