Gene detail

Detailed information of MBSQW58_g11039 in Bathyacmaea lactea Gene info

Gene ID	Annotation	Contig	Start	End	Strand
MBSQW58_g11039	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I,II,III	ctg370	40730	46396	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

MBSQW58_g11039

ATGGAAGAACAAACATCAGGTCAAGCAAGAAGACTGGAAGTGGTAATGTGTAATATGAGGAAAGGGGGGGGGGGCTTATTTATGTCTGTCTCTCTTATCTATACACAATCAAGTCTTTTTGTTCGTTTCCCCACTTacgacatgaaatggaaattattgtctactcaactgctattgccgtacggtattgggttattcaagactacggttatttatatttttgtttattaggtgtgcaattcgggagaattttgccagggcagctgcaaatcgcctacttttatatcgaattccaactgcctaggtcagtaagtagagtgcacggccaatcgcacactggtttcagaattttattatcccatcagccggactagatacttttccttgaaagccccgccaaccaaccactgctaagggggaacacaagagctggaaaagttggttgacagtccagtgtgatgcccatcgagccacgacgctttcctTCCCACTTTCGTACCAGGTTGATTTTCATTTCTATCTCGAGTGTTGGCGCAGGAGAAACTACATCCTGAGAGGTTGGTTGAAAATTCCTATAAACCAGGATATTCCCTAGATTAGTTTCTCTGTTACTTTGTTCCATTGATCTGTTTATGAATTTACAAAATGAAACAACTTTATTCGATGTTCAAGTGACATgcacatactttcagaagttcgggagttatctcccctcctaacatgtcttctattaaaacatgattttgaattttgactaagtcacttgtgatatgaagaagaaaaaagggcaggggttcaAAGCCCCTCTAATCTGCCCCCCCCCCTACCACTGTCCCTCctggactgttaaccaggagaggttctggtttaaacacctggtaggtaccagtttcaatattggtgaattttgtagccggattcctccctggcagtggtatagatgtcggggATATTTTCCATTTTTAACCATATCAGTAATAGAGGGGAATGTCCACAGCTTCCACTGACAGCTAGTTCCAAAATAACTTTTGAATTTATAAACATGGTTTCTTTTGTTCAATAGATTAATAGTGATGATGTCGAAAATGAAGCCTGTAAGACTTTTGTAATGCACAATGAAGATCACACTCTTGGAAATTCTCTAAGATACATTATAATGAAAAAGTAAGTTTAGTTTTTCCTGTTATATTCTGGCGACAGGGCAGTCATGTGACTTATAGCAACATTGAATGTAATGGCCATTTTACATCTTTGAACTTCTTCGCTGAAACCGTTTTACTAATTTTAGCCTAATTTTGTACGTAACTACTTGGTTGGTGAGCTGCTGTAGAGTGTGACAAATAACATCAAAATAACTACAGTATTATCAGAAATCAAATGTTATTGCACATGGATTTTAAAATCATGCGAGTACTTTGTTGGCCATTTTGATAGTATGACACATGTTAGGTTTCTGTGATTGGTCTTTCAGTATTCTAACCTTTGATACAAGAGAGAGACATTTTATTGCTATAGCTGGCGGGTCAGTTCTAAGATTTTGTGGTCTTTCAGTATTCGAACCGGACTGGCGAGTCAGTTTTAAGATTTTGTTTAAAATTTTTCGGAATGCTGATAGAATACTTACTAATCGTTTTCATCTATTTATTCCTTGTTTTAGCCCAGATGTCCAGTTTTGTGGTTACACTGTTCCACATCCATCAGAAAATAAAATCAATTTTCGTATACAAACATACGGTAAGCTATCTTGTGGAATAAATTAAAAAATCTGCTaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgttcatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgttcatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaagagattaattacagtaaccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatatattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatccttcattaagctataaaatagattaattacagtagacctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtaaccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaactacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatccttcattaagctataaaatagattaattacagtagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaagagattaattacaggagccctgttcatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaatagattaattacaggagccctgaccatagcacaacatttctggagttatcccttcattaagctataaaagagattcgttacaggagccctgatcatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaaagctataaaatagattcgttacaggagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaagagattaattacaggagccctgaccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaagagattaattacaggagccctgtccatagcacaacgtttctggagttatcccttcattaagctataaaagaaacgtgaaaagaaaatacaaaccaattgatcatgtcaagttaaagttaccTCCCTTGAAAAATAATAACCATTTTTTTGTGTTATTGTTACATGAATATCATTATATGAGCATTAGTTTCATTGGCTATTTTTTACCCAGCATCTAATGCCTTGTCAAGCATGAAGTCGCTAAATTTCTTCATGATATAGCCATGTTTTGAGGTGTATGACCTCAAATTCATCTTAGCATGCATGTATGGACCAGGTTCAAAATTGAAAATGATTTCTGAAATATGGATTGAAGTAATGTCCTTGCATGGAAGTTTTAATCTGATTGAAATTAGTATGTGTAGCTGTGACATTGTATTTCATATATAAATATTTACAGAGCATCAACCATGTGTGTCTTGTTTATTAACTGATGTATTTGTATTTTTAGGAAAACCAGCAGTAGATATTTTTAAGAAGGGTTTAGAAGATTTAAATAAAATGTGTGAGCATGTTTTACAGACGTTTGAGGTATATCCCGATATTTAATCTGCATTATAAAAATTGTTTAAACATACATATAAGAAGATGCAGCTGGACTCATATTGTCTCCTAAAAATAAGAGTCaacattgccagtggcctcttatcatcatcaatattattaacttcaatgtttctgaggctcattaatATAGCAATGTCTCCTATAAATAACCCAGcattaatctgcatggctgcttgacaagacatctactagtaatgtctcctataaataacccagatgttaataaaatgaatgacatgtaacataattttctattggttgggctgtattctgttgctcaattcaatgagctgtttacatattaGGTTTTTGAAAACGTGAATGGTGAATTAAGATAAAATAATTAAAGGTGAAATGGTAATGATTAattgcactgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctcggattgtgtttagtattgctcggattgtgtttagtattgcactgattgtgtttagtattgctctgtttgattaattgctctgattgtgtttagtattgctctgattatgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgtttgattaattgctctgattgtgtttagtattgctgtgattagtattgcactgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgttctgattaattgctctgattgtgtttagtattgcaaccgactgtttaatattactctgattgtgtttagtattactctgactgtgtttagtattgctctgattgtgctttagtattactctgattgtgtttagtattactcggactgtgtttagtaccgtctgacaccgactgtgtttaatattacgtctgactgtgtttagtattactctgactgtgttttagtattactctgactgtgcttagtacgtctgattgtgctttagtagcaaccgattattgattgtgctagtaccgctctgattgtgtttagtattactctgattgtgttttgtattactctgtttgattaatgcaactgattgtgtttatatgtctctgattgtgtttagtattactctgattgtgtttagtattgcaactgactgtgtttagtattactctgattgtgtttagtaccgtctgacttgtgtttagtattgactctgattgtgtttagtattacactgattgtgtttagtactgctcggattgtgtttagtattgctctgatactgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgcactgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttagtattgctctgattgtgtttaatattgctctgattgtgtttagtattTGAATATTTATTTTTAACATACAAATCAGATTCATGAATATTTTTTTTTGTCTTTTTATTAAATGATCTGTTTTGTTTTCATTTCAGAATAGTATATCAGAATTTAAAGAAACACTACCAGCAGATATTGAAATGACAGACGAAACGTGA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF13656	RNA_pol_L_2	RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR008193	Conserved_site	DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site	Interproscan
IPR009025	Domain	DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain	Interproscan
IPR022905	Family	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11-like	Interproscan
IPR033898	Family	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19	Interproscan
IPR036603	Homologous_superfamily	RNA polymerase, RBP11-like subunit	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR13946	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I,II,III	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0001054	Molecular Function	RNA polymerase I activity	Interproscan
GO:0001056	Molecular Function	RNA polymerase III activity	Interproscan
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0003899	Molecular Function	DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity	Interproscan
GO:0005666	Cellular Component	RNA polymerase III complex	Interproscan
GO:0005736	Cellular Component	RNA polymerase I complex	Interproscan
GO:0006351	Biological Process	DNA-templated transcription	Interproscan
GO:0046983	Molecular Function	protein dimerization activity	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-