Gene detail

Detailed information of HS12765 in Pseudoliparis swirei Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
HS12765	NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 5 GROUP A	chr15	1367657	1373019	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

HS12765

ATGCCGCCCCTGGTGGTGGAGTTTGTGCGCTGCGACCCGGACGAGCTCCAGCTGCAGAACCGGATCGCCGCTCGCCTCCTGCAGGAGAACCACGGAGAACCCAGCAGCCTGAGCCTGATGTGCCACATGGCCGACCAGACCCTGGTCTCCGTGGTGGACTGGGCCCGCTCCTCCATCTTCTTCAGACAGCTGACGGTGAGCTCCTCTCCAGGCCTGATGGCaggtcagaggaactggacttctctagaacaggagcccggcaccgggacctcctccggtctcaggctcaggttgtagaggtgctgcatgtcttcaggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcgggaccctgatggcatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccttgatgccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccttgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctggggccatcaggtcttcgggaccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctgatgccatcaggtcttcggggccctgGGGCCCGGCACGTGTTACCATGTGTCCAAGAAAAATACTTCTTTCCACACGCTGTGGTATCTTCTATATTTCCAGTCCTCGTTGCAGACTAAGTCCCCCGGTGCCGGGTCTCTCAGGATACAACGAGTCTCTGACTGGGGGACGACCACAGGAATGAACAGTTATTTAAAATGTGTGTAAAGTGAGGAGCTAGAGACGAAACATGAACTTTAACTTTCACTCTAACGTCCGGCTCCAAGGTCAACGACCAGATGAAGCTGCTGCACAGCTGCTGGAGCGACCTGCTGGTCCTGGACCTGGTCTCCAGACAGGTCCTGTATGGCAGGGAGGGACGCCTGCTGctggccactgggcgggaggtaagaggaccgcaccggaccaggaggtccacatgtctcctctctactgtcttcacctcctggccactgggcgggaggtaagaggaccgcaccggaccaggaggtccacatgtctcctctctactgtcttcacctcctggccactgggcgggaggtaagaggacccaccggaccaggaggtccacatgtctcctctctactgtcttcacctcctggccactgggcgggaggtaagaggaccgcaccggaccaggaggtccacatgtctcctctctactgtcttcacctccAGCAtctatcagacgatcggcggttcgatccccggctcctatagtccatgtgtcatgtgtcatgtatcatgtatcatgtgtcatgtatcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgttaagtgtcatgtgttaagtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatatttcatatgtcatatgtcatgtcttcatgtatcatgtggcatatgtcatgtgtcatgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtatcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtatcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtatcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtccatgtgtcatatgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtccatgtgtcatatgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatatgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcCTCACATTGCAGCATCAGGTCTTCAGTGCTTGTGCTCTTCGGCTCAGGTGGATCTGGTGGATCTGGTGGACCTGGCCTCCCGTGCCGGTCCCACTGAGGCCGGCCTGGTCCAGAGGGGTCAGGAGCTGCTGGACACGCTCCACGTCTTCAAGGTGGACCGCCAAGAGTTCGCCTGCTTCAAGTTCATCGTGCTCTTCAACCCAGGTCAGTGACCCCTGATGCTTCTGATCTATGAAGCTTCACATGGGCTAAAAGGTCCCGAAGGTCCTCCAGGACTTTATGGGGTCTTGATGTTCTGGACTGATCCGCTCAGAGACGTGGTGAGACATCGTGAACCTGGTTTAACAACAAGTCGCTGTTTCCAAGCTGCTTCTCCTGGAGCaccgaggtcctcgggatctggacctctgtgctagaggaaccgaggtccttaggatgtagacctctgtgctagaggaagcgaggtcctcgggatctggacctctgtgctagaggaaccgaggtccttaggatgtagacctctgtgctagaggaactgaggtcctcgggatctggacctctgtgctagaggaaccgaggtccttaggatgtagacctctgtgctagaggaactgaggtcctcgggatctggacctctgtgctagaggaaccgaggtcctcgggatctggacctctgtgctagaggaaccgaggtcTGAATGGAGCTCCTCAGCCAGAGTCTCTGGGGACAGAAACCTGgagatggagagagagacagaatttagagaggaagaagaaattagagatggaatttagagaggaagagagaatttggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagttggggatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggggtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagaaggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagaaggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagaaggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagaaggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagaaggagatggagtttggagatggagtttggagatggagttggggatggagaaggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagttggggatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatgaagtttggagatggagtttggagaaggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagttggggatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagatggagttggagtttggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagatggagtttggagatggagatggagatggagatggagtttggagatggagtttggagatggagatggagatggagatggaATGTGCAGAACCAAACTCGAGTACAGAGTGGTTGAGATACACAACATGATGTTTCTTTAGGGGGGGGGgTGTGGCTGCAGGGGAATTATTATGAAGTGAACTGTTCCCAGTTagaggaagaagaagaagaagaaCTTGTCGGTGTCTCGTGACCTTTGACCCCTGTTGACCTCCTCCCTCTCCCAGGTGTGCAGCAGCTGGAGGCCCCCCGGCTGGTGGAGTGCGTGCAGCAGCAGGCTGAAGCAGCGCTGCAGGAGTACACGCGGCGCGCCTCCTCCCACCTCCTGGGCCGCGGCGCCCAGCTGCTGCCGTGCCTGTCGGAGCTGCGCTCGCTCGCCGCCCTCGCCGAGGACTTCCTGTACGGCAAACAGCTGAGCGGCGAGGTGCCGAGCAACAACCTGCTCATGGAGATGCTCCACGCCAAGATGCCGCCCCTGGTGGTGGAGTTTGTGCGCTGCGACCCGGACGAGCTCCAGCTGCAGAACCGGATCGCCGCTCGCCTCCTGCAGGAGAACCACGGAGAACCCAGCAGCCTGAGCCTGATGTGCCACATGGCCGACCAGACCCTGGTCTCCGTGGTGGACTGGGCCCGCTCCTCCATCTTCTTCAGACAGCTGACGGTCAACGACCAGATGAAGCTGCTGCACAGCTGCTGGAGCGACCTGCTGGTCCTGGACCTGGTCTCCAGACAGGTCCTGTATGGCAGGGAGGGACGCCTGCTGctggccactgggcgggagGTGGATCTGGTGGACCTGGCCTCCCGTGCCGGTCCCACTGAGGCCGGCCTGGTCCAGAGGGGTCAGGAGCTGCTGGACACGCTCCACGTCTTCAAGGTGGACCGCCAAGAGTTCGCCTGCTTCAAGTTCATCGTGCTCTTCAACCCAGGTGTGCAGCAGCTGGAGGCCCCCCGGCTGGTGGAGTGCGTGCAGCAGCAGGCTGAAGCAGCGCTGCAGGAGTACACGCGGCGCGCCTCCTCCCACCTCCTGGGCCGCGGCGCCCAGCTGCTGCCGTGCCTGTCGGAGCTGCGCTCGCTCGCCGCCCTCGCCGAGGACTTCCTGTACGGCAAACAGCTGAGCGGCGAGGTGCCGAGCAACAACCTGCTCATGGAGATGCTCCACGCCAAG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000536	Domain	Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain	Interproscan
IPR001723	Family	Nuclear hormone receptor	Interproscan
IPR016355	Family	Nuclear hormone receptor family 5-like	Interproscan
IPR035500	Homologous_superfamily	Nuclear hormone receptor-like domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24086	NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 5 GROUP A	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000978	Molecular Function	RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding	Interproscan
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0004879	Molecular Function	nuclear receptor activity	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0009755	Biological Process	hormone-mediated signaling pathway	Interproscan
GO:0009888	Biological Process	tissue development	Interproscan
GO:0090575	Cellular Component	RNA polymerase II transcription regulator complex	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-