Gene detail

Detailed information of HS00316 in Pseudoliparis swirei Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
HS00316	MADS BOX PROTEIN	chr1	8373267	8388012	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

HS00316

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00319	SRF-TF	SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain)	Domain	Interproscan
PF12347	HJURP_C	Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002100	Domain	Transcription factor, MADS-box	Interproscan
IPR022102	Domain	Holliday junction regulator protein family C-terminal	Interproscan
IPR033896	Domain	MADS MEF2-like	Interproscan
IPR036879	Homologous_superfamily	Transcription factor, MADS-box superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11945	MADS BOX PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000977	Molecular Function	RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding	Interproscan
GO:0000978	Molecular Function	RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding	Interproscan
GO:0000981	Molecular Function	DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific	Interproscan
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0007507	Biological Process	heart development	Interproscan
GO:0030154	Biological Process	cell differentiation	Interproscan
GO:0042826	Molecular Function	histone deacetylase binding	Interproscan
GO:0045944	Biological Process	positive regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0046983	Molecular Function	protein dimerization activity	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
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