Gene detail

Detailed information of CsqKR_Scaf101_0.28 in Chrysomallon squamiferum Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
CsqKR_Scaf101_0.28	PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT/RAB GERANYLGERANYL TRANSFERASE ALPHA SUBUNIT	chr8	8527843	8534539	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

CsqKR_Scaf101_0.28

ATGTCGGAAGGGAGTTCCGATGGGGAGGGATCTTCCATGTGGGTTCCTTACAGGGAAAGGCAGGAGTGGAAAGATGTTCAACCAGTTGAACAAGACGACGGACCTAATCCTGTCGTTCAAATAGCATATTCAGATAAATGTAAGAACAATGCTGGAGTTGTTGGCTGGAAGCCAATTTACGCTTTGATAAATTATTTTCGTGATGTGTATGACTATTTCCGAGCTGTGATAGCTGCAGATGAGAGAAGTGAAAGAGCTTTACAACTCACAAAGGATGCAGCAGAACTGAATCCTGCCAACTACACAGTTTGGCACTATCGCAGAATTTTGCTGAAACACTTGAAGAAAGATGTTCGTGAGGAACTTAGATATGTGACAGGAGTTATTGAGGACAGTCCCAAAAATTACCAAGTTTGGCATCATCGTCGTGTGTTGATTGAGTGGTTACAGGACCCAGGAGAAGAGCTTACATTTACTGAGAAAATTCTTAGACAAGATGCCAAAAACTACCATGCTTGGCAGCACAGACAATGGGTGATTCAGGAATTTGGTTGCTGGGATCAGGAACTGGATTATGTGAGCAGACTTTTGAAGGATGATTTGAGAAACAATTCAGCTTGGAACCAGCGTTTCTTTGTTGTGAAAAATACAACTGGTTTCACAGATGCTGTTGTTGAGAGAGAAGTTACCTATGCTCAAGACATGATAAAGAAAGCTCCAAACAATGAAAGTGCTTGGAATTATCTGAAAGGAGTTCTGCAAGATCGAGAACTCAGTAAATATCCAGGTCTCATTGAATTTTGTTGCAAACTATATGAAGATCAAATTCGTTCTCCATACCTGATAGCCTGCATGGTGGATACGTATGAAGAAATGTTAGAACTTGGATGTGAGGACAGAGACAGAGTGCTGAAAAAGGCTTTAGAGTTGTGTGATTCTTTGGCAGACGAGTACGACACCATAAGAAGAGAATACTGGAAGTATGTTTCCAGATCTCTCTCATCATTGTTTGGGAATGAATTAAAATCATAACAAGTCTGCACAACCTCACACATTTGTTTGAGTTTTGTCCAGCTTGACCAAGAGAAGTTCACACTGCCTCTGCTGAACACAAAGTTTTTCTTGCATTTGATTTCCAGTTTTCTGTCCAAAACATGTGCATTCATGTGCTGTGTGTTCATCCTTTGTCCTTAATTATCTCTTCTTTTTCTTTTAACTAAAAATATAAAAGGAGATTAAAAAGGAAATTACATAAGAGTAAATAGTTTACTTTGTTAAATAGTTCAGAGGAATAAGTATATTCAGGCATTAAAAATAATTTTTCAACATTTTAGTTTTAAGTTAAAGATGCATGCTGTGCTAATGTCTTTCCATACAAAATAATTTTTCATTAAAATTTTTTATTTTTACATAAATCTTTATTTTGTGATCAAAAATGCTGATACATTCATCATATTTTTTTTCATTTTTGTCATAATTATTTTTATGATATAGAACTCCTATAGATCTTGCTGTTTCTCTATCCGTCAAATTAAAAAAAAAAAAAATTTACTTTAGTTTATCTTTCAATTTTAGCAAACAGAAATTTTATTTTTGTCTTTTTAGTCTAAATTTATATTGTTAAAAACTAAAGGTGACAGTATATGAGGTACAAGATACCAAATAAATTAAATAGGAATTTTAAATATGCTTCTCAATTCTGACAGGAGAAAATATTCATATAACTTTTATATTTTATTTTTCATAAATAACAAACCAAATCAAATATGTACATATGACATAACACTTTATACTGGTGGAAGGTAATACAAATGAATTTTAATTTGTTAAATATGTTTTGCATAATTTATTTTTCACATGACCAAAGAGAGTAAATTTTGACATGAATGGCTCAGGAATATTGAATTTTAATACTTTACAACTTTGCTTACACTTTTGTTTTATTTTTATTTTTTTTCCATGTCTCCACATTTTTAATATGCAAGACAGCAAAAAGACTGATGTTGTGTTATTAAATAATTTAGACACTGATTACCTTTTAAGAATTGTTTAAATTGCTTTTGCTAACAGGATTTTGATAAACTATTTCCTTTAAAATCCACTGCTGTCATATTGTGTTAACCCTTTTAAGACTAAAGTTAAGACTAACACAAACAAAAATTGATCAGTGATAGATAGTGTTCTGTGACTAACTCTTTATACCATGACCTCCAATCTAGTAAATCTAGTTAAACATTTTGGTATAAACTGCTATCTGGACAGTGGTTAAAAACTAAAAGTTCCTGGACAGTTAAATAAGTTTTACAGTTGATATATCAGATACAGTTATTCCAGAAAGTCTTTACCATATACTCCCTGATATTACCATGTTAGTTTGTGGCATTACAGAATTTAATTGATTAGAACTGCCATTATTAGTTATAAGTCTTTTATTCTTTGTCAGAACAGTAAAAATAAAATATGATTCAGTGAGATTTCTTTATGATAGAGTTCAGATAGACCAGTAACCCACTGAATTCTTCCAGTAATGTGCCATGGTCCACTAATCGAGAGGATTCTTGTTATTCAGAGTAAGGACATCCTAAATGCTAAAAAAATTTGATAGTAAATAGTTGTCCATAATAATAATAACTTTAGAAATATAGTGTACATATCAATATTAGAAATGTTTTTTTCACGTGTTCGTTTGTCATGGTTTAAAATAATTAGACCTAACTCTAGATTTACTTTATTTATTTTTTTATTAGTTAAATAAAATGTCATACAAGTTTGTGACACTAATTCAGTTAATTGTACAAAATAGGGAACATTTTTTGTGCATTAATAGTTTATAAATATTAACTCCTCATATTATTTCTGGACATTCTGTTGCTGTCTTTATATACAGATTATATAACTGTTTAATTGAACAAGAGAGCCAGAATGCTGGATATAAAAGATGGCAAACAGTTTTAGGCTACATCCCAACAAACTGGACAGTACTTAAGTGGTCAATATGCTGTACATTCAGACAAGTTGAACTGTTAATGTATATCACTGCACTACATTTCTGTAGTTTTCATTCTCCTCTGACAGAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAAGCCAGAGATGATTTCAAACTGAGAAAATTAGATATGACCTTGTAATCCAAATAACATTTGATTACAGTGAATATGTTGATGCAAAGTGAAATCAGAAAGCATTTTGTTGTTTTTAAAATTTATTGGATTTTTATTATTTTATTTTTGGGGGTGCAGGTTCTTGTGTGACCATGTAATCAGTTTGTTTACTTATCTGGTCTGAATAAAACACCTGTATGTAATGATACCAACATGATTTTGATTTGTTATTAATATTCTTTTATTTTTTATTTATTTTCCCAATGTATATGTATGTATTATTATTTATTTAATTTTCATATTTTATAACATTTTATTTAACAATTTTTCGAAAATTAAGACAATGTATTATTATCATTATTTAATTTTCATATTTTATAAGTTTTGTTAACAATTTTTTGAAAATTAAGACATTTATTATTATTAATTTCACTAATGATATGTCATTATTTATTTATTGAATTTATTTCTCCAATGTGTGTACACTAATTGAAAAAATGTATTGCATTACCATGCTAAAAGCACGGCTAATGGTAAATAAAAAAAAATAAACATT

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01239	PPTA	Protein prenyltransferase alpha subunit repeat	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002088	Repeat	Protein prenyltransferase, alpha subunit	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11129	PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT/RAB GERANYLGERANYL TRANSFERASE ALPHA SUBUNIT	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0004660	Molecular Function	protein farnesyltransferase activity	Interproscan
GO:0004662	Molecular Function	CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity	Interproscan
GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
GO:0005953	Cellular Component	CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex	Interproscan
GO:0005965	Cellular Component	protein farnesyltransferase complex	Interproscan
GO:0008318	Molecular Function	protein prenyltransferase activity	Interproscan
GO:0018342	Biological Process	protein prenylation	Interproscan
GO:0018343	Biological Process	protein farnesylation	Interproscan
GO:0018344	Biological Process	protein geranylgeranylation	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for CsqKR_Scaf101_0.28 global RNA-seq network