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Detailed information of Bpl_scaf_725-7.4 in Gigantidas platifrons Gene info

Gene ID	Annotation	Scaffold	Start	End	Strand
Bpl_scaf_725-7.4	SEMAPHORIN	Bpl_scaf_725	730799	753144	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Bpl_scaf_725-7.4

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Transcript

Bpl_scaf_725-7.4

TGGTTGATTTCAACAACAACAGTGTCAAGAAACACCTATATTTATCTTTGCCTTATATTATTTTATTAATCCAACATTCCATCTTTTTGCAGAAGTAAATGGCAAACAGAATTTTAAAGACGGAAATTCTTCTATCCATTTTAAGGTGTTAGATACATCAGGAGAATGGATGCTGTTAGGAGGAAGAAATAAAGTATACAATATCAGCATGACAACACTCCAAGAAGAACTACAGAGAATTGAGTGGGGTCCAAGGGAATATGATAGACAGTATTGTTTAAAGAAGAAAAAGTCAAAGGATCAGTGTCAAAACTACATCAGATTATATGGCAAAAAAGACAATGGCGATGTCTACCTCTGTGGGACTAATGCTTTTAAACCAAGATGTCGTGTCTATAAGAAACAAGAGGATAGCACTTATAAAATGTTAATAGAGGAAGATGGTGTAGGCAAATGTCCATTTGATCCACTCCAAAATAGTACAGCAGTTTATACAGATGGACAACTTTTCTCTGGAACAGTTGCTGATGCATCACAGAGAGATCCTCTGATTCTAAAGATACATAAAGGTCATATGGTGAGAACAGTACAACATGACTCTAAAGTTGTCAATGATCCAGATTTTGTGAGTTCATTTGACATTGGTGATAAGGTGTATTTTTTCTTTAGAGAAACCGCTGTAGAACACATCAACTGTGGAAAGGCTGTGTTTTCTCGTGTGGCAAGAGTTTGTAAGAATGACAAAGGTGGTAACTATTTAATGAAGAATTTATGGACATCATTCTTCAAAGCTAGACTGAACTGCTCCATACCTGGAGAATATCCTTTCCATTTTGATCTGATTCAAGCCACATCAGACTTAGGGCAAGGAAACCCTTCACCAACAGCCAATAGTGCTAACAGAACAGACATGGTCTATGCAGTGTTCCAGACACATCCTAACAGTGTACGAGGTTCTGCCGTATGTGCATTCCGTTATTCTGATATCGTGAAAACATTCCAAGGAAAATTCAAAGGGCAAAGCTCACCATCCCATAACTGGTTGTCTGTACCCCAGCAGGAGACACCCGTACCACACCCTGAGAAATGCTCCAACAATACCCATCAGCTTGGAGACAAGACCTTGAATTTTATAAAAAGTCATACACTGATGGATCAAGCAGTACCAACAGCAGGCGGTTCACCAATTGTAACAATGCATGGAATAAAGGCCCTCTTTACAGCAGTAGCTGTAGATTGGCAGATTCTTGCTGCTGACAGGAGATATTACGACATCATATTTATCGGAACAGATGATGGTCGAGTTCTTAAATCTATAAACAAGGGCCAAGGGGCCCATGTAGAGTCGGTCCTTATTGAGGATATACAGGTATTCGAGGACAAATCCCCCATTACAAGTCTCAAAATATACAAAAACAAAAAAGGAATGAGGAAATTGATTGTTATATCCAGTTCAAACATAGCATCCATTCCACTCCATAGATGTAAAGAGATGAAATCATGTCGATCGTGTATTGGTCTTCAGGATCCTTATTGTGCCTGGACAACAGATGGTGGGTGTGTAGCTAGCGACAGAGGAAATGAGGGTATTCAGACAGGACATCACGACATTTGTAATTCAGAAGACACCACAACTACCACTACCAAGGCAACCACCAAGCCTACTGTAGCCCCGCCCACGACTACTCATATTCAACCTTGCGTGTGCAAGAATGAACCCAATGTCGACTCGTCAGAAAATGAAAACAATTTTCCAGATGAAACTGAATCCAATGGTGGTCTTTTAAACAATGTACCCCAGGCCCATTTCCCAATAAAAGAACCGACTGATGGGGATGAAAAGACCCCTTTTGTTCCTAAGAAGCAAGAGATGAAGAAGGATAGTGATGACTCAGTCTTGTCTGTAGCAGAATCGGCAATAGGAATCGTGTGCGCCATCGTATTGTCATCAATATTTAGTTTCATTGCCGGGTTTAAAGTTCATTCATGTAGACAGAGAGACAATATGAATGCAAATCCTGGAGAAATTTATGGTACTTTAACTAAAAACCATACAAACAAACTAGCGGAAAAAGAACCGCGTTATGTCAACCATGCAGACCTTGAACGTAATAATTCACAAAAACAATTAAACTTACTTGTCAACATAACGCCAAAAGGTTCTAATCTTCCTAATGGGGGAGCTCCAGCAAAAACTGTCGTTAATTTAACGCAACCTCTTCCAGACCGAACATACGTATAGTATTTGTTCTTGCGATTTTAGGAATTTTTAATTGTTTTATATTGCACATAAGAGTGCTGTGATAAAGACAATATATGTGTTCCATATAAACAAACGGGACCAATATGGGAAGAGATGTCCACAAATATAAACAGATTGTGGACCATGAATTTGCAGCCCGAGATGGAACAATTGTTGACTGTGTTCATTTATTGTGATACTGTGACAGAGAACTACACATTCCACAAATTACTGCCAGAATTTATAGTGCTATTCATTTGTACATAGAATGTATGTACATATTGTATATGATGAACCAGAAGGCCAAAATCGTCAAATCACAATGACACAAAATAGATATGGATTGAACTTTCGAGGATATCCTTAATCAAGCTTGGCCAAAGGAAATTGGAAGTTGAGTTCCTGATCAATATTTCCAGCCAAAAAGGAAAAAAAATTGGGTTTGAGATAAATCCCAATAAATGATTTCACGCCAAAATTCGAAGGACGTAAAAAAAAAACATTTGCAAAAAGTTTTGCAGTATAAATGGAAGTCTTGTTTACAAGTAGACCAAAAGATTGTGAATGCTCTTAATTCCAAGGGTGAACATTTTTGTATTAAGAAAACTAATGAACATGTTTACCTTAAGAAATGAAGATACATTCATATAGGGCAGCAATATAATTATATAGCAGTGTACAAGTACACAAGACCAGCTCTGTTGGTGATTGAAATGGTTTTATTTTTGAAAGAAGACAACTTCAGTTTTTAATTGAAATATTTATAACATTAAATATTTGAAAATTTGAAAACTTTTAATAAATTTGACCCAGATTTTTTTTTTTTTTTTTATAATAAGAATCATTAATACAATTTTTTTTTAAAGTTCGTACAGAATGTTAATTAAATTTAGCAAAATATAAAAGTATACTCATAAATAAGCCATTCAATATCTGAAATGATCTCGTAGAAATTTGGCATACATGTTTCTAGGGCTTACGGTCATAAAGTTTTCGAGTAGGATTTTTATACTCATACTCATTCCTGAAAAAATAGCCAATCAGAACAAAGTATTTATCTAATACAGTGTTCTGATTGGTTATTTTTGAATTTGAGTATAAACGTGTGCTGCAAAATTTTATGACTAAGGCCAGATCAACTAGTTTTTATTAGTGACAATAGGTGGATTTTTTTTTCCGTTGTGCTATTTTTTAATAACAAGAGTTTGAAGTCAGTCTCTGTCTTTTCTCTTGTAACTGACTAATGCCTGGTTAAATAAATAAAGAAAAGGGTAGCACTTGTATGATTGTAGGTAGAAAAAATAAAAATCCATGCTCAACATCCACTTATAATAAATACATTGTAATGTGAATATGATAGATTGTTTTACATCTGTAGGTGTTGGCATGGAAACCAATATAGTGTATAATCAATTTCAATTTAAAATAAATTAAAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAGTAGATTAAGTAGATTTTAGAATAGTTTTTTTTTATTTGGCCAGGCATTGAAATGAAATGTTATTTTAATTACTAACAATTGAATGGATGAAACTTGTTGCCAAATAGTGTAAATTATATGTAACTTTTTGTAGATATGTACATGTATTTTAAAAAGCAGGCAACTGCCAATTAAATTGCACCTATCAATCACATGGTATATCTAATATACAAGTCACATGTCGATCATATGATCATAATGCTTAAACCATTTTTTTCATGTGTGAAAAATTGATGTCCTACTTTTTCTTTGATTGATGATATTTTTGATAAATACCAAAAATCACTTATACTCAGTACATTTACAGTATATAAATAATAAGGAATGTATATTTCATTAATTTGTTTTAAATTATAATAAGTTATAAAAATAGCTTATTTTATTTTTTTTCTAAGTTTAATAAATCCACCCCACCCCCTTTTTTATGCCAAATTGTTTTATTACAAATTTTATAGAAATTGTTTTATTACAAATTTTATAGCAATTGTTTTACATGTATTACCAATTTTATAGAAATTGTTTTATTACAAATTTTATAGAATTCTGTTTCATGCAAGCAAATTATAGCTTTAAACAAATATTATTTCTTTAAAAGACACACAAGTCTTCTTTTTTTTATATTATTGATCAATTATATAAGTAATATCTATATCAATATAACATTATTTTTTAAGTCAAACTTATAATTAATTATTGATGTATCTACTTAAATATTCAAAATATAAAAGCACCTAGTAACAGTTCCCACCAAAGATACCGTTCTCATTCAGATTTAAATTATTATACATCTATTACATTATTATATCGCTAAACTACAGTTTTATTTATCACAAAGTCTCGTAAAGTCATCGTGCATTACCAAACATTTCATGATCTGGAATAATTATGCCCCAGCCACTAGGTTTTACCCATTTCTACAGCCAACATTAGTTTTCCGCTCAATAATTTAAATTCCTCTTAATCAATCAAATCATTTGAAATTTATGCACACAAAGTCAGAGACCATAAAAAGGAAGTCCAAGTTCGATTTAGGAAAAACACGTTTACTTTAGCTTGAAGCAGGAGGCATCTGTGTGCTATTATTTACACAACTGTTAAATTATTATCAGAGTAATCTCCACACATTTTAAATTATTTACGTTTTATTTTTGATTTAAAACAAATTGAAGATATTTTCAAATAAAAAAAGTTGATACATACAAGTACAGTCAAACCTGTATTAAGAGGTCACTTTTGGGAGAAAGAAAAAATGGCCTTATAAGAC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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01403	Sema	Sema domain	Repeat	Interproscan
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InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001627	Domain	Sema domain	Interproscan
IPR002165	Repeat	Plexin repeat	Interproscan
IPR015943	Homologous_superfamily	WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily	Interproscan
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PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR11036	SEMAPHORIN	Interproscan

Gene Ontology

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GO:0001755	Biological Process	neural crest cell migration	Interproscan
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GO:0030215	Molecular Function	semaphorin receptor binding	Interproscan
GO:0030335	Biological Process	positive regulation of cell migration	Interproscan
GO:0045499	Molecular Function	chemorepellent activity	Interproscan
GO:0048843	Biological Process	negative regulation of axon extension involved in axon guidance	Interproscan
GO:0050919	Biological Process	negative chemotaxis	Interproscan
GO:0071526	Biological Process	semaphorin-plexin signaling pathway	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K06842	SEMA6; semaphorin 6	-	Axon guidance	ko04360	PMID: 28812709

Expression pattern

1. Expression trend for Bpl_scaf_725-7.4 global RNA-seq network