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Detailed information of Bpl_scaf_56926-1.12 in Gigantidas platifrons Gene info

Gene ID	Annotation	Scaffold	Start	End	Strand
Bpl_scaf_56926-1.12	LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED	Bpl_scaf_56926	155777	179784	+

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CDS

Bpl_scaf_56926-1.12

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Transcript

Bpl_scaf_56926-1.12

CATGAATATTCAGTATTAATCGTAAGATCATACGGTTTGATGTTTCACAAATTGCGTTGCTTATTGAGAGCATAACACATTTCAAAAAATAGTTGCTATAATTTTAATATTTAGAAACAGAAACAGTTTTCATCTTAAAATTTTCAAAACTGACTCCAATCTTGGAATTTACAGGATTTTATACGCACTCAATTAACGGAACAGCCAGACGTTCTTTCCAGATCCCCATTTGACCTTGCTGTTACAATTACGAGGATTGACTTCCACGTTGGACGTGAATTTGTCTGTAAAGTAGATATTTTCAAGGAATACACAGAAAATTGGACAAATAATGAAGAAATTTTCTTCCACTTTACTCATTTTAATAGTTGGTGTGTTATTTGCGAAGATTTTATGTGAAGAAGCCGGCAGTTGTTTTGAAAGCCAGTTTAAATGCGAGCATTCAAACAGATGTATTGCTTTGAACTGGAGGTGCGACGGGGATGTTGATTGTGGAGATGGTGACCAATCTGATGAAGATAATTGTGCTTCCAAGACCTGCCCACCAGATGAGTTCCAGTGTAACTCCGGACAGTGTATTCTACAGAAATGGAAATGTGATGGGGAAAACGACTGTCACGATGGTACAGACGAATCGGCGAAAGTTTGTAATGACACAAAATGTCAAGATGATGAATTCCGTTGTAACAATGGTCAGTGTATCTCTAGTAGTTGGCGTTGCGACGGCACAAATGACTGTTCTGATGGAGAAGATGAGACTTGTGATGCTCCAACATGTGCTGAAGATGAGATGAGATGCGACAATGGTAAATGTATAACAAAAAAATGGCATTGTGACGGGGAAGATGACTGTGGGGACAAATCGGATGAAGTCAATTGTACATCAACATGTACTTCCGACCAATTCAAGTGTCTAGACGACAAGTGCATCGATGGTGATTGGCATTGTGATGGGGATTTTGACTGTGATGACCACAGTGACGAGATGAACTGCAAGAATGAACCAACAAAAAATCAATGTATAGAGAATACAGAATGGGCTTGTTTAAAGGAGGAACAGTGTATTCTGAAGAACTGGAAGTGTGACGGTGACGAGGATTGTTTTGATGGCACAGATGAAATAAACTATGCCACTGTTCCTCAATGTCTAGAAAACCAATTTGATTGCTATAGCAATGGACAGAAGTGTATCGATATCAAATATGCTTGTGATGGTTTAAAACACTGTGCAAATTGGGAAGACGAGAAACGGGAATACTGTGAAGGTGACCAATGTACGCCAGAAAACAAGAACGGAGGCTGTGACCATAAATGTGAACCTTTAGGTGATATTGATGAATGCAAAGAAAGTGATGTCCCAGTTTGTTCACAAGTTTGCTTAGATGTCAAAGGTCACTACAAATGCTCATGTGTCAAAGGTTACAAGATGGAAAACATTCTTGGAAAACCAGGCAAAACAACTTGTAAAATTGATGGACCACGACCATGGCTACTGTTTGCCAACAAATTTGATGTAAGGAAGTTGCAGGTAGGAACTTGGCTCTTGGAACCTGTGGTAGAGGATCTGTCTAGTGCTGTATCCATTGCATTCTACAAAGATAGATACGTGTATTGGTCCGATGTTCATATGGAGACCATATCAAGCTATATGTACATCACTGACTGGGGAAGTAAACCAAAAATAGAAAGGATTGGTATGGATGGATCAGACAGAAAAGCCATTGTTACCGATGTTGTTTGGCCCAACAGTATTACAATTGATTACATTGATAATAGAATTTATTGGGTGGATGCTAAACTTCACACAATCAAATCAGCCAACTTAGATGGATCGAATGTACGTACAGTTATCCACAATGCAAAACACATTTCCCATCCATTTGCCTTGGCTGTGTTTGAAGATGATATCTTTTGGACAGATTGGTCATCCGATTCCATTAGAAAAGCCCACAAGTATACTGGTGAAGATTTTCAACAAGTAGCCTTGGGATTACATTCACCAATGGATATCAAAATATTCCACGAGTCAGTCCAAAAGCCAGGCTACAATGCTTGCATGAAAAATGGAGGATGTGATTACCTGTGTTTACCTGTGCCAAAACAAAAGGATGATGTTGCTCTACAACATTCGTGTGCCTGTCCAGATAATCAAGTTCTAGCACTCGATAAATACAGCTGTGTGGCTAAGGCTCCCACAGATAAAACTACCACTCTTAAGCCTGCAAAACCTACAACACGGTCACCCAATAGTAGTAATAAGAATCACACTACAGCTGGTGCTGTCAAGACCACTGCCAAACCTGTTGTGAAGTCAACTGTTGTAACAACAGAGCATCCGGCTATTACACAAAAACCAATTGTTGTATCTACTGGTGGCCCAGGATATACTGTATACACGGAGAAAGCAAACAAAACAGGCTTAGAAATGCCCAAGTCCAAGACTGAAGAACAAGCTGGAATTGTGGCATTTGTAGCAATTGGTGTGATTGGTTGTTTTGTATATAAAAGAGTCCAGAAAAGAAATATAAAAAGTATGAACTTTGATAATCCAGTATATCGTAAAACAACTACGACAGAAGATTCAATAATGATTGGTCATCATGTTAAAGGAGGAGACCATTCGGAAATAAAACCATTGACACAAGATGTATGATGCAACATAATTTTTTAGAATAGAAGTTTTAAAATATTGACTGTGGTAAAAACTTCGATGGACAATCCAGAAAATTGTCGTCTTCAAAAATAAGGAATTCCAAAAAAGAGAACTCTACAACAAGGTATCATATGTGTTCGAAGCAATTGTTTCGCCAACATCGATCAATAGTTTTAAACTTGCTGTACAGTAGTTTTATGGATATCATTGCATATATAATGGAAGGAAGATCCGATATGCTCTCAATGTGAAAGGATTTTACAAATCCAGCGAGTTGGCATAACTATCTAAACTCAACTGCAGTACACTTTCGTGAAGTGTCCTAGCTGCATAATATTGAAACTGGCAGCTGTTCCTGATATGTTGTGATTTACACCAAAAAAAAACATTCGGAATATCAGAAAATGCATTTATTCTAGACTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTATTATTATACATAAGAGACTTTGATATTACTCCTTGGTGTTAGTCTATGACATCAATTATTTAGTGTTTACATATATCAACTACATAGAATCTGGCATCTCAAACAGCTGAAATATAAATAGTCTGATTACTCTTTAATGCATGTCTCTTGAAGATTTATGAAGAACAATATCTGATAGTGTAGTTTCTTTATAAAGTTTACTACCATGTTTCTGGTATTTAGAACAAAACGGAGATCTCTGGTATATTTATGTTTAAATATTCCCATCGCATTCAAGTGAGAATGTGATGATTTCTGTGATTATTTTTAGTGGTAAGTGGAATGAATGTGTTTGCATTGTAAATTCTATTATATATTGTGGGAAACCTTGTCAGTTTGTGTTAATGGATTAAATCCATATTTGTGGAAAGATGATGATGATGATGTTTTAGTGAGAATGTGTATGAAATTGAAGTCTTGTGAACATGATGAAGTATGAATGTAGGTTATGATTGTAAGAAGTGCAATATTGCCATATTGGTTGGGGCTCTCCCATTAAAAATTAAATGGAAGGGTAGCATGGGATGATGGGGGGGGGGGGGTTTCCATATTTAATACTTGGAAACCACATACTTTTTCATGATTATGGTCTATATTCAGTGGGTGCAGGACCACTGATGGATGATGGATGACCTACAACACGTGAAATGAAGGTCAAATTTCCCTGTTGCCCTACCACATATTTTTTTAATGGAATGGCCCTTGGTTATTTATATACAACCAGTGGGATGTGGTTTGTTGATTGGATGGTTTATTGGTGCATGACTGGTATAAGTGTATAGTTATAGATCAATGATAAGATCATTGTTAGTCACAATTCAACAGGTTTTGAATTTAACTCTTGTCTTGCATAATATAAAAATATTTATCCAAAAAAAAGGCAATTATGTTCTACTCTGCGGGTGGCAGTCTCGTCTCCAAAAGCAAAACAAAAATGGATGGGGAAAGTTAAAATGACCAAGGACATCATATTAAAATATAAACCGAGTGTCAACAACAAATCTCTCCTTTACTCCATTTTTTTGTCGGCATGATAATGTAATAGCCTTTATTATATCAGGAATGGAGAACATAGGTATTCAGACAGTTGTTATTGTAAAAATGTAATGGTATATGAGAATTGTTATGATGTATATAGTTGATTATTTATTATCATTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTTTGTTAAAACGTGTACATGTGTAAATAAGAACATACAGATCATGGATGGGTAGTTGTATAGTGTAAAAAGTAGTGTGAAATATGAGGTATTATTATGAACTCCTACAAAAGTGTTGGGTTATATAGAGTGAATACATTGGTGCTTAACCGTTAACCTCTAATGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATAGAATGCCATGTTTTCAGTAACAAGTGTAAACTTGAAATCAAAGATTTGAATTGTATAAGATATTGAGGAGGATGGAAATCGGGTATCATGTAAAACGGTTCTGAGGTAAACTATTTGCTCAAAATAAATGTTGGCAATAAATTTTTTTTCAAGTCGACAAATCGCAACAAAAACTACAGGTCCATATGATGCGGACGGTAGTTGGTGAAATAAAAGGTGCTCGATAGTAAGGGTATTCCCAACCTCTACAAATACCAAATATGTTGCTGAATATGGCAATGCCAATATATGACTGAAGTTAGTTTAAAATTCTTCAGACAAACCATATATAAGATGGGTTTGATCTAAATGGAAATAAAATGAAATGTGTATTTAGTTTTTTTTTAATAGACACAATAAAGGTAGTTGGATAATGCCTTCTTTAAATCAAAGAAATTAAATCCTCTTTAATCTGTTGTAATTTTCAAGTTTTCTATTAGATTT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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00057	Ldl_recept_a	Low-density lipoprotein receptor domain class A	Repeat	Interproscan
PF00058	Ldl_recept_b	Low-density lipoprotein receptor repeat class B	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000033	Repeat	LDLR class B repeat	Interproscan
IPR000742	Domain	EGF-like domain	Interproscan
IPR001881	Domain	EGF-like calcium-binding domain	Interproscan
IPR002172	Repeat	Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat	Interproscan
IPR011042	Homologous_superfamily	Six-bladed beta-propeller, TolB-like	Interproscan
IPR018097	Conserved_site	EGF-like calcium-binding, conserved site	Interproscan
IPR023415	Conserved_site	Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site	Interproscan
IPR036055	Homologous_superfamily	LDL receptor-like superfamily	Interproscan
IPR050685	Family	Low-density lipoprotein receptor	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24270	LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005509	Molecular Function	calcium ion binding	Interproscan
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0005886	Cellular Component	plasma membrane	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for Bpl_scaf_56926-1.12 global RNA-seq network