Gene detail

Detailed information of Bpl_scaf_54495-3.2 in Gigantidas platifrons Gene info

Gene ID	Annotation	Scaffold	Start	End	Strand
Bpl_scaf_54495-3.2	EGL NINE HOMOLOG-RELATED	Bpl_scaf_54495	287950	308241	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

Bpl_scaf_54495-3.2

GGGGACGACATAAAACATGGAGTAATCAATAGGTGTCACCGTGTGTACAGAAAGGGCTTAAAACAACCGCGTAATTCAAGGAAGGAAAGAAGAATATCAATATTTATAAATAACTATTAACCCCCTATGCTACAACGAAAGAAATGGACAAGGTTCATTACCTTTAGCAGTTAAACTGTAATAATAAAAAAAAAATATGGCCGCATGTGTAGGCCTACGTGACATATCCAACGAATGCCAGCTATGCGGCGAAACGAATAACTTAATGTTATGTGGAGGATGTAAAAGAGCATGGTACTGTAGTAGAGAACACCAAAAATACGATTGGAAGCGTCACAAAAAGAAATGTAAGAAGCATAGACAACAAACAAATGATGTCGCAGAATCGGGTCAAGTTGCTATTAATAGTAACAGAATGTCAATAACGGGGAGCCCACCACGTGGGAATGGAATACGTGACAGTGAGGATGTATATCCGAAAGTTGTTGACGATGACAAAAACATGAATCAATCGAAAACAACTGATCTGACATTAGCTGCAGGAAATGTTTCTAAATTAGAAGGATTAAAGTTGGATGAAGTAAAAAATGATATGTCATATAATGCACTCGAAGAATCACATAGTAAACTAGCAAAGGAATATTTTATACAATCAGGTATTTCAGAGTTAAAACCTTACACATCAGAATCTCTTATGAAAAACATTGCTTTGCATTCTAGTGATTGCTCTAAAAACAAAATGCCTCCAACAACGGAAGAACAATATGACACCAGTAAGACATATTTCTCTGTGCTAGAACATCGAAATAGTATGCTTGCAGATTATGCCTGTAATTGTTTGAATCGGTATGGCGTGTGTGTTATCGATAATTTTCTTGGTAGCAGTAAAGGACTGGAAATTCTTGATCAAGTTCGAGATATGCATAGTGCTGGAATATTTAAAAAAGGACAACTTATGAGTGCATCTGGTACTTCAAATTTAAATCATGTTCGTGGAGATGTATTAACTTGGGTTGACGGTAGTGAAGATGGATGTGAAGACATTGGTTTTCTCATCTCTTCAATGGATGCAGTTGTATTAAAATGTGGAGGAAACCTAAAACATTGTAATATCAATGGAAGGACAAAGGCTATGGTAGCTTGTTATCCAGGAGGAGGTACACAGTATTTAAGACATGTAGATAATCCTAATGACGATGGACGATGTATAACATGTATTTATTACCTCAATAAGGACTGGGATGCAAAAAAATATGGAGGATTATTAAGAATCTACCCAGAAGGAGAGGATAAAGTTGCTAGTGTTGAACCAGTTTTTGATAGACTATTATTTTTTTGGTCAGACAGACGAAACCCTCATGAAGTTATGAAAGCTTATAAAACCAGGTATGCAATAACAGTATGGTATTATGATACTGATCAACGTGAAATGGCAGTGAAAAAATACAAAGGAGCTGCTAAATCCGAGATCGTTCCTTTAACCACAAAAAAATTTACAACTGCTGATAAGAAGTAATGAATTCATACATATCGTACATATAAAAGCTAAATATACCATTCCTGACTTATAAACAGCGATTTATTTTGTTTATTAAATGTTGTTGCTATGAAATTGTTTTTAAATAAAATATACATGTATGATGAAAAAATTTGGTGCATTTATGTGAAGGTCGTATTTTCATGGATGCCAATTTCTTTGTATCGAAGACTTCTGTGCTTTTCTCTTGTTAATGTCAATTTGTTACCATATGGCTTATAATAAGTGAAAACAATGCAATTTATCAGCATGTGGTGCTATTTTTGGAGAAATTATTAATAACTAAATTTTATGGGTTAGTCATGTTGTTAAGTTAGGTTTAATTTACATCTACTGGTAGATATGCATCAGTGCCTATCCCCACGGTTTACATCTAGATATGCATCGGTGCCTATCTCCACAGTTTACATCTAGATATGCGTCAGTGCTTATCCCCACTGAAGTTTACCTTTGTTAGTTTAATTGTCGGACATGGCGAGGTGTTTTCAATGCAACTGTATGTGGTTATGTTTATTAACAGTGGCAGGTTGGTGCTTTTTTCTGGGTACTCAGTTTTATGCCACTTAATTTTTGTTAAAAACCCATAACCTTCACAACTGGTTTACTATAAATCAAGTAATTTTATTTCTTCTTTTAGGATACCAGTTTAATGTTTACACTATTATTTCTTTGACACACCTATCATTTGTTTATAGTGCTACCAATGGATACTAAATGGTATTGTTGTCCACCACTTCATGTTCTTGGCTTATAGTAAACATTTTTATTGACAATACCCAGAAATTTCTCAAAATGTCAATGTTAAACATTTCATTTGATAGCCAAACCTCAATTTGACTGTCTTTATTAGGGTAGGTACCAGGAGACCCACTTTTGTTTTACAATATTTTTTTCCTTGAGAAAAGATGTGCATAATATTGGCATCCAGGAAATCAAAGGTTTATTTATATATTACTTCTACATAAATAAAATATATACTTTTATAATTAACCAAAGAATGTTGTACATATATATGTTAGAAAGATGTGAAAATATGTTTGTGTGTTTTAATTGCCAAAAGTTTTATTTCTATTTTATTTCATGACATGTATTGTTAGTGTACCACAGATATTTAGTAGCCTAAAACATGTCTTTATCATTGTGTATTACTGTGTAGTGCTTACTTCAAAAGTAAATTTGATGATTTTAGTGATGTTTTAATATTGTCAATTAATACAAAGGTCAACCACCTGCTAGGTTATTTGTTGTCCCCCGACGCTTCGTCGAAGGGGACTATAGAAATGGGTGTCGTCCGTCCGTCTGTCCGTCCGTGTGCTTTTTGGTTTCCAGATGATAACTTGTGAATGAAAAGTCAGATTGAAGCTAGGTTTGGTATGTAAGTGTATCTCATGAATATCTAGGTCAAGTTCGATAATGATGATTTTTCGACAAATCTAACCAGAGTTACTCCCCTTTTTTTTTACTTCAAAATGGTCCTTGGATGGTCCCCTTTCAGAATTATGAGTGATACAGGCTCACCTGACCCTCTAGTTTACAGTAGTTTCAAAATTTAATCTTACGATATAACCTTGGCGTCGGGGGACCAGTGGCCAACGGCCTTTTATTCACATGTTAGTGGTTTATTGTCAGGAACTTGTTCACATTAGTGCTTTGTTGTCAAGATCTTGCTCACAATAGTGCTTTATTGTCAGGAAGTTGTTCACATTAGTGCTTTGTTGCCAAGATCTTGTTCACAATAGTGCTTTATTGTCAGGAACTTGTTTCCATTAGTGCTTTGTTGCCAAGATCTTGTTCACAATAGTGCTTTATTGTCAGGAACTTGTTCCTTTTAAATTTTGGACAGCAACCATATTCCTTCATGCACATCTGCAGGTAGTGTACTACAAGTGTGTAAAGTTTCATAAAAATCCAATAAACCGTTTAGGGGGAGTTGCACTTACAAGGTACATGCCCACCTCCTCCCTTTTCATGAAAGTATAAGTTGAATTATCTCCCCTTTTAAATTTTGGACAGCAACCATATTCCTTTATGCACATCTGCAGGTAGTGTACTACAAGTGTGTAAAGTTTCATAAAAATCCAATAAGCCGTTTAGAAGGAGTTGCGCTTACAAGGTACATGGATGGACGGACAGGGCGATTCCTATATACCCCCCAAACTTTGTTTGCAGGGGGTATAATTATATAGGAATATAGGATTTTTTTGCATGAAAATATAGGATAAATTTAAGGTATAATTTACCAAAAATACATGGCCTCCGCCTCCCCACTGACCTGTCGTAAATCACTGACAAACTTTATCACATATTATGTTGTATCGAGCACATCTCGTCATCAGCAGGGTTCAAACTCACAACTTTAGTGTTGATATGCACCGATTGCACAGGTAGTTGTAAATCCAACTACCATACGATCATGACCATTACGGCCCCTAATTCAACATTTGTCTTTTTCAAAGGATTGAACAAGAACATGACAACTACTTCTACACTTTAAAGGACAAATTTTGATATAATGGTACCTATTCAACTTTACAAAGTTTGTTGGAACAAATGCTCTGTAGCAAGATGTAGGGTTTACATTTTTTCAATGACTCTTTCAAAAGATACATGTAGTAATAAACTGGGCTTGTCCAAACACCCTGAGAGTTCACTTTGTATTTTTAAACATTGTATTCACAATTGTATTATCCTAAACCAAGGAACCCGTACTAAGTAGCAGACCACTATAAAAATGGACATGTACCACAAAAGACTACAATACTGAAAGAAATAATACACAGTCACGTGAATTTAAACCCTAAGAAAATTCAACTACAAATAAGTCACATGAATGCATCTGTTGCTATACAAGATCAACTAAAAACTATAGAAGTATCAGCATTAATATTAATATTCTTGTACATGTACAGCCTTTGTTTGTCATGTTTATATGAAATTTCCATTCAAAATAAAAGATTCAACTTTTTTTTCTCTCATAGTTTTGGAAAAATATAGGAATTTGGGATGAAATATAGGAAATATAGCAAAACCTTGAAAATATAGGAATATAGGATCACTCGACACCCTGTAACATAGCTGAAGAGTTGTGACATTTTAAAGTGGTTTCTCAAAGGAGAGTAGTCTCTCATTGGAGAGGTTTCTCAAGACTGGCATCCTGTTTAAAATGAGTGAAAATGAAATTTCATCAGTGCTCTCAGTACTTTGATTGTACCTGTCTCCACCCAAGACAAAGTTTTCTATCATTGTCTTCTCTTTTTGTTTTGAAGTTCAATGTGAGACAAGGGAGTGGTTCA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01753	zf-MYND	MYND finger	Domain	Interproscan
PF13640	2OG-FeII_Oxy_3	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002893	Domain	Zinc finger, MYND-type	Interproscan
IPR005123	Domain	Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase	Interproscan
IPR006620	Domain	Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit	Interproscan
IPR044862	Domain	Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain	Interproscan
IPR051559	Family	Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylases	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR12907	EGL NINE HOMOLOG-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005506	Molecular Function	iron ion binding	Interproscan
GO:0008198	Molecular Function	ferrous iron binding	Interproscan
GO:0016705	Molecular Function	oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen	Interproscan
GO:0031418	Molecular Function	L-ascorbic acid binding	Interproscan
GO:0031543	Molecular Function	peptidyl-proline dioxygenase activity	Interproscan
GO:0071456	Biological Process	cellular response to hypoxia	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K09592	EGLN, HPH; hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase	EC:1.14.11.29	HIF-1 signaling pathway	ko04066	PMID: 28812709
			Pathways in cancer	ko05200	PMID: 28812709
			Renal cell carcinoma	ko05211	PMID: 28812709

Expression pattern

1. Expression trend for Bpl_scaf_54495-3.2 global RNA-seq network