Gene detail

Detailed information of Bpl_scaf_48512-0.12 in Gigantidas platifrons Gene info

Gene ID	Annotation	Scaffold	Start	End	Strand
Bpl_scaf_48512-0.12	DYNEIN LIGHT INTERMEDIATE CHAIN	Bpl_scaf_48512	6258	47740	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

Bpl_scaf_48512-0.12

AACTTTCGATCCAAGATGGCGCCCACTGGCGAGCGAAATGACAGATTGACTTCATCAACGGCTGATGATGAGGAAAATGAAGGAGAAAATCTTTGGTCAACCATTTTGGGAGAAGTACAGTCTAGCTCTTCAACAAATTTACCCACATCAAAATCAATTTTAGTTCTAGGAGATACAGAATGTGGAAAGACCACATTAATAGCCAAGTTACAAGCCACAGAGGAGCCAAAGAAAGGCACTGGTTTAGAATATTACTATGTAGATGTTAAAGATGAATACAGAGATGATCAGGCCAGATTAGGAGTCTGGGTATTAGATGGAGATGTAACTCACACTAGTTTACTTAGATTTTGTATTAGTGAAGAGAACTTTCAACATAGTCTAGTCGTTTTAATGGCCTCAATGTCACAGCCATGGTCAATATTAGAATCTTTAGAAAAATGGGCAAATGTGTTACGACATCATATAGATAGAATTAAAATTCCTCCTGAAGACAGACGAGAATATGAAGAAAGTCTGGTACGTTATTTCCAAGAATATGTAGAACCTACAGAAGGGCAGACAACTCAATCTGCCCCACGACGAGATGTCAATCCTCTTCACCCAACAGCAGTGCACACAGATAGTGATAAAGTACAATTACCCCTTGGTGAAAATACACTAACGCAGAACCTAGGTATTCCAATTGTAGTAGTTTTAACTCAGAGTGATGCAATCTCAAAGTTAGAAAAAGAACATGACTATAAAGAAGAACATTTTGATTTTATACAGCAACATGTTCGCAAGTTTTGTTTAAAATATGGTGCTTCCTTGATGTATACGTCAGTGAAGGAAGAAAAGAACTGTGATTTATTATATAAATATTTAGTACATAGAATCTATGGTTTCCCTTTCGATACACCTGCATACGTCGTAGACAAAGATAGTGTATTTGTTCCAGCTGGCTGGGATAATGAGAAAAAGATTAGTATATTATTTGAAAATTTACATAATATGAAACCAGATGATAGCTATGAAGACAAAATAGTCAAACCAAAAGTAGGAAAGCAAATCCAGAGAGATGCTGAAGTTCTTGTAGAAGATGAACAAGTATTCTTATTAAAACAGCAGACATTGTTAAACAAGGCACCAGCACCAGGGGCTGGAGGGGAATCTCCTGTACGGCCACCACCTGGTACAGCGACAACCACGCCCCCAAGACAACAACAAGCATCCACACCTTCAACTGCTTCACCGAAAAAGATGGACAGTACAAAGGCAGGAACTACACCAGGTAGTGAAGGAATGCTGGCAAATTTCTTCAACAGTTTACTAAATAAAAACCCTAAAGGTACCCCTTTACCTGGAACCAAAGCAGATAAAGCTGCTGTGTCTCAAGATGCTGCTGCTGAATTAGAAAGGATGAGACGAACAAAGAAACCTATTCCTGAAGTCAAACCAAACGGACCTGATAGTACGGCTACATGATCTCGTCTAAATCATAGTACTCTGGACAATTATTACAATATTATCTACAGCACTGGCCAACTGCCCTTGACAAATAACAATTATGTGTGATGGTCGGTGACTAGGTCCCCCGGGGACATTTAAATATGCCAGAGGGAGCATTTGTTGAAGTTTACCATTTCCTATCAGAAGACAAAACAGCTGGGAAATGTAAATTTCATAATTATGCAACCTACATGGTTGTGAAGTGGAGAATAGTTATGTCCCTTTGTCATCAGGGTTAGCCAATGAGAATACTTAATAAAATGTTCTTCAGAGGTCAAAGGCTAAAGTGCAAATTTTATTCTGTTCAAATGCATTATAACATCTTTTATCACTTACTGTAAATTCAGAAATTAATGCGTGAATTTATTATTGCGAATTTTGGACAACCGACAATAATGCGAGATTGATTAATGCGATTGGTATTCATGTTGTAATAGAATATTTATAGCAAAAATTAAAATGTGACTTTTAATTATTGCAATGTTCATCCTGTCGCATTTTTCGCATTAATAAAAACATCGCATTAATTTCTGAATTTACAGTATTAAGTAGAGTCTAGTCAGTCTGCTTGGCATTACACATATATTATAGAGGGATGTCTCAAAATCATACAGCATGCTGGTTTTAAGTTTTCTCAAGTTGAAAAATCAAACTTTAAATACATGTACAGACAAACATGTATTAAGAGGTCACGCTTGGGACAAAGAAAAAGTGGCCTCTTAAAAGAGGTTAATTTCATTTATTTATGAAAGGACAAGAAAAATGTGACCTTTTAATACAGGTGACTGCTTAATAGAAGTGACTGCATGAGCAGGTTTGACTGAATTTTATTTAGAATTTATACTGAACATGTCAGACCATCTATCAATAGCTTAAGTTGGCCTTAAACACCAATCGTTCTATCAATATATGGGCTGACATACTATAAAGATGACACAGCTTCCATACAGTCAACTTTTTGTAGTATTGTAAACATACCAATGTCTTAATATACAGAAACACATAATGTTGAACTCTTTAATTCTCTTCTTCTGTTGTGTTCATTACACATACCAAAAACTGACAGTAAATTTACATTTAGTGAGGCCATCATTAATATATTGTTTGTTTCCCTAAATATGGCCAACGGGGAAAAAAATGCCTACTTGAATTCTATTTTTTCTTAAAAAAACAAATGTACTTTTCATTATTTCTGGATATTTCCAATTTCCATAGCGATTAAGCATCTTACTCCAAATAAAGCACATTATTAAAGCCAAAAAAAATAAGAATATACATACCTACCTTCCTGTGGGGCAGATTTGGGAAAACTGACATTTTGTTAAGGATGGCTTGGATATTTGGTGCCAAACGTTAATATGTGAATGGCCTGCTCATGATGTAGAATTCCCCATGTCATATGTGATCTTCTTCCTCTGTATTCAGTATATTGTATCCTGATGTCTTGGTTTACATCTTACAAACACAAAACTTTATGAAGAAATACTCCTTGAAGATTTGAATTCCTGACCTAGTTACCAATCAACCAATCAAACAGTAATGTGTTTGTGATATAGGACAATATAATTATAGTAGATTGTACTTTATGTACAGGTGGTGTTTATAAAACATTTAAAGTACAAATCTACAAGTCAGTTAGCTGTTATCTCCCTTGAATAAATCACTTGACGAGAGTGAAAATTGTGCAATAGACCATAGTGCTAAACAATAAAAACTCATCCTTTTTATCCATTTGTTACTAGGTATTTGTAGTTTAGACTAATTTGGGTAAATGATCCTTCTGTGTGGTAGTATTATCAGGGTGCAGCCCGATATATCCTTTAGATATCAAACTTTTAAATCAATATTAGACTCGCCACAATATGCCTAATTAAAATCATTTACAATCATATTTTGTCCAAATGATTTCTAGAAATACATGACCATAGGTTTGTATTAACTGGACACCAGAACCTGCTTCTATAGTTCTTATTACCAATATCCAGTGTACCAGTGTACTTATCACCAATATTCAGTGTACTGGTCAACTTGATATTATAGTAATGACTGTGATATCGGTATATAGATCAACCTTGCTGATTTTACATTTAGTTTTAAATACACTGCAATATTTGGAAATGATTTGCTACCAAAAAAATTCAAACAAATTAAAGATACATGTTTCCATGGATACAAATGACAAGTTTTTATATGTTTATGGGGCATTTTTCTCATCAGCTTTCCACTCTTGTTTTATCATGAAAATCCTATATATCCAATCTTGAAAAAAAACTATTCCAATTACCAGGAAAATATTTTTTTGAGTGTTATGTGTGTAATTGTATATTTGTAAAATAGCTGTGAATAGTCCATGTACAAAGTATCTTTATAGAGGCTGCTTCTTGTCATGTAAGTTAAACAAATTGTTATACCAAAATGGTACATGTCTTTGGTGTGATATTATTATACTATTCTTAAAAGGTATTGAATGTGTATCTTAGGAGTTGATCAAATATAGATATTTAATTTGATGTTATGAAAGAAAGAGGAAAACTTTTAAAATGCCAACATTAGATCTTGTTTGTTTATATTTTAGGACTTACAACTTATTAAATTATTGTAGTAGTTTCAACTAAGGTCTTTAAATATGCTCATTTACAGCTCATTGGTCGGGAAGTGTCATGTGAACCACTGACATCACTTTGTATCAGACGCCTGTAAACTTGTCACATTTCCATAACGAAACCACAAAGACAAACCAGATTTGCTGAGATTATTCATAGGATTTTAATTCTATTCATTCAGTGCTGATTAAAAATCCAGTTTGGCTCACAGAACTGGTTATGTTTTCTGAATGTTCAAAATATGTCTTTCATTCATATTTATAACTGAACAAAGTGGGTGAATCCGTGACTCTTTAGAAGCATTGGTTACATTTATCAAGGGTTATAAGCTTCATTGTTTCAACCCTACCATAAAAGACCATCCATAGAATTTAAAACATTTTACCTGTAGACATCATGACCTCAGTATGGATAGACAACTGGAATTATAATAACAATTTTAAATTAAAATTATTGAGGTTGAATTAAATTTCAGATTTAATTTTATTTAAAATTTTTGAGGTTTTATATATAGGTTAGAAGTATATCTAAATTTAAGTGTCTTATTGTGCTTCTTAAACAGTATTATATTTTACTGGTTCCCTTTCTTCTACTTTACTTGTATGTGAATGCTCTTTTAAGATTATGTTATAGTTTGTACATAGAAACCAGTTTGTAAATGATTGTTATTTATTTATGTATAAATTTTATGTAAATCATGAAAAGTAAAAAATTATCATTATATGTTATGTGGGTGTGTTAAAGTATATGCAATTTATTTTCTAGCTTTTATGAGTGAAGATTACAAATTTTAGTTTGAATCCATCAAAAGTGCCATTGAACGCAAGATTTGGATGATGATTCTTTTATCAAAGCTGCGATGTTGCTTTAGAGTAATAATAATTTAAAACTTGTGACTTTTTCGGTAACCTTTGTGTATTTTATTTTTTGTTTTTTTCAAAGGAAATTTTCTGTCAATTATGGTAAACAAAAATCTGTGATAAGTTGAAGAAAATGCACTTCTTTGACAAATTAAGAAAATATTAACACAGCAGGTATAATGAACAAGACATTTTTATAGAAAAAATGACAAATAAAAATCAATTGTATATGCTACAAATCAATACAAATTCAGTCATAAATTTTAAAAATGGAAAAATTTGATAGATTTCTACAGTTAAAATTGATTTCCTAATGTTTGGGGTTGATATTTTTATGTTAAGACTATTAACATGTAGACAAATCTTGTCACTCTAAGATTTAGTATGTATGTATGGTGCTGATTGAACTTGAAGATTGCATGAAGATATTTGTTTGTATGTTATAGATCATCTTCAGCCACCAACGTATCTCTTCACAAAGTAATACATTATATATATACAAGGTACCATATAAACTTTATAATAATGTAAGATGATATTTTGTCAGTTATAAGTCATTTCAAATTTATTTGCTATGATAAATCTTTGAAAAAAATACTTAAATTTTCTAAAAATTAAAATATAGCATAATAAAGATAAAAAACAATATTGCTTAATATTTTTATTCTATTTTTTTGCGAAAGTCATCATTGGTTGGTGATAACTAGAATATTCAAATTGTATAATAATTTAATTCACAATGTAAGCATTTTTTATAGAATAGATTTTCAGTGCATAATTCAACTTCATTGTACTACGGGAAGAGGTTTTTTTCAGATTTTTATATTTTTGCCACTATAATAATATCTTAAAGCATCACCATGTCATTATTTTTTATCATTATTTAGCATCTTGCCAGTATTATCTTAGTGCAAATACCTTCCTGTCAACTCCATCCTGTGTACCCCCTATTCTACCTTCATGTCAACTCCATCCTGTGTACCCCCTGTTCCTTGTGTGCTTGGTAGGAGAAATACATTATTCATATATTCAAATTAAACACAAATTTTTATTTCATTGTTGACTTATTTTGTTTATATTTTGCTTAAAGAATTTATTATTGACAAATTTTTAATTGAAAAGTTATAAATAACTCATTAGATTTGAGTATAGAATTTTTCAGCTTGGTTTGAAACGGTTTAAATTTTACTTCAGTAAAGTTTTGACGTCTCTAGGTAAAGAGTATCATGAGAATTTCATATCTTGCTCCTTGCATAAAACAACAATTGTGACGAGATGATGATATATAGTCCTTGTGCGATATCATTCAAACTTTTTCGTTTACAACTTGCATATTTGAATTGTCTGTAAAAAATTTCGAAAATGTTGTGCTTTTGTCATGATATTGAAATAAAGAAAATATGGTTACCATGGTTATTCAAGAAATACAGACAGGGTTTATTTATATAGATACTTATTTTATTGTCAAAGAGAAGTCCTATATAAAGAGTATATCTGATATATTTGCCTTTACACAAGATGGGTTGTATGGCAATCTTTTTTTTGGAAGTGTTAAATGCTATGACCCCTGTTAATTGGTTGTATTTGAACAAAAGAAATGGTAGAATTATCTATGTTTTGTGATGAGATATCTTAAGGCTTTACAAGAAATCTCACTTCTAGTGGAAATACTCTTTCAGTGATGTGCCTATTATAGTCAATATGAATCAAATGATTGCTTATATTTAATTTAGGTGCAGAAATGGGGTCAAGGACAATTGTAAATGTTACTTTAAGAATAAATGTTTCAAAAGACCA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF05783	DLIC	Dynein light intermediate chain (DLIC)	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR008467	Family	Dynein 1 light intermediate chain	Interproscan
IPR022780	Family	Dynein family light intermediate chain	Interproscan
IPR027417	Homologous_superfamily	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR12688	DYNEIN LIGHT INTERMEDIATE CHAIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000226	Biological Process	microtubule cytoskeleton organization	Interproscan
GO:0005813	Cellular Component	centrosome	Interproscan
GO:0005868	Cellular Component	cytoplasmic dynein complex	Interproscan
GO:0007018	Biological Process	microtubule-based movement	Interproscan
GO:0045504	Molecular Function	dynein heavy chain binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K10416	DYNC1LI, DNCLI; dynein light intermediate chain 1, cytosolic	-	Phagosome	ko04145	PMID: 28812709
			Vasopressin-regulated water reabsorption	ko04962	PMID: 28812709
			Salmonella infection	ko05132	PMID: 28812709

Expression pattern

1. Expression trend for Bpl_scaf_48512-0.12 global RNA-seq network