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Detailed information of Bpl_scaf_19864-1.25 in Gigantidas platifrons Gene info

Gene ID	Annotation	Scaffold	Start	End	Strand
Bpl_scaf_19864-1.25	HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA	Bpl_scaf_19864	203338	212649	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Bpl_scaf_19864-1.25

ATGCGTCAGAGCTATACCGAAGTCCTTCATTATAAAAGTTTTCATTCAGGATTATACAGCGGCTGGTCCGCTGAAAATATTATTGTTATTGTATACTCTAAATGTAAATATATTAGTGATATAAAAATGGCACCTAGTCCCGTTGAAGAATTGGCTCTTATCGATTTAGAAAGGTCAAATAAAGGAGCTTCCAAACAACGACGTGACCAAATAAATGGCGAAATATCAACAATGAGAGATCTATTACCTTTGCCCGAGATGGTCAAAACGTCACAGAATAATACAGACGCTCCATGTGATTTTTCCCAGTCTTTAACTGGTTTTCTGCTCTTGACAACCAGGGATGGGAAATTGTTATATATATCAGAAAATGTCACTGAATATCTAGGCCATTCTATGGTCGACATGAAAACACAGGGTGATAGTTTATTTGATATTGTTGACAAACGTGATCATGGCACTGTGCAGGCACAATTGTTACATGGTGGCGGGAAAATGTCTCAAGATCTTCCAACAAGCTTTTTCTGCCGAATGAATATGTCGCGGACACTCAAACGTCAGGCAGGATTTGGCGATGTAAAGATATGGCAAATTGCCAAGGAAAGTGACATTAGTGATTCTGATGTGGATCAACAAGTATTTATAGCTGTCTGTTCTCCATTAATTACACCTGATGTCAAGGAGAGCCTTATCCAGAATAACACCATGGTCTTCAAGTCTGTCCATAATCTAGACATGTCCTTCATTGAACTCACTGTCAATGGTGAATACCATCTTGATACCACAAATGAAGAAATACAGAGCAAATCTTGGTATAGCTATATTTATCCTGAAGATTTACAAGAAGCCAAGGAAAAGCACACTCAATTGATTAAATCTCGACATGAAATGGGTTGTATGATGACAGTACGAATGATAACTGGTAACGATGAGGTGATATGGGTCAACATTGTTATGCAAGTCAGACAGGCCTTGCTGTCTAACAGCGATGAACCAGTTATCTTATGCATAAACCAAGTCGTTAGTGAGCAAGAGGCATTCCAGTTTAAACTGCAAGGACAACTGTTCGCACTGTATGCATCTAGAACTCCAGACTTCTTTTTTGGATCGACTTTCTGTGCGCCTATTCCTGCTGTCAGCGATGGAAACCAAATGGTCGGTACCGGTTCAAACATATTCCCATCACAATTTTTCTCCGGACAACAAATTTTCGATCAACCATTTGCAACAGTACCACAGCCAGTGCATGGCCAAATGTCTCCACAACATAACTCGTTCTGTGTCAAAAGCTGCGCTCCAAATTCACTGCCAGACCGACAAGGTAGAAACGATACCCTCCGAGCATTGAAAAGAAAAATTCAAGAAAACTTTACAACATGCAAACCTACAAAAATTCCACGAATCTCGCAGCACCAAAATGGAGGATTTGGAATTGGAAGATTATCTCCAACGTCTGTTCTAAACAGCGAGACAGTAGTTGGTCAACATCTTTCATCATCAATGAATGGTTTCACTGTTCCTGCATATAATGATCATGGACCAATGCAAATGTTGTATTCTAGCCGAGATATACAACAAACATTAACACAAAAGAAAGCAGCTGTTTTGTCAGATCGTATTTACAAACCTTTGGTTAAAATGGAAGATAAAAACAATAATGAACAAGTTGTTCCCGACGTTAGTATGCCATCATGTTACCTAACACCGGAAGCGTCACCAGTATCGTCACCTCAACCATCAAAGACTACCACTACTTCAGAATCCCATACATTTGATCCGGTACTGGTAGCAAAATATATTTGTTCTTTAAGACAGAAACAACAGATGCAACCAGCCCTCATGACAGAAGCTGAACGAAAAGCCAAAAATTTACCTAGCTTAGATGTAACGTTCGTAGATTCGTTTTTTGACGAACTTAGCACGTTTGTGGCGCAAAACATTAACAATATTCAAAGGAATGATGGCGTAATCAAAACTGAACCAATTGACATTGACGATCTCGTAAATGAAAAGGAATCTGATAGTTTTGATGTGGAGGACATTTTGGCCTTAAGTGACCCTGAATCGGAGAAAAATGCCGGGAAATTAACGGATGTTAAACTCAAATTCTGTGAAAACCAGTTTAACGTACCAGAAAGTCACACGAGTCCACTTCCCTTGTCTCCTATTTCGTCCATTACAGAAGACAGAGTATCGTGCGATGACATGTCATACTGCGCATTGACACCAGAGTCTGATTTTGATTCCGATCAATACGACGAGATTATGGACCCAGACAACTGGATGCTACAAACACTGAAGATGCCCTCTTCTGCTATCCTACCAGAATTGGACAAGTATGGGAATACTCCTATGGTCAGTGTGGACGCAAATGCCAGTGAAACTGAGCTGCATCAGCTGAGGAAATTTATTTCATCTTGGACACCAAGTGGTGTTCTAAGTTCAACAGAAGACTCCCAGTAG

Transcript

Bpl_scaf_19864-1.25

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Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF14598	PAS_11	PAS domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000014	Domain	PAS domain	Interproscan
IPR035965	Homologous_superfamily	PAS domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR23043	HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0000977	Molecular Function	RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding	Interproscan
GO:0000981	Molecular Function	DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for Bpl_scaf_19864-1.25 global RNA-seq network