Gene detail

Detailed information of ctg272-9.15-1 in Gigantopelta aegis Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
ctg272-9.15-1	GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIH SUBUNIT 2	chr15	34554835	34572902	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

ctg272-9.15-1

ATGCTGTTAGGTAAATACAATGTAATACTTGACGAGTCACACTTCAAAGATCTTCTGATTCAGCATGTTTCTCCACCACCTGCTACAGCCGATACAGAATCTTCATTAATAAGGATGGCTTGTCTTAATGACTGCAGAAAAGTCTTTGAAAATCCTTTTAAAAAATTCATCCACTTAGACAAGACTGGTTCCCAGGGCTTCAGTACCAGTGGCTATTTCTGCCCACAGTGTAAGAGCAAATACTGTGAACTACCAGTGGAGTGCCGAGCGTGTGTGTCCAAGCTTGGGTCTCAGAAACCAGGGTGCTATGCTTGTCAAGTTGTCATAAAAGAGTCCAATGTCTATAGATGTGAAAAATGTTCCCAGATCTACTGTCTGGACTGCGACTTGTTTGTCCACGAGACTCTACACTCGTGTCCTGGTTGTGCCAGCTTCCGAAGAACCCAGCTACAGACTCTGCTACCTGTTCTGTAGCAACCAACATCAGTGTGATGGAATTGTGTGAATGAAGAACTCTGTTACAAACACATCTACCTGTTCTGTAGCAGCCAACACCAGTGTGATGGAATTGTGTGAATAAAGGTTACCAAGAACTCTTGTTACAAACACATCTACCTGTTCTGTAGCAGTCAACATCAGTGTGATGGAATTGTGTGAATGAAGATTACCAAGAACTCTGTTACAAACACATCTACATGTTCTGTAGCAGCCAACACCAGTGTGGTGGAATTGTGTGAATAAAAGTTACCAAGAACTCTGTTAGAAATACATCTACCTGTTTTGTAGCAGTCAACATCAGTGTAATGGAATTGCATGAATGAAGAAAGAAATGTTTTATTTAACGACGCACTCAACACATTTTATTTACGGTTATTTGGCATGAGACATATGGTTACGGACCACATAGATATTGAGAGAGGAAACCTGCTGTCGCCACTTCATGGGCTACTCTTCGATTAGCAGCAAGGGATCTTTTATATGCACCATCCCACAGACAGGGTAGTACATACCACTGCCTTTGATATACCAGTTGTGGTGCACTGGCTGGAACGAGAAATAGCCCAATGGGCCCACCGACGGGGATTGATCCCACACCGACCGCGCATGGAGCGAGCGCTGTACCACTGGGCTACGTCCTGCCCCTGTGTGAATGAAGGTTCCGAAGAACCCATAACTTACAAACTCGGCTACCTGATGTGTAGCAGTCACTGATCATTGGTATCAGCCTCGGTGGCGGCGTGGTTAGGCCATTGGTCTACAGGCTGGTAGGTACTGGGTTCGGATCCCAGTCGAGGCATGGGATTTTTAATCCAGATACCGGACTCCAAACCCTGAGTGAGTGCTCCGCAAGGCTCAATGGGTAGGTGTAAACCACTTGCACCGACATTGATCCATAACTGGTTCAACAAAGGCCATGGTTTGTGCTATCCTGCCTGTGGGAAGCGCAAACAAAAGATCCCTTGCTGCCTATAATAAAAGAGTAGCTTATGTGGCGACAATGGGTTTCCTCTAAAAAAAACCTGTCAGAATGACCATATGTTTGACGTCCAATAGCCGATGATAAGATAAAAAATCTATGTGCGTCGTTAAATAAAACGAACTTTTTTCTTTTTTTGTTTGAATCAAGGTTCCAAAGAAACCAGCTGGACTTTGCTACACATTACATACTGTAGCAGTCATCGGTTATCATTGGTGTAACTCAATTGTGTGCATCAAGATTCAAAGGAACCCAGCTACAAACTCATTTGTCATCAGTATAAAAAGAAAATTGTACGATTCAGAGTCCATATTTTGGAAGCTATCTTAGCGCTACAAAATCGTAAATTCTTCATACACTATAATGTCACTATGGCATGTTCTATAGTGACATCATAACTTACAATGATTTTACGATTTCGTAGCACTAAGATAGCTTCCAAAATAAGGGCACAGGGGCCTATTTCACAAAACATTGTAAGTTTACATCTGCGACTAGTGGTTATATCAGTCAGATTTACACGTGTTTGGCATCTATTTCAAGCAGAAAATGACACCACTTTGGAAAACAGAGCATTTTAAGCAAAAAATAAAATGAAATATGTGAACTTCAAACTGTATTATGTTAGTGGTACTATCAATAGTAATAAGAATCGAGATTTAGTCGTAGGTTTACATTTATGTGCAAAACTAGGCTTACAGTGTTTTGTGAAATTGGACCCAGGATTTTAAGGAACAGCAGTCATTGTGCATTGCAGGGTTCAAAACTCGCCCAAATATATGGTGGCCCAAAAAATAATAATGCATGTTGGTAAATTATGGTAAGCGAACCATGAGCAAGATTTTAATGTGGAATACAGATATTAACAGTGGCTCATACGTTATAGCTCTAAAGAAGATAAAATTATTTGGGCGACTGACGTCATTATTTTTTAATATTTAAGTTGCCCAAGCAGGACATTGGTCACATTTGGCGACCTGGTCACAGGCCATTTCGAGCCCTGGTGCATTGGTGTAGCATCATGTCCTGCAAGTCATCTACCTACCATTCTTATTAATAACAATAATAAAAATATATATCCAGTAGTGTCAATTGTGATTTGTGATCTCGCCATTCCCTAGTTTCATGTTGATCATCACATTATTTGTTTGCATTTACCCTAGTTTGACACCAAATAGCCGATGTATTTTTTCGTACTGGGGTGTCGTTAAAACATTCATTCATTCCCCAGTTTCCACTCCGCTGCTTGTGAAAGTTTGTGTGGATGTGCACGTGTGTATACACCTTGGGGGTTTTATGCAGTTTAATCTGAACCCATTTTGACCTGAAACGTTTCACTCTTTAACAAAAATGGTGCCAGGAATCAACCCCCTCCCTTCCAACCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAACTAAAAACCCTAAGCATTGGCATCTAAGATATGGTCCACACAAAAAAATGTTAACAGATGGACATTAACCATTCCATAATATGACCCATGAAAGATAGGGATGTGAAAATGAGACGATTGTTTTGAAAAAGTTATATAACTCTTGAGAAACACCCCTCTCCCTGTGTCATAAAAGTTGTGACATCTCATGATACACCTTACCCCACCCAGTGTTCCTGCCAGAAAGAATTTTTGTGTGTATTGTGCTATAGAATTGAATGCAACCACAATCAACAGTGGGTATGAGGGGCCTCCCTCAGAGAGAGAGACAGAGACAGTGAGTGAGTGTGTGAGTGAGCGAGTACCCTTTTAACATGCCCCTATACCACTGTTTAGGGCATGTCCATCCCGGGGCCGGCCTCTGGATAGCCAGTGGCCTGGTCTGGGACAGAATACCTCCCTCAGAAAGAAAATGGGTTAAGTTTAGGGGTTAGGGTTAAGAAAATCATACAGTAATGATAAAGGTTAACTTAAAAAACCCAATCTGTAAACAAATTTGGGTAAGGCACCATAACTGTTTTACCCTCTGGTAGAAACCATTGCCCTACCCTAGGCATTACATAATTGTTAAACATTCCCAAATCGTGCAGAAATAACAGACAATTCATGGGGGGGGGTTGATAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAGTTAAATCCATTAAAATTCAAACTACAAAGTCTATTATCCACATTAAAAGCAAATGCTCATAGAAGTCAATATGTGGGGGTTTTTTTAATAAAAAAAGTTTATTAGATTTAACGCATGCAAACACAACAATATATACACATTACTTAAGTTTATTGCATATATAATATGTAACAAAAATTAATTGACTTTAATTACAATTGTAGTACTATTATGCATAAAAATGCCTGGACCTTTTTCTGAACAAAATCGCACAATTTTTGTTTTATTATAATTCATTGAAGACCGATGCAAAAACACAGTGACTGATACAAGATTACAGCCCCTTGCCTCTCAATGTGATTTCATGAAGCCAGTTAGTAAATTATGATTAACTAGTTGTGCATGGCATCTATTCAGTAAAATCTGATGACTGAACGTAAGTGGTACTGGGAACAAATCGACGGCTACAATGAACATGACTTGATAAACATGCATATACATGTGACACGACTGGTATATCAAAGGCCATGTTATGTGCTATTCTGTGTGGGATGGTGTATACAGGGATGTGAGAGCTATGCGGAAATGCGGAAATGCACTTTTCCATTTATCTTAAAACCCCACAAAGACATGATGTTTAATACTGTTGACCACACAAAGTTCATCTGGATGTTTTCACGGTTTGAAGTTTATTTTTTTTTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTTCTTCTTCAAGTTTATGATGTGTGCCTCATAAGTTATAACCAGTTTAGATTTGTTAGCATTGAATGCAATGTTTGGCAGTTCCAGGGGTTGCAAACAACAATTTTCCTTCAGGGACCCTTGAATGACCCCTGGAACCTGGCCGCAGTTAGCTTTTTTCTTCCAGCCCCTCTCACATCCTTGTGCATATTAAAAATCCTTTGCTACTAATGGAAAAATGTAGCAAGTTTTCTCTCTAATACTATATGTCACACACTAAAATCTATTTACTTTATTAAAGTTATTGCACAAACAAAAAAAACCCCAACCCAGTAGCCGATGATGAATAAATCAATGTGCTTTAATGGTGGTGTTAAACAAAACAAACTTTAACTCTTTTTAATCTGAATATATAGCTGACAAGCATTCTGAGAGTACTGCTAAAGCAACATATATCCCAACAAAGTTTCATATCTTCTAAGTTTAAGGGGCATACCTCTGCCAATATTGGGCAAATCTTCATGAAAGTGAAACCTGATTTGGCTGTAACCCAGTCAAAAATTAACATGACTTCATAAACATAAAACATATAGCTAACAAGCATCGTAAAGCAATAACATAGCTAAAACAAATTCATATCTCCTAAGTTCAAGGGCCATAACTTTGTCAAATCAAACGATCTGGTTTAACTGTCAAAAATTGGCAAATCCCCATAAAATCCCTTACTAAATTGTAGCGGGTTTTCTCTCTAAGACT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Transcript

ctg272-9.15-1

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF04056	Ssl1	Ssl1-like	Family	Interproscan
PF07975	C1_4	TFIIH C1-like domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR004595	Domain	TFIIH C1-like domain	Interproscan
IPR007198	Domain	Ssl1-like	Interproscan
IPR013083	Homologous_superfamily	Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type	Interproscan
IPR013087	Domain	Zinc finger C2H2-type	Interproscan
IPR046349	Homologous_superfamily	C1-like domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR12695	GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIH SUBUNIT 2	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005675	Cellular Component	transcription factor TFIIH holo complex	Interproscan
GO:0006281	Biological Process	DNA repair	Interproscan
GO:0006289	Biological Process	nucleotide-excision repair	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan
GO:0008270	Molecular Function	zinc ion binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for ctg272-9.15-1 global RNA-seq network