Gene detail

Detailed information of PE_Scaf5574_2.8 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf5574_2.8	REGULATORY FACTOR X-ASSOCIATED PROTEIN	Superscaffold13	23371480	23382329	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf5574_2.8

TTCAAGTGAGTTTCGCATTTTTGCTAGGAATATAGTGAACATTTTCTTGCAGGAAGATCTTGAGAATGGAGAAGATGTTGCAACGTGTCCAAGCTGTTCTCTGCTCATAAAAGTCATATATGACATTGTAAGTAGAATTTAACATAAAAGTCATATATGACATTGTAAGTAGAATTTAACATAAATGAAAAAATAGTAAAGGTAAGTTCTTCTAGATAGCGCAGTAGCAGGACGTCCTTTGGACTGCTCAAAGTGCTTTACACTTTACTCCCTAGCAGACTTGTTCAGTCAAACACCATCTTAACTTCTCTGGGAAGCACTCAGCCATGCTGCAATTAATGCGCAAAGAATATTTGTACACATAAATCCACGACTGTCTAGGTACTCGTTCATACAGCTGAGTGAACAGGAGCAAAGTAGAGTGAACAAACTTGTCCATGGTTCAACATGGCAGCACAGGATTCGAACCCAGGTTCTCTCGATTGACAAATCCCCTAATAACGCAGCAATGTCTTCGAAAACTATCCATTCGTCATAATTTTCGTGTGAAGGAATGATAGAAATAGTCATCTAAACAAAAAAATTATTGAAATGAGAAATTGTCTAATTATGAAATACCACTCAGATGTTCAAGCAGTTGGATGTTGTGAGAATCGTGTGAATTTTGTTGCCTTAAAACCACAGCCCCCTGGTGAGTGATTGAATGGTTACATAACTCCGCCTGGAGCGTATGTCATTATTTTTTTCAAAGTGGGAATTTACAATGAGCCCACTTGTATTTCATAGCGTTGGTGTTGTACATATTTGGAAGGGAAACTGTTACAGTGTAAATTTTGTCATGGCTACATGGCTTTGTTATTTGTCCAAATTATGAAGTAGAAATGCGTCGCATGTCATGTTTTCTCACTACCCCCCGGCTACCCACCACTTGTATGAAGGAGGGGTTTGAATCTGTGCTAGGATTTTCATGTACATTCTGCAGTAGTAACATGGTTGTGTGGGGGTATATGTATTCTTTTTTTAACTGTAAGTCAGAAAAATAAGCATATGCACATCAGAGTTCCCCAATACCCACACCGTGTTCATGGAAGGGACGTGAATTTGTGTTGCTATTGTAATGTTATTTTTAACACAAAGCCTCTTGTTTCAGTCAGCAATAAGAATGCATCAAAAAAGTTACATAAACCATAAATTTTGTCATCAACTGACTGGCATTGATACTGGTAACTATTCAGTGGAACAGTGTGTTTGCTCAAGTGTCGTTAAAATATTTAGGTGAGTTCTCGTTAATTAATTCAAGTGTTTGTGTGTGAGATCTCCAAAGAATGGTGGTGTACCAGTGTAACCTAAAAATAATTATCCTTAATTGTGTGCTAATTATTCTCCAACTGCAACCTTCAACTACAACCACAAAGAATTTGGGTCTATTTAATTCAGTCGTGTTGTATTGTTATTGTACATCCATTTATATAATGTATAGTACACATTGATATTGCTAAGGATCTCATACTTATACTGTTTATAAATATACACTTGTTATTTATACTAGCAAAATGCCTATATTCTTCAGATGGTAGTATCATGGTACTACAGCACACCAAAAGGTGCTTGAAAAAGCCTTGATCTCCCACTAGAGGCAGCACTTGCCTGTCTTTACATAAGTTAATATATAAGCAATGAAAAAAGAATGCATTTTGTTAAATAATCTCATAAAAGTCATTCCATGTGAACGCCAGCATAATTCCGGACATTTTTGGCAATCATCTCTTCAATTTTTTAATGAATAAATTTGATGAAAGCCTTTGGCAAGATAGACAGGATAGACAAGATAGACAAGATAGACAAGATAGACAAGATAGACAGGATAGACAAGATAGACAAGATAGACAAGAATCCGGAATTTGAGTGTTCTAGCTTCAGTTAGTCTTTGAGCCACAGCAGTTTGAAATTTGGGACATAGGGTTAGGGTTAACTGAAAAGTCATGTTGTCAGTTGCATTCTTTTTCTAATTATGATATAGTGCCATAATAAAGGTCTGATATCTACACAAAATTATAGCTGTGAATAGAAAATAAAGAAAATTGTGTTAATTTACATCATTAACAATTCTGTCTTATACATTATACAGGATGCGTTCTTGGTGACTGAAGAAGTCGCGGCCAGAAACAAGAAGGTGTCACTTGAGTTGGCGTGAAGATCTCTTTCTCCAACTTCCATTAAACATTCGGCTGTAAGTACCAAATGTTTAGCACAATTTGCTGTACTTCCAGGAGTTTACAGAATAACATGTTTATATGGAACGCATGGTTTACCTTGTTGTGAAACATTGAATTTACATGTCCAAATGTGTAGTATTAAAAAACTTATGTATTTGTATCATATACATTTAAACATTCAGTTTCAATCTTTCCACACTTGCCCTGTGTGTACACGGGTGTATAGGTATATATGTGTACCGTGTACGGATGTACATATGTATGGGTGTACGTGTATATGGGTGTACAGGATGTGTTTAATAACTTCTTTGGTGGCATACATAGAATCACGGACCTTTAAAAAAATGGTATGGGCCTGTCGATATGAATCGACTGATACCAGACCAAATACGTATTTGACAATATCATTACTGTTAAAATATACTTTGAACTAATAAATATATGTACACATGTATAATTGTTTTGACTTCTAGTTGTGGTCTGACTTTTTATTTTGGGCTGCCCGCAGCTGTGACACTGGGACTCTTTGTACCCTATCGTCTTAGTCATGGTCCACTGGGCAGGGGGACAGGTACTGACATCATGGTGGCACACTCTCAAAATGTCATTACTTAAATTTACAGGATTGTGTAAGAGAAAAGAGGATTGATTTTGCGTGGGGAAACAAAGCACCAGTATTGTTTATGAGTCACATACTTTCATAATAATGTTTGCCCGTACAAAGGCCTGTGAGTTTAGTTTCTCCCAAGAATGCTGATTACAGGCCCACCAGGTGGGGGTGGGGGTGTGATGGACGAGGTTTTTTTGGGTGCTTCAGGGGGTGTAGTTTGAAGTTTCATTGGAGTATTTAGGGGAACCTGCAGTCACAGGCTTTGCACGTAAAATAACAAAGATTGATCAAATTGCAGTTCCCAGAATAAAATTATGTTTATAACAATATTATCATCGAAATTTTGATTGTTTTTACCTGTTCCCCCTGGGAAATTAGTTTAGAGGTTTTATGCGTTTATAAAAAATTGTACTGATGAATTTTACACATTTGTGAAATTATGGGGTTGACTGTGTCTATTATAGTATGTGCTATTTATAGATATCAGGTAGTGTTGTATTGAATTGATGGATTTTAATTTATTTGAAAAAGTATCATCTACCTGGATTCATATATAATAAAAATTATCATCAAAGTTTGAAAAATATTATTCAAAGAATAGTTTTGAAGGAAGCAGAGAAATGTGATCAGTCGGCTTTGGTGGGTGGCTGCAGATGTTTACGCTGCGCATTAGCACATCCAGAGATCTAGGACTCAAATAAGACCATAAGGAAACATCTACAAATCTCAAGTGGTGTGTGTCATTCAATTCACAGTGCTGTGTTTATGGGTTTATTGTATTGGTTGTGGAAACCTAAACACACAGGCGTTGAAATATATGGTTTTATGACAGCATTATGGGAAGATACGTTTCATTTGTAGCTGTGCAGTTAAATTGTCTCAGCGGCAGGTGTCTTTATACTCTGTTTGAACGGTGTCAGACTTTAGCAGGTATTTCACCAGTCTAGTTTGGCTGCTTTCAGAGTTGACGCTGTACAACATAAGATTTGACACTTTCTTTAAATAGCTAGGTTGTCATAGGCATAACAAATCGTCATTCTACATGGCTTGTTATCGTTAAACTATCCATGTCTGGTCTTCATTTTTATGCTCTTGATACTAGAATAAACACATGTGAAATGTGTACTGCCCACCAAATTGCATTTAATATTAAGAAACCCAAAATATTGTTTGTAATATGAATATTGCACCACAAAGCATTCTGGTTGTATACAGAACATTAAATCGCAAGTTCTTGAAACTGCCCTTTGAAATTGGCTGGTTCCCACAGTCAGTACCTCAAGTGGGACAAAGTACAACTAATTCAGTGTACTTCCTGTTGATACTTTAACCACCCTTGGCTTGCGAGGATGATGCTGGGTGTTGGAACAGACAGCATCTCTTGAAACTATAAAAATACAGCTTATAATAAATGCAGAACTTTAAAGGGACGTAGTCGGTTCATTTACCCAGAATTAGCGGCATAGTAACTGGAAATCTGCTGTGTTGAACGTGGGAAAGTTGAACATCAAAGGATATAGCAGTTACCTCTGCCCGATTTGGCCGTATTGCCAGTAAAGCTTGTTTTGAAACTGGATGTTTTGTTTAGTATTTGAGCATGTTCCCGTGGTCATACCTTCAAATTGTGACCGTTGTTACAGGTCTATTAAACACAATTTGGCGGGCAGTATACCAACATAGTTAGTATAGTCTTAAGAACATGATGTTAATTAATAAATAAAAACTAGGAACAGACTGCCTCCTTTTAAAAGTGTCTAGGTGTTCTAAAAATGACATAACGTTGCGTGTCAAGTAGATAAAATATACAACCTAATGTGGGATGGAATAAATTATATTGGGTGGTCTGTTTCACAACTGACTTCTTCCAATGAGTCAGCTCTCTGTAGTAACAGGTAATACTAAACAGTCGTTTATGCCTTAATTAGCCAGGCAGATGCTACAAATGCAGAAATGGGTGTTGCCATTGTCGGTATGTATGAAAGATACATGCAAATGACACATGAGTCATGATTATTTGAGTGGGTGACTCATCGTTTGATATATTTAAGTTGGCCTCAGATCAAGACAATTTGTAAAACATGTCACAAGGCAGTCTCACGTTGCAATTTACAATCAGTCACATTTTAATGACACATGGGTTTGTGGGTAATAGTAACATTTTGAAGTTTTACGTTTGGAGATGGCCACTTGCGATTAAGCCTTTGGTAACTTTAACAATACACTTGAAAGATGTTTAAATTCTAGCAATTGTTTTATTTGTGTAAAATGGGTGGTATTTTTGTGAATATTTTCAATATTTTAAAATTATATTATATTTGGAGGTGGCATCTATAACATAGCAAGTATTCCAGTTAGCGGCTTCATTTGCTGTATGAAATGAACTTGAATGAAATCCAAAGCAAATTAGGTTCTTGTAGGTGTAGCAATTGTTTATAAAAATATCATTGATATGTATACATCAAATGTCACTCCCATTGTTCAGTTGGTTTATGAAATTGACAAAACTTCATAAAAGTTTAGATTTTTGTAATGATTATTGATAAAATAAACAATCGTGGTATTATCATTGATACTTGTGTTCCCTCTCCCAAATGTTCAGTAGGTTTATGCAATAAACTTGAAAGAAATTAATAACACTTTATAAATGAATTTTGTAATGATTATCTACGCCATTAATACAAGAGTAACCCCACTTCCAATGTGTTCAGTACTTAGCTTTATAAAATAAACTTGAAAGAAAATTTAGATCTTGGTAATGATTGTTTACATGGGAGGCAGTGTAAAAAAGTTTAACACCAAGTTGGTCTCATGTTGACTTGAAAAAAATTAGTCAATTTTTTATTTATTGTTTATATAATTGGCACCTGTGTTCCTCTCTCTTGAGTCTTATCAGTGTCACCAGGGTTGTGACAAAAGTTGACATGCCGCCACCAGCGGAATATCACATTTGTAAACAGTAACCAGGCGCTGACTTTTCACCCCAGTACTTACAGGGGCGTCATTGTTGCCACTATTTAGCCTCGCTTGCTGGGTGCTAAACAGTGAAAGGCTTTTAGCACAAGTAAATAATTTGTGAGGATAATTGCAAGGGAGATTGAGGGTGGATGACTGTGTGTGTCCAACTACGTTCTGTTTTGCGTTGGTTTGAATTGTTTGTAATGGTTCTACAAGTAAGTGTAACTTGATACCGTTGAGGTGGTGACTACCGAATCCTTGATCTGACAACGACGGCCACAGATGTTTTGTTCAATTACGCTGTCAAACATTGGAAGGAGTCGCCTTTTGTGTGATTCCAATTTGTTCTGCATGAAAAAGTCTGTGCCCTTCTGACGTTTATGCCGACAAAATCAGATAACGACCTACAAATATCCTAAAAGTGTACATATTACACGGTTTGATTGCATAGATGGGTGACAGGTATTATACAGCTCCTGTGTATGGTTCAAAGTAATGACGTCTATCAGACTGTCTCACTGGAGCAGATAATTATGATAAGCAGTATTAAGTGTTTTTGTTTTGTTTCAGGCAACCAAAGAAGGTACGACAGAAACTCAAAGCGCACTTTTTAAGTTTTGTAGGCGGATGTGCAGGAGAGCCGTAAAGTTGGCGTAAGACAAGACGTGTAGACATTTACATTGCAATGTCATCGATGTCAGCATCGATTTCTCTATTGTTACCTGTGTCGTTTCACGGTAATATGAACAAATATATACGTCGGCACTGAACAATTACAATGTCAGCAGAAGAACGTGAAATGCATAATAATAGGGCAACAGAATCAGATCGGAAGAGACACTATTCCAGTGACGCCGACTCTAATGACGCTCTCATCATAGCACGGCATGATTGGACGCCACCATTCGACACAACTCAACCTCACGATAACGTGGCGCCATCTAGTGAAGGAGCTGTGAAAAAACATACAAAAGCTGCACTGATGAAAAAGCTCAGGGATTCAACCAAACAGCATCACGTGGAGCAAGGGATGAACTCTGAAGTTACATCGTCGGGTGCTGGCAAGATAAAGGTATCTTATGATAGTATCTATTTACCCAAATATAAAATAGTAATTTACAAGTGGTGTCAATTTGGTGAGAAATTGAGGGTGGGTCATAGAATAAATTATTATTTGTTAAGCTAGTGACACCATAATTATGAATGTACACCTGTACAGTGATTGCATTTTGGCATTTGTTAATTAATATCAATACCTAATAATGCCTAGATATTTACCACTTTACTCAACAGAGATTAGATAGATTATTTTAAACAATAACTGCTAACAACACGAAAGAACATATTTGTCTTTCTTTTTTGCCAATTGCCTTAGAGAACATCCAATAATCATTGTCATTGCAGCAACATAATTGTTTCTTTTTCAGGAAAATTCCTGTTTTCTTTTCATATATATACATTGCACTTCAGGGCATTTTCTCCATGCAGTTACATAATATGAATCACATTTGAACAGTGATACAAGTTTGACATTTTCATTGGATGTTTATAACATTGTCTGTTATCTAATCTATTGCTGATAGCAAGGAAGAATTGAACATGCTATGCCACTTTTGCAACAACATATTCATAACTTCTGTGATATAATCAACACATTCCTATCTGGTCACACCACAGATAGTTTGTGGTGAGGCACGTTGAATCAAGGCAAGCGAACTATTTTGAAAGCCATTGATTCTTCCACAGCTAAAGGGTTGATAGAATGGATGTTGTATCATTTAGTCCCTCCTTGCATGCCAGGGGGCGCTGCTGGTTGCATCAGTCTCAATCCCCCATGACATATCACCGTGTAGAAATATGGAAGTCTGTTTCAGTCCGTTATCCAACCATCTCGTTGCCATTCAAGTTAATGCAATTTGGGTTTGGGCCAATCATGACTGATGTTACATGTAATGTTTCGGGAAGTAGATGTAATTAATAAAATCTTCATGAACCTCATGTAAAATGTCAAACCACGTACTTTAAAGCAGCCGCTTGTTCCAGGTCTACAACAGCGCTTTATATAAGAAAGTGTCAGTCGAAGTAGGGGGTTTCCCTTCAACAGTTGTGATCGATCATTGTGCGTGTCTACACACCATTTCTGACATGACATGTTTCCCAACAAACCATGGCCTTATTGATACATTCCAACAACTCGGTTTCATCCACTGTAGATTCCCGTCTGTTGTATTTTGCACCCTACGAACCATGCATTTTTTCTCACACTTGTTGACTTTGTGAATTGTTAGTTGTTCGTCTGTATTAATGGACGCAGTCAGGAAGATATACTATCTGGCAGCTGCACTGGGGTCAACTTGAAATGACAAATACTAGACGCCCAAACTGACCTCTCTTCCATGAAAACAAGCGTAGATGGATTGTGATTTATGCCATTTTGTCTTCTACCCTACAAACTTTGATCAGGACTTATTCATAGATGTAGCCACTTTGCGGCAAGGATTGGAACCGATTCACTTGTTCTGTGAACGGTGTTTTCTGTCTATATCTCTGGCTTCTATCAGTTATGCAGTCTCTCTTTGAGAACTGTCATTCGTGGTTGATGTGCCCACATTGCTTTTTGTACACACATGTACACGCAGCATACACATTCACTGGTACACCTTTCTTTGTGTACGTAATTTGTAGAAATGGGCAAGTGGTGGCCCATTTATCACGGGGGCAGTTAATCGATGTAGTGGTGAGTGGAAGATAATGTTAATGCACGTTAAAGCTAAATTTTAGATGTCAGAACCGGGCGTGTGTACTTTGAACCAGTACAGAATGCATTGTTTTTCTGGACTTTGTGAACAACCCCTAAATGTTTGACTGCCCGTCCCCCTCTTTGCACCTGGGACATCAGCCGGGTTTGTCAACAAAACGTATTGTTATCAACAAGTTCAGACTGTACTCAAGTGATGGTTCAGTATGTGAAGTGGTCGCAGTAGAGAGGTCTGTGGTTATTGGGTTATGGTTCAGGTGGTCACAGTGGAGACGTGTGTGATTATTGTGGCATGAATTATGTGGATGCTAAAATTAACTACACCCCTGTTTGGACCTCCAATTGCACTCCCCCTAAGGTTCACCAACGTCTAACTGCACCCCCTTGGCCTGGGACTGGCATCAACCCTCACCAACAACTGCAGCTGCACCCAAAGGCTTGCAATCCAGGAGATTTTCTTTGGGAGGGTAGGGCTTTCACAACAGTTCTGGGAAACGGAAAATGGGTGAGGTTTGGCAGGTATAAACTACATACTCGCTGTTCTTGCGTGATAGCAGATAGCTGAATAATTATAGTTTTCTTGCAGGTTTCCAAGCAAGAACCTCTGGTATCCCCGTTGGTCGCCAGGCGGCACCACAAGCCAGCCCTTCCGCCAACTCAGTCTAGTTTGTTGGAAGATGTGCTGAACGAAAAGAAACTGGTAATGGGCATTATGTACACATAAATTGCCATAAATATATATGTATGATGTATTGCCATTTTAAATGCACACCTTGGAGTAACATTGTGTATATTTTCAGGCTATTTATGAAAAAGAATACAGTGAAACTTCACTGTTCATGTGACCTTGGCTTTGCTTTGGGACTGGGCAAAAGTTACCTGCATAACGAGGTTGCCGTGTCAGCAGAATTAATTAGTAAAATTATTTTTTTATAGAAAATTATTTTGGACCGTCCTAGGTTGACCTTAATTGCGAGGTGACCATAAAGTAGGGTTCGACTGTATTACTCTGATTATAATTGAGTCCATTAGTCATGCATTGATTGATTCCAGGCTATGAAGTGTAATTTTATTTGAACGCACATATATAAATAGAACACGCTAGTTTAACTATAGGGGAAGTATTAATTTTGTAACTTTTAATGCTTGTCACCACTTGTAGGCATTGCTTCAGTCACCAGAGGTCAGGGCCTTCCTCGAGCATGCGCAGCACTCCGTCGCTGAAGAGAAACGCGACGACAATGCGCCAGAGGGAGCCACACATCCAGATATGCTCGAAGAATGTATCGCAGTATCGGCCGGTGACATGCTGTTGCTGTTGCGTCGTGACGATTATTTGACCGCCTCTGAGGCCAGAGACGATTGGGCTAATACGAGAACGACCAACGTGGCTGGGGCAGACATTTGGTCAAAGGAAGCTTCTGCTTTCACCAGCGTAGTCAGACCGACCCAACAGTGATGTCGGCTTCCTCTTGTCCACTTGCACAAGATTGACGATCTCGTAGTTGTGAAATGTGTAGCATGTATAAGAATCCAACGGAGGGGTGTTTTGGGTTAGTGTTTGTGGCCACTAAATTGTGCATTTTGTTTGTAAATGTACATATTAATTTACTTGGCTGAACACGCATAATTATTTTCTGTGTGACAAAATAGCTCCTTATAACGAATTTTGTTGTAAACTCGCAATGTTTTCTCTTCTTTGGCCATTAAATGACAACATGAATGAGATTGCTTTCTAAAGATATATTTTCATGTTGTGTTGCGGAAGTGATTAATAAGTACAACACTATCTTTCCCCATTTCCATATGTAAATGTTTATGTATTGTATATTACGTGTAGTTATCTTTGTATGCATTTTCAACTTGGAAATAAACAATCGATCAATAAATGGTGTATTTGGATGAAAAACATATTCTTAGAGTAACCAAATTGTACCTTCTGAAGTGTTGTCTAAAAAAGTCAAACCAGTGGAAAAACCGAACTGGAAAAAAGTGGCAAATACAATTCCTAAAGCGTTATATTTTTCTCTTCTGATTTGTTATATTGTTAATATGATCATAGTAGCAGGCATTACTCCATTGAACATGTTTTAACTGGAATGGAGGCATTAATAAGTATAGCACTTCAATTGTCACCATTTCCACAAGAAATAAAATATTGTTATAAATACATGTACACATTGATTATGTGGAAAATAAACATTCATTCATCTGATATGGCTGAAGATACTTTGTTTCTAAAGCCTGATACTGAAGAAGAAATTATTAATCAGAATAGCACAAAAAGCAAGAAATCTGACATTGATATGTG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF15289	RFXA_RFXANK_bdg	Regulatory factor X-associated C-terminal binding domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR029316	Domain	Regulatory factor X-associated protein, RFXANK-binding domain	Interproscan
IPR038308	Homologous_superfamily	RFXAP, C-terminal domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR15110	REGULATORY FACTOR X-ASSOCIATED PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0006357	Biological Process	regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf5574_2.8 global RNA-seq network