Gene detail

Detailed information of PE_Scaf10269_5.16 in Paraescarpia echinospica Gene info

Gene ID	Annotation	Chromosome	Start	End	Strand
PE_Scaf10269_5.16	10 KDA HEAT SHOCK PROTEIN	Superscaffold1	85101355	85106412	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

PE_Scaf10269_5.16

CCGCCGGGCAGCGAGGCCCCGGAATAAGCATGATATTGAAACTTTGTAAATATACATTATTTATGCCGAATATATATGTATTGCTTTGAACTGATCCTTGCTGTGTCTATATAAAGCAAAAGTAAATTAATATTTCGTTAAAATATTAAAATATATAGTATGTTTAAGTATAAATTGGACATAATATGAAATTCCACTCATAAATGCAGGTTACAGGGCACTTTACACACGGCTGAGCATAGATTTTCTGATGCAACATCGATATATATACAAAAGCAAGTAAAGTCAGTCAATATAATTGATGTAGTTCGTCATAGATAATAAATACATTTGTATTGACTACGGAAAAACTATCCTAAATTAATTTATTTTAAATTGCGAGACATTAAACTGGTTCAATGTCAGTACAAATTCTCCTTACATCCCACGTGCGCGCATGCTCTGTCCTCTATGTCGATGACCGAACATGTGGTTCTTGCTTTCTAGAAGGCTAGCAAAGGTTGAGAGCACGTCGGCGTATTAAAAATGGTGAGTTTTACGCAATTAAACAATAACGTGTTAATATTTTGTAAAATAATGGATATTGAAATTAACCTTGTGATGTATGGTGAGTAGTTTTGTGTTGGATTGATGTAGTTTTTGTGGAATATACAGTTTAGTCGTATGCTACGCAAGTCCTCATGCCTATGCCATGGCCCTTTTGCCTTTTGGTAGGTGCGAATGGCCAATCGGGCCCATACTCACTCAACACCGCAAAGCCAATGTCATTGAATTGGGTAAGCCGTGAATCGTACACTCGCCGCAATTGTGCAGGATACTGGAACTTCCAGCAAACCATTTATCATAGCCATTGACCAGTTCAATACAGTTAGACCAACCACGTTAAATTATTAATTTAACAATAATTTTATTAAACAATATTAAGTAATTAATATGTCATGCCTCATGGACACGGTCTTTTCGCCGATCGTGTTAGTAATAATAAACATGCTGTTTTCATAAAAAATCTTAATAAACATTTACAAAAGATATTCATATTGTAACACCTTGTCGCTTAGTTGTCTCGTGTTATGGAAATAAACTGTCAGAAAAGCATGTCCACACCACTGCATCCCAATCTGCTAGAACACTTGGTCGCCTCCTTAAAGGCTTAAACGCACTCTCCACCATGCGACATCTAAAGTTAAGGAAACAGCCTACAATATGTTAATAAGATCAAAACTAGAGTATGGAGCTGTAGCCTGGAATTCCTATACACAAAATAACATTGATACCCTAAACAAATTCAAAGAAGCGCAGCTAGATTTACCCTAAATGACCACCGCCATACAACAAGCGTAACCGGCCTCATAAACAGACTTCGTTGGCAGACACTGGAAAGAAAACAGTTACAACTGTTGAACACTAACTTACCTTCTTCTACCACATAAAACAACCTCCTGAACATTACCCTACCACAACATCATATAGTCAGTCACATGCTCACGTACTTGAAACAGCGATCCCAACAAATACATACAAATACATACAAATACATCCATGCATAAATACATATGCATACTCATTCTATCCCAGAGTTATAAGAGCTTGGAGTCTACTCCCCTCAGAAATAATAAGCCTACCTACACTACACCCATTCCAACAAGCTCTGAGTACCATCCAGCCCAACTTACCAGACTGTAGATACAGAAACTGTGTTTTTAATCTGCACAAATTATTAATTGCACTTGGTTTACACAATGATTTATTTTACTTTTTAAAAATTATTTTTTAAATTCAATTTCACGCACCCTTTGCAATACACACTGGACAACTCCTAGGTTAGCCCCAGAAGGGGCTGTATTAAGAAAACACAGTGCCATGCAAAAAGTTTGGTAACGGCACTTACCGTGCTAGTGGTTATAACCAATGAAAACGATATGTTGACACGCGTGACGTAATTGCATTAGGAAATCACACTCAACTCTCGTTAGACATACACAAAGATCAGTGGCTAGATATCACGAGTGGCGTAGGTTGAACCACTGGTAACTATTACATGATTATTTTTGGCCAATTCAGTTGGGACTTGGTTTTGGAAAGTTGGGTCCAACATTATTCGACCAGGGCCGGGGCAGATTCGCATATTTCATTTTCAGTCAATATGTCAATGATAGCAGTCACACTCACTGGCACAGTGAGTGTATTGACTGTTATGGGGGAATTCACCAGTGTTTAGAGTGTACAACTATACTAGTTAATGCATAGCAGATGGGGTGGAATTCATCTGATCTGGCAGAGAAATGGTGGCCGTCTCCTCAATATAAGTGCATAATCCCACTCTGTAGCATTGTCGTACTGTTGTGATTATAGACAATGTTTTATTCAGGCAACTGCTTTCAAGAAGTTTGTACCCCTCTTTGACCGGGTGCTAGTGCAGAGGCTGGCAGCGGAGACGAAGACGAAGGGAGGTGTGCTGCTTCCAGAGAAGGCCCAGTTAAAGGTTCAGTCAGGCACTGTAATGGCAGTTGGTTCTGGCATAAAGACAGATGTAAGTAGAGGTCACAGGTAGCACCACATTCCAAGAAGTGAGAAGTTACAACATAGCTTTATATAAAGAAGCAGGCTGCGAAATAAGGCCGGTCCGATCGTCCCGGACGAGTAGTTTCAGTGATCGGACTAGTCCATGTTTAGTTGAGCAGTCCCATCGGACTAGCTGTTATTATGTAAATTAATTTACGCTATGTATACGCTAGTTGGGTGTTGTGATGGATTAAAACAAAATCAGACAGTAAGGTAGCATTTTATCACAGGCAGCTAAATATTCCGTACGACCGTCAGATCGGAAACTTGCTGAACGCAGTGAATGTAAATGGCGGCTGTTTACATCCGGTTAGCGTAGGATAGGTAGTGCCACCTAGCGACCATGAGTGGTGAGCAACATGGACAAACATACATGCGCGGGTTACTGACATCGTTACGTGCTATCCCGTCGTGATGGTAGTTGCGTTATTCCTGCATTGGGTGATTATTTTAGCAAGTTACCAAATGCCAGCAATGTTACTGATTGTTTAGTCAGCTTCGGGAAAGAAAACGCTAATGAAAAGTATAGGGCAAATGATGCAACTTAGTCCGACAATGTCGGTCCTTTGTCGCCGTCAGGCTTCAAATTCTGCTGGAATCGCCTTGTCCACGACTCCTGTTTGCTTCCCCTGATTAAACTAGTCATTTCTTCTGATAACTTTGCAATTGGATCTACGAAATCACATGTACTTTTTTTCTATTAATGACACATTTAGTTGAACATTTAATTGAAATGGGAAACGGCTTGTTTTCTTTATGAAATAAAGCCACTTTTACTATGTGCTATAACTGTCACACATATATGATACCACAGTATGATTTATTTTTAAGGACTAGTAAAACAATATGAGGACTAGTTGTTTCTGAGTCAGCTAGTCCGACGGACTACCTGTCAATTAAATCCACCGTGCACCCTGAAGAAGTAGATGGAGTGGAGTTGATCAGACTGGGCATTATAAAGTTGTGTATGACTATATCATGCCATTTCGGCTCAATTCTGATTTGTTTAAAATTTGAATAAATGTCTGCACAAAGTATTTTATGCTGCACAGGTTCTGGGTGCTTTAATTCTGTTTTTTTTTTAATGCACGATATGATTGTACATGCTTGTTGGTTGTGCTAAATGATAATATGTAACCTTTTTTGTGTATGTAATAATGGGGTGCAAATTATGTAATTTAGCTTGTTCATGATACACTGATTGCTCTTTCAGGATGGAAAGCTTGTTCCTAATGATGTGAAAGTCGGAGACCAGGTTCTGCTTCCAGAATTCGGTGGCACCAAGATTGTAATTGAAGACCAGGTAACTTATTTACAGCATGTCTAAAGACAAGTTTGCACACAGCTCTTTTTGTCCATTTTGTCAGTTGACATTCTGCATAAATTTGTTGTGTAAACCAGACCTTGGGCAGAGTACATTTTTATGGGATACATTGCTGAAAGCCGAGTACATGCATTACATTGAGTTTTCCTGAGAAAGTACACAGAAACATCCTATCTCTGTTTAATGATTCATTTGTAAAAAGTCTTATGACTCTCGGGCTTATTTGCTGGTGGGGAAATCTTTCAGTAAAAACGGGAAATAAGTAAGCTATATATAATTTCTTGCAAGATCAAACCAGTTTACAGCAATTATATAAGTGACAAATTAAATACTTATTTATTTAAAATTGCATTCCCACCCTAACCTTCAGCGGTCCCTTGCTCTAATGAAGACTCTTGCTTGTCCCTGTTAACGATTTTGCCTGAATGATTTTTGTATGTTGTGCCTCTGAACTCAGATTCCTGGGGATTTAGGCGCTATAGAAGTTTGTCATTATTATTATAACTGTGCCTTCTTCCCTCCAGAAGGAGGCACAGAATGCCAACTGTACGAACCCAGCGTGCCCTGATGTTTAGTAAATACAGTAATGAATAAAAATGAGTAGTAAATACGGTAATGAATAATAATGTGTATTTTAAAATATTTATACATTTTGTGACAAGACTTTACATTAAAAAAATGTGTTGAAAGCTTGTCTAAATTGGAATGAGTTTTTTTATATTATTTGTGACACATGGTTCTGTTTGCTTGCAGGACTACTTCCTGTTCCGTGAAGGAGACTTCCTCGGAAAGTTTCAGTCGTAGACGCTGCTGTTTGATCATCCACTAATTAATTGTTGTCACAACAGTTCACATTACTTTGAAGTAGGGTATGAGTATGACTTGACAATACCAAATTTAATTTCTCGCCATCTCCAAACCAGTAGAAGCCAGTTACACACCAGCGTGCACCAGGCAGGGACTTGGGAGGATGATATGTTGCTTCAATCGAACATGGCTGTGATTTGTTGCTGCGCCACTCATCAATAGCTTTCATAGACAAATCTTCCATTGCAATCATGATACATATAAATTGTTGGTGTGTTCATGTATGGGAGGGGTGAGTAAGTTGTATGTAGGAAGTATATTGTGTTATGTATCGTGTTAAAAATAAACTTTTTCATCTATAGTTT

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00166	Cpn10	Chaperonin 10 Kd subunit	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR011032	Homologous_superfamily	GroES-like superfamily	Interproscan
IPR018369	Conserved_site	Chaperonin GroES, conserved site	Interproscan
IPR020818	Family	GroES chaperonin family	Interproscan
IPR037124	Homologous_superfamily	GroES chaperonin superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10772	10 KDA HEAT SHOCK PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005524	Molecular Function	ATP binding	Interproscan
GO:0005759	Cellular Component	mitochondrial matrix	Interproscan
GO:0006457	Biological Process	protein folding	Interproscan
GO:0044183	Molecular Function	protein folding chaperone	Interproscan
GO:0046872	Molecular Function	metal ion binding	Interproscan
GO:0051082	Molecular Function	unfolded protein binding	Interproscan
GO:0051085	Biological Process	chaperone cofactor-dependent protein refolding	Interproscan
GO:0051087	Molecular Function	protein-folding chaperone binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-

Expression pattern

1. Expression trend for PE_Scaf10269_5.16 global RNA-seq network