Gene detail

Detailed information of MBSQW58_g11128 in Bathyacmaea lactea Gene info

Gene ID	Annotation	Contig	Start	End	Strand
MBSQW58_g11128	RNA POLYMERASE II SUBUNIT A C-TERMINAL DOMAIN PHOSPHATASE	ctg375	48909	54619	+

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Transcript

MBSQW58_g11128

ATGACCGGTGATTTGAAGGTTGCGGTTGTTTGCTCAAGTAATCAAAATAGAAGTATGGAAGCTCACAATTTTCTGAGGTACAGTAGCTAATATGCCCTACCACAAACCATCAGCCATATATGTATGTCAACTTTTAATAGTCAAGAATATCTACAGACTATGGTCAGCCAGGGTAGAGTCACACAGATGCGATCTAGTTTTTATTGGGTTGTCCAAGGTTGGTCCATTGCgttacgaattgatactatttccaatcagttaaattgaaaccagattcattcgaaatcttgtttttgcaaatgaagcacatagaagctgtggtgagataagagttgtgtttggagaattctagatgccTCTTATATATTACTTATCCAGTTGCTGTGGTGATGAAAAATGAGGTTTTAATTGTTCGGATCTGCCTTTACATTGGTTGActgtccatctatatatctatcgaggtggggaaacgagggaggtgattcggaCCAGTACCTTAATTTTGATTGTTGTTATCAATGTGATGGTGGAATTTATGAAGAGATTTCTTAGTGATAAAGAAGTTCTTATTCATGAAAATAGCTCATGTTCCTAAGGAAATGGAGCTATAATTTTACGATTGGATACAAAATTAGTCGAACACTATATCCTGAGtgatagtgttgagtaccaagtcaaataatttctcctggtagtgttgaatatcaagtcaaaaataaattgtcctgatcatgttgagtatcaaggcaaaCAAATTTAGTCCAGTCCTGATGGTGTTGTTTACAACGTTGCCTAAATTATGCCTTAAACTTCTATcaatttaataaacaattaaaaaacgtgaacaattgtaggaaaaatgtctacaaagaaaatgtctgcaatgtttcaagagttatctctttttcaatcaaaaaaaaAATTTGGAACTTTGTATGTGCAGAGATATGTTTTTTCAAATTTAAGCCATGACACTTAATTGTTGAAATATATATTTTTAAAAATTTCAGCAAGAAAGGTTTTACTGTGAGTTCATTTGGCACAGGAACACAGGTGAAGTTGCCGGGTCCATCTCCGGATAAACCAAATAATTACGATTTCGATGTCACATATGATGAAATGTTTCGAGACCTTTCAAATAAAGACCCAGAGTTGTATCTTTTTATTTGATCAGAAATaacaccaattagctaatttcgagacatatatatggtaatacatttttgtgttattaattgtgcaatgtgggagaactttatcaggacctactcttatatcgattatcaacttccaaggtgtctttaaatgtgccctgccaattacacatggttctccaaatttaatcgtcccaccggacgttactagacattttcccacgacaggcctgtcgaccataccactaccaatgggagccaggctggaaaaatcaccaagtttgaaactgacatttaccaggatccgaactaagatttgctgtttgacaAATAATTGCAAAAAGATTGCATTCTGATTCCAGCAAACCAGTAAACAAATCAATGAAAAAATTACATCGCCTTTATACGCAATGTATTTTGCTTATTGTCTAAATGGTAACCTTAgggagccgcggtggctcaatggtcatgacactggactgtcaaccaggaggtcccgggttcgattcccggtaaatgccgatttcaaccttggggatttttccagcccggttcccccttgacagtggataggttggcggggctgtcaaggaaatgtgtcgtccgtcggttgggacgatacaaattcggagacccgtgtgcaattggtagtgcacgttaaagacacctcggcagttgaaaatcgatataagagtaggcgctggtgccgctgccctggcaaaattctcccgcattgcacacctaacaaaaatataaattatcatgtgtatgtctcgaactggtgttgagtagacaataagccccatttcatttcatttCATAATGGTAACCTTAACAATTATGTAGATATACACAGAATGGTATACTTCACATGTTAGATCGAAATCGAAGATTAAAACCTAAACCAGAGAGGTTCCAGAATTGTCAAGATAAATTTGACATTATAATGACTTGTGAGGAGAGAGTGTATGATCAAGTTATTGAAGGTAACATGGACGGCTGGGTTTTTTTTCTTACTGCTTTATTATTATTAGTTTTTCATTGAAAATTTTTCAATGAAAAAATCttgtttttgttctgtttttttcttattattattttttatttttCCGAGATGTCTGAAGCTAAAAAGTTTatctgacttccggttcagaagattattcaattattcaaattccaaaaatttcagaaaaattactttcttggtctcaatctgcgagatattttcttgaaatttgaatcatgtactgatgacggtatcgcaatggacaagccgcaacatgaattacaggcgtcattattttcgtactattatgacgtcattaaatcgtcggctcaacggaatgacttcaaatttacaggaactgtagccgaaatcatttgtagtaacgtgttaaaatttcagagcgctgattccgtaaagtttaacattagaggcatggagttttttgtgattttaattgactttgacatctaagctctgaaactctactgacactttattcttcaaatttacaaaatgttgaagaatgttttagagattttttagaaaacaaaaatacaagatgcaacgtcaaccttaacagttttttccaacttccggttaagaagagttattgcccttgtcaatttcaaattgtttttggttatattgtggacacatttgtaggtcacaattttagaccgattattttcatatttgaaagatttactgatgactgtatcgcaacggCCATGCAGGAAAatgaatcacatagtcatcattttcgttgaattatgacgtcatcaaataatcgtgttttgcaacggcttaacagattgacttcaaatttatgcaatatgtacaaaacacacatatgaacttacggtgcaaattttagatGTAACATGTAATATCCCACGTTAAGATTACGTTTACCACTACtgttttccaactttggaatggctgaacgcattgacttcaaatttacggaacatgtagaacacatacatatggactaaaatttcagaccactagctcaattacactggtagatatcgatctttaaaaattaataaatttaatgtggaatctgtagggcgtctgaagtgttgacagccaatttatcaaggacggaggatggtttcattcagtttagagtgaaagaatttaaatttgcCTTTCTACAAATCTTTAAATTATGCAAATATGAGTGTAGCAATGACACCGGATATTTTATCAGAATCAAatacaaggagcaacatcaacttttaattttagtcagacttccgttttacgagatttattgccctttttaaattctgaaaaAATCTTTGTAACATGTACTCATGACTGTATCACAATGTCAATGCCGAAGACtgcatctggtgtgtcatcatttgcgtaatatgatgtcatcacataatcgtgtttttaaactttggaatggctgagcgtaatttacttcaaatttacacaacctgataaaaacacccacccagacaacttgtgaaaatttcagagcgctagatcaataataaggaaaacattttctttttaaagattagtatcatttagtattTTAATTGCCAGTGACAGTTTATTCTCCGATAAGAAACTTTACCATGGAAGATATACCGTGGAAGTCGTTGATGGGTGTTTAATAATATCTCACACCGCTAAGTGAAGAAATTaaaaaatttaaaggtaccttaaatttaaaaaaaaaaaggaaaatatctgctgtagaggaatttaaactaaatgtgtttagtattcgaaaaaagagaaatgaaaaacttcacaactgttgagaacagttctagttaatattAATTTGCTTTTAGGTTCAGAAATAATATTGAATGCAACATTATCTAACATAAGAGAAACCGTAGACTTTTTTTTCAAAATCTTTAATAATTGTACTAGAATTTTACATcctccttgccagacaggtgaagacatcactaaacatattttaagtaattgctgattaataatgttcgtttcatcatgttagttctatggaaacttcctttattttgtattcttggaactcacctattttgaaaagttagagatgaatttttacaaggttacattatggaaatattcagatgttttgaaaaacaaaaatattgctgccatagcaactacagtgtatacactaatttttcttggtttattttaggaaatggtaaataccctgtgaatattttattatttaatatttttttgtcaaaaatcttgtttgcatagttcaatatgatgcaaagatttcccacaaaagaatattttttatggCAGTTTCAATGGTTAGCAATAGACATAACAATGTTTTTATTATTTTGATTCCAAAATATATTAGATTTTAATATCCTACTATCATTTTTAATATTGTCAATTTTAATCTAAAGCCACCTCAGATACTGGATGCAAAATGAAAAAGATACAGGTTTTTGTGGTTTATTATTTGTAATATATTAACCAAAAACTATTCCTTCAATTTATGATTTTCAGACTTAGAAAGTCGTGAAAAACATGGAGGACAAGCAGCTCACATCATAAATATTGACATTCAAGATAACCATGAAGAGGCTACGATAGGAGCTTTTATGATCTGTGAATTGGTAGCGATGGTAAGAATTCATACAATTTACCCAGAGTTCACCCATGAGATTTTCCCTGTCCATTAGAGAAAATCAAGGTCCAAATATTATGCATCATTTTATGTTTATGAAAAATTATCAACAAAAATTAGATCAAACTTACCGTTACTAGATTGAGCCATAAAATCGAGATTTTACTATAAGGTATTAATTTGAAAATGCAGATAATATTCTGTATTTTTatggaaggttcggcagcttgatgatcagattacagacctgtttgccagttgtcgaatttcccaaaattgccgatttcaaccatggggacttttatcagccgggttcctccgtatggtggggatgccaaggaaaagtgtctagtccaccagatgatatgctaagaaatttaagatccatgtCCTGAATGCATAATTTTATGTCATCACTATCTCTGAATTTATCTGATGTTATTGTTTACTTAATAAGTAGCTAATTACGGGTGAAAAATGCTTGAAGACTAGTTTGTTGTCTGTTGGTGCTGAATTGCTCTGTATTCTGAATTTAAAGTTTTTTTTTCTTGTCCGAAACATTTGTCTGTAACTTTTAATAAAAGCTGATTTGAGGGTATATTTTGTTTATTTTTTTCTGATACTGtaaaacatgaaattaatgctcagggaccaattattgcattattaacaatacatatcatgttaatgtatagagaaccaattaaccaatgttttgatagcttgcatttttgtcaataaaccatgtcaatcgtaatactttcatgatacaaagattacctgttttacaTCTGATTAGGTCTCAATATAATCTGTTTGTTTTAAATTTCAGTTAAATATATCCGAAGATTTAGATAATGACGTTGATGAAATTGTGCAAGAATTTGAATCTCAAACAAAAAGAACTATTCTACATACAATGGCGTTTTACTAA

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF04722	Ssu72	Ssu72-like protein	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR006811	Family	RNA polymerase II subunit A	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR20383	RNA POLYMERASE II SUBUNIT A C-TERMINAL DOMAIN PHOSPHATASE	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0004721	Molecular Function	phosphoprotein phosphatase activity	Interproscan
GO:0005634	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0005847	Cellular Component	mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex	Interproscan
GO:0006369	Biological Process	termination of RNA polymerase II transcription	Interproscan
GO:0006378	Biological Process	obsolete mRNA polyadenylation	Interproscan
GO:0006397	Biological Process	mRNA processing	Interproscan
GO:0008420	Molecular Function	RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity	Interproscan
GO:0070940	Biological Process	obsolete dephosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
-	-	-	-	-	-