Gene detail

Detailed information of Clavulariidae_g20375 in Trachythela sp. YZ-2020 Gene info

Gene ID	Annotation	Contig	Start	End	Strand
Clavulariidae_g20375	PHAGE_INTEGRASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN	ctg000461	4448504	4452296	-

Gene Structure

More details in Jbrowse Sequence

CDS

Clavulariidae_g20375

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Transcript

Clavulariidae_g20375

atgacGTCGCCGTCGGACATTGAACGGGAATTGCTCACAAGTGATAACGAAACATCTGCATCCACTTCTGTTCAAGGTAGCACACAGCCGCAGCTATCTGTAGCTGGTTCCGTACAGAACACTACAAATactgaacaaatatttcatcAATTTGCACAGCTGTTGGATAGCAAGCTCGATCGATCGGAAGCTAGCTAGCTTTAAAAGAAGCTTTGTTGAGAAGGAAGAGCTTCACGCCATTCAGCTTAAAAAGTTGAAGACGGAGTCGAAAGCTTCGAGCTCGTTTAAATTCAAAGGCAACAAAATTCAATTTGAATTCAATGTGGCAACTATAGACAGTCTTGAGATTGTTAGAAAGAGTTTGCTAGAGGGGGATTTGGAAAAAGCGAACGCCGAGCTAGAGAAGCAAATATCGGCGATTGGAAAGCGCAATAAACTTATTCGCTTTGCCGACAAGAGCCCTGCCGGTTGGACTGCTGTGGACGAATATCAATCCGACGATCTGGCTGAAGATTCTGAAGACGAGAAGAAATTACACTCAGCTGAACGCAGAGCTTTGGCCAAGATAAAGTCGGATAAGCAGTCAAAGAAGTTTGCTGTTAACCCAAGAAGAGAATCACGCCAGCAGCAATCGTCTTTTCAGTTTGCTTCGGCCCCACCCTCTCAGCCATTTCGTGCTTTCCAGCCTTTTCGCCAGCCCTTTCGAGGCGGTCGATACCCTCAACCTACAGACAAGTGTTTCAGCTGTGGACAGCGTGGCCATTGGGCAGGCTCCACAATTTGTAGCAACAAGGGCAGAAGTGAAACCCGACAATATTCAACAACCTCCTCTTCTCAAAACTGATTTGCTCACAGAACCAAGACATAAAGCGGCTGCTGACCGACTAAGTGAAGATGACTTTTTGTTTTAATAGTAATGTTGAAACTGAAGAGCGTGTTTTAGATGATGCTTATGAATATTTAGAGAACGCTAAGTGTGTAAAAGTGAAGGGGCGACTGCGCTCACATGTAGCTTTTTGGGAAAGGATTGGAGCCCCGAATTTTGTTACTGATACGATTTCTCGTGGTTACATAATACCATTTTTGACTACGCCTCCTAAAGCATGTCTCAAAAATAATAAATCCGCATTGGACCATAGTGAATTCGTTGATAGTGCAGTGACAGATTTAATTGCTTCAGGGTCTATTGTAGAGTGCCCCTTACCGCCAACTGTGGTAAATCCATTGTCTGTAGCGATCCAGTCAAGCGGTAAAAAGAGGCTTATTTTGGATCTTAGGTATCCGAATAGTTTTTTAAAAATGTCCAGAGTTAAATTTGAGGGAGCTCTAGAAATGTTAACAACTTTGGCGGACTACCGACAAAAATTTTTCTTTTCATTTGACATCAAGTCAGGATATCACCATATAGATCTTTTTCCAGATGACCAGCCGTTTTTAGGATTTTCCTGGAAACACAGAGGtgttgttaaatattttcaatttacagTCTTGCCCTTTGGTTTAGCCACAGGTCCATACATTTGTACAAAGGTGATGAGGCCATTAGTTAGGCATTGGCGGGCTGCCGCTTATAAAATAATCGTTTATTTAGATGATGGGTTGGGAGCATCTTATTCTTTTTCGTCTTGCATGAGTCAATCTTCTAGAGTTAGGTCAGACATTCTCAGCAGTGGCTTTGTTCCTAGTGATGAGAAATGTGTTTGGTTTCCCACCCAAAGTGTAACGTGGTTAGGGTTAGATTGGGATTTAAAATTACAAACGTTATCCATCCCCCAGAAGAAAATTGTTCGGTTATTTGCTAATATCAATGAGATACTGGTCTCGAAAAAGATAAAGGTCCGACAGCTGGCCTCTGTGACGGGGTTGATTGTCTCAAATTTAATAGTTTTTGGTAGTATATGTAAGCTAATGACAAAGGCTTTGCATCGAAGAATCGATTCTAGATCCAACTGGAATTGTGTTTTGAGTCTAGATTCTGACTCGATAAAAGAACTTCAGTTTTGATTAGACACTGCCCCTAAATTAAATAGCAGATCACTTTTAATTAAACCCAGTTTCTCTTCAAAAGTCGTGTATTCTGATGCAAGCAACACTGGTTGTGCAGCATTTATCTCAGTTGGAGATATGCCAGTGTTTTATAAGAACTGGAATAATTTTGAAATGCAACAAAGCTCTACGTGGAAGGAATTAATGTGTGTTAGAGATGCACTGCAAAGTTTTATTCCTCTTTTACATGACAATAAAGTGAAATGGTTCACGGATAATCAGGCTGTCGCATCTGTTATTAATTCAGGTAGCATGAAAGTGCACTTGCACAAGTTAGCTGTGGATATATTCTACTTTGCTAAAGATAACAATATCGATATTGATATAGAATGGATACCGCCGCGTACATTAAACGAGAAAGCTGATTACTTGAGTAAAGTCGTTGATTTTGATGATTGGAGAGTTAAAGATCATTATTTCAATTTAGTTCAATCCCGTTGGGGTATGTGCACAATTGACTGTTTTGCCAGTTGCCAGAACTTTAAAATCAGAAGATTCTATTCCAGATATTTTAATCCTAATTCATTGGGTGTAGATTGCTTTGCCTTTAACTGGTCAGGCGAATTTTGTTGGCTTGTCCCTCCCATTAAATTAATTCCGCGGGCTATTAGACTCGTTTGTATGTCAGGTTGCCGTGCAATATTAATGGCACCTTTTTGGCCTTCAGCAGTGTTTTGGCCGTTTCTCATTAGGGATGATGGAAATTTCTGGGAGTTTGTTTTAGATTTCGTTTATGTTGAGAATGGGAGAGACGTGTTTGAACATGGCGCTAATAAGACATCCTTGTTTGGGTCTGATAACTTTAACAGTCCAgtgtttttttcttttattgGATGGTCAATATGTTGCCACTGCTACTGAGCGTGGGTAATCagttatataattaatttatatatgtttactGAGTTGTCTAATTTTACAGGGTGAAAATGTTTTTTCAAGTGTGATTCAAAATTTGTGTGATCCAAGTCTTCAACAGCTTGCCGCTCACCTCCCAGCTCGCTTGATGGAGGCTAAAGCGCCAACCACAGTTGATAAATATTCGAGAGCATTTGTCGAGTTTAAATCCTGGACAGCCAGATATGATGAATTACAATCTTTGCCGGCAAGCCCGTGTTCTGTAAGTTTGTATTTTGAACATCTTATACAAAATAACAGTCCTTATTCAAAATTGGAATCTGCCTTTTATGGTATAAACTGGGCACATAATATACACGGTTTCGATAGCCCGTGTACCTCTGGACTTGTAAAGAACATTTTAGAGGCTGCAAAAAGAAAATTGGCTAAGCCAACTGTGAAAAAAAAGGAACCAATAACATTGGAAATGATTACGAAGCTTTGCGACAAGTATGCGGCTGATAAGTCAAATCTTTCAGATCTTCGTGTTGCTGCCATATGTGTTATGGCTTTTCACGCTTTTTTGAAGTTTAATGAACTTACTGCTCTACGCTGTTGCGATGTTAAATTTATTAGCAGTGATGTGGATGGTCGTTTTGTTGAACTATACATTGTGAAAAGCAAGACTGATGTATACCGTGACGGAAACAAAGTCCTCATGGCTGAAACAAATGATGGTTCGTGTCCCTTTTATATTTTATCCAAATATGTCAAAGAAGCCAGTATCAATTTGTTTTCAACTGAGCCGTTTTTCAGATGTCTATATTTATATGTTtctgcaaaacaaaacaattatataaattacGATCAACAGGGATTTCGTATTCCCGCACGAGAGAGGTTGTTCTAG

Protein

Gene family

Gene family	Subfamily
-	-

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF17917	RT_RNaseH	RNase H-like domain found in reverse transcriptase	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR010998	Homologous_superfamily	Integrase/recombinase, N-terminal	Interproscan
IPR011010	Homologous_superfamily	DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core	Interproscan
IPR013762	Homologous_superfamily	Integrase-like, catalytic domain superfamily	Interproscan
IPR036397	Homologous_superfamily	Ribonuclease H superfamily	Interproscan
IPR041373	Domain	Reverse transcriptase, RNase H-like domain	Interproscan
IPR043502	Homologous_superfamily	DNA/RNA polymerase superfamily	Interproscan
IPR052925	Family	Phage Integrase-like Recombinase	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR34605	PHAGE_INTEGRASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0006310	Biological Process	DNA recombination	Interproscan
GO:0015074	Biological Process	DNA integration	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
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